一、破損污染
1、容器破損分裝、滅菌、接種；運輸、培養過程中，未輕拿、輕放造成機械破損。
2、鼓氣破損滅菌時急驟升溫、升壓或急驟降溫；排氣速度過快，使袋鼓氣破損。
二、棉塞污染
1、棉塞污染試管口沾有培養基或瓶(袋)口不乾淨或培養基與棉塞相接觸。
2、棉塞受潮滅菌時疊放不當，加水過多或滅菌灶砌制不合理或培養料濕度過高，棉塞吸潮而污染。
三、接種污染
1、環境不潔淨,接種室太大，不密封，接種室環境不清潔，消毒不嚴。
2、消毒不嚴格接種箱不密閉，消毒不徹底或超淨台接種前未按要求提前開機，接種工具及操作人員雙手未消毒或消毒不嚴。
3、無菌意識差未按無菌操作規範做，要求不嚴格。
四、毋種帶菌
1、檢查不勤母種、原種培養過程中，未定期檢查除雜，雜菌被菌絲覆蓋而未被發現。
2、工作不嚴轉管或擴制母種隨拿隨用，未作仔細檢查，而誤用了已污染的菌種。
五、拌料污染
1、拌料不勻拌料時培養料未充分拌勻，棉籽殼未充分預濕，夾帶顆粒狀或水分不足，造成部分偏干，形成滅菌死角。
2、原料帶菌拌料時使用了霉變、不新鮮原料，造成原料本身帶有大量雜菌。
六、滅菌污染
1、滅菌不徹底常壓滅菌時間不足或濕度不夠；高壓滅菌未排除冷空氣造成假壓強或壓力表失靈。
2、疊放過緊裝鍋時疊放過緊，影響蒸汽穿透而產生死角。
3、漏氣嚴重由於滅菌鍋漏氣達不到所需要的溫度。
七、培養污染
1、環境潮濕培養室相對濕度過高,超過70%以上，有利於雜菌滋生以及棉塞吸潮而造成污染。
2、棉塞過松棉塞做得過松，空氣中雜菌乘虛而入。
3、場地齷齪培養室不乾淨，空氣中雜菌密度大，場地沒有經常進行殺菌消毒。
4、蟲鼠危害老鼠啃咬棉塞或菌袋，並帶入雜菌。或培養基內滋生螨、谷盜等蟲害。
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