球莖茴香的抗病性很強，新菜區很少發生病害，老菜區及保護地栽培，有時因管理不善而發生幼苗猝倒病和菌核病。
1、猝倒病 病原為瓜果腐黴菌，屬半知菌亞門真菌，主要為害幼苗嫩莖和根莖部，發病初期病部呈現水浸狀，後期植株腐爛或猝倒，發病嚴重時會成片死亡。在溫暖多濕的條件下的老菜園中較易發生。?
防治方法：苗期不使用大水漫灌，控制環境的濕度，初發現病株及時清除，並噴灑70%乙磷?錳鋅可濕性粉劑500倍液，或64%殺毒礬可濕性粉劑稀水500倍，或72%杜邦克露可濕性粉劑對水800倍，每7～10天噴灑一次，連噴2～3次。
2、菌核病 病原為核盤菌，屬子囊菌亞門真菌，主要為害葉柄和球莖，被侵染的植株呈凋萎狀，病部褐色濕潤或變軟腐爛，表面纏繞絲狀霉，為菌絲體，發病後期病部表面及球莖腔內產生大量黑褐色鼠類狀菌核。病菌發育適溫為20℃，菌核不耐乾燥，菌絲能在乾燥的土壤中存活3年，一般在天氣冷涼潮濕、排水不良、通透性差、偏施氮肥的情況下容易發病。
防治方法：注意菜田輪作，種植前應對前作物及時清理、滅菌，定植時可用40%亞氯硝基苯粉劑0.4公斤拌25公斤細土施入土壤滅菌。對來源不清楚的種子最好用10%的鹽水汰處理後再播種。栽培上注意調節田間適宜濕度，尤是低溫期間不宜澆水過多，施肥上不要偏施氮肥，適當增施磷鉀肥。如發現有發病的跡像，要即噴50%氯硝氨可濕性粉劑800倍，或菌核淨40%可濕性粉劑500倍，或50%速克靈可濕性粉劑1500～2000倍。蟲害主要有蚜蟲和鳳蝶幼蟲，可用0.5%蘆藜鹼醇溶液800～1000倍噴灑消滅。
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