肥料是藥用植物生長不可缺少的重要物質，它對促進其生長發育、提高產量和品質起著主導作用，但必須注意合理施用，不能沿用其他農作物的施肥方法進行套用或濫施。現根據中藥材規範化、標準化生產(GAP)有關規定，歸納以下幾點，供廣大藥農在生產時參考。
一、根據中藥材的品種特性施肥
一般對於多年生，特別是根類和地下莖類的藥用植物，如玉竹、白芍等，以施用充分腐熟的有機肥為主，每畝增施鈣鎂磷肥50-70kg，增施鉀肥，配合施用化肥，以滿足整個生長期對養分的需要。一般全草類中藥材可適當增施氮肥;花果實、種子類的中藥材則應多施磷、鉀肥。在中藥材不同的生長階段施肥不同，生育前期，多施氮肥，施用量要少，濃度要低;生長中期，用量和濃度應適當增加;生育後期，多用磷、鉀肥，促進果實早熟，種子飽滿。
二、因土施肥
1、砂質土壤，要重視有機肥如廄肥、堆肥、綠肥、土雜肥等的施用，並摻加粘土，增厚耕作層，增強其保水保肥能力。追肥應少量多次施用，避免一次施用過多而流失。
2、粘質土壤，應多施有機肥，並將速效性肥料作種肥和早期追肥，以利前期促早發。
3、壤質土壤，此類土壤兼有砂土、粘土的優點，是多數中藥材栽培理想的土壤，施肥以有機肥和無機肥相結合，根據栽培品種的各生長階段需求合理施用。
三、施肥原則
1、以三元復合肥為主，搭配使用有機肥。
2、以基肥為主配合使用追肥和種肥。
3、在施用農家肥的基礎上，施用化肥，以改良土壤，提高中藥材的品質。
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