植物藥的藥用部位主要有根、莖、葉、花、果實、種子或全草。根、莖有的以其皮部入藥。顧名思義，以根、根莖入藥的如板藍根(菘藍或馬藍的根)、葛根、白茅根，但大黃、蒼朮、桔梗、半夏等也是以根部入藥；以樹皮或根皮入藥的如杜仲、厚樸、黃柏、牡丹皮、地骨皮、苦楝根皮、合歡皮等；以葉入藥的如大青葉、艾葉、枇杷葉、桑葉；以花入藥的如菊花、槐花、旋復花、月季花、金銀花等；以果實入藥的如枳實、青皮、烏梅；以種子入藥的如牽牛子、茴香。
中藥的採集具有一定的季節性，正如俗話所云：當季是藥，過季是草。因不同藥用植物的根、莖、葉、花、果實、種子或全草都有一定的生長和成熟期，其中有效成分含量的高低，將隨其不同入藥部位和植物各部分的不同生長期而異，故採藥時間應隨著中藥的品種和入藥部位而有所不同。古人在這方面有不少的經驗，陶弘景《本草經集注》說：凡採藥時月……其根物以二月、八月采者，謂春初津液始萌，未沖枝葉，勢力淳濃故也；至秋枝葉乾枯，津液歸流於下……。陳嘉謨說：實已熟，味純；葉采新，力倍。(《本草蒙鑒》)中藥採集的一般原則如下：
根和根莖：多在秋末春初採集。過早漿水不足，過晚則不易尋找，也不易採挖，如丹參、沙參、天南星等。春初在開凍到剛發芽時採挖較好，過晚則養分消耗，影響質量。
樹皮：多在春夏之間采剝，如地骨皮、白鮮皮等。根皮以春秋采剝為好，這時容易剝下，且汁液充足。
葉：在葉片茂盛、顏色青綠時採摘，如荷葉、大青葉，但桑葉多在秋冬霜打後採集。
花：多在花朵將開未開時採集，這時氣味俱濃，如金銀花、款冬花等。有的在開花時採摘，如旋復花、菊花等。過早採花不飽滿，氣味不足；過晚則花瓣殘落，氣味消失。
全草：多在枝葉茂盛、花朵初開時採集。如益母草、鵝不食草、地丁草等。也有在花未開前采割，如薄荷、青蒿等。個別的如茵陳則採取幼苗。
現代研究證實，薄荷在其開花盛期采收者，揮發油含量最高，而傳統的均在未開花前采割，可見中藥的採集時間與其有效成分含量及其藥理作用之間的關係有待深入研究。
同一植物不同部位有的功效相同，如以全草入藥的中藥；有的功效相仿或相近，如旋復花與旋復梗，皆能理氣祛痰；也有的功效不同或截然相反，如麻黃與麻黃根。麻黃功能發汗解表、宣肺平喘、利水消腫，用於外感風寒表證，風寒外束、肺氣壅遏的咳喘症，水腫兼有表證者，由於麻黃發汗力強，用量不宜過大，對表虛 自汗、陰虛盜汗者不適合使用，否則因為汗出過多，誤傷人體的正氣。麻黃根能收斂止汗，主要用於自汗、盜汗，有表邪者不宜使用麻黃根。
兩者功效相反，不得誤用。益母草與茺蔚子，益母草是婦科常用藥，功善活血祛瘀，利水消腫，女子產後常服益母草膏，有利除惡露，使子宮的大小、功能回復正常。茺蔚子為益母草的果實，又名小胡麻、三角胡麻，活血化瘀、調理月經的作用與益母草相似，另外，它主要用於頭眼病，如肝熱頭痛、目赤腫痛、目昏暗而有翳膜者。大腹皮與檳榔，大腹皮是檳榔的果皮，與檳榔相似，能利水消腫，治療水腫，但檳榔擅長殺蟲消積，常用來治療腸道寄生蟲，而大腹皮無殺蟲作用，能理氣寬中，用於濕阻氣滯、脘腹脹滿者。又如何首烏與夜交籐，何首烏功能補益精血、截瘧、解毒、潤腸通便，治療肝腎虧虛而發白、瘧疾、疔瘡及精血不足而腸燥便秘。夜交籐為何首烏的籐，也名首烏籐，功能養心安神、祛風通絡，可治失眠、多汗、血虧、肢體疼痛，兩者在功用上也不相同。因此，使用植物藥常常要分清部位。
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