機構設置
明代的針灸醫學發展較快，明代政府相當重視針灸醫學教育。明承襲元制，設立專門的教育與管理機構，中央有太醫院，各府、州、縣設置醫學，促進了針灸醫學教育及醫政管理，明太醫院中仍有針灸一科。
明代所設立的太醫院是國家級的醫藥教育機構，據《明史·職官志》載：「太醫院掌醫療之法。凡醫術十三科，醫官、醫生、醫士專科肄業。曰大方脈、曰小方脈、曰婦人、曰瘡瘍、曰針灸、曰眼、曰口齒、曰接骨、曰傷寒、曰咽喉、曰金鏃、曰按摩、曰祝由。凡醫家子弟，擇師而教之，三年五年一試再試三試乃黜陟之。」上述史料表明，明代太醫院設十三科，針灸仍為其中一科。
教材
規定學習的教科書為《素問》、《難經》、《脈訣》和各科緊要方書，醫學生必須熟讀詳解。但這些書不易讀懂，因此，劉純於洪武二十一年著有《醫經小學》，其中包括本草、脈訣、經絡、治法和運氣共六卷，將醫學知識撮要編成韻語，便於初學。萬曆四年李梴編《醫學入門》，也仿照《醫經小學》編成韻語，並且在下面還加以註解。首先是釋方，其次為歷代醫學姓氏、診斷、針灸、本草、內科、女科、小兒科和外科。雖然《醫經小學》和《醫學入門》並非作為太醫院學習的教科書，但當時一般醫生都樂意採用它作為入門的教本。
《醫經小學》
《醫學入門》
教學方法
明代醫生的教育，主要是家傳世業，凡屬醫家子弟，選入太醫院學習，推選堪任教師的二或三人，教習醫術。
考試方法
明代似乎並無醫學入學考試制度，學生的來源，可從醫家子弟中挑選，但每隔三至五年要舉行考試，三試不及第者即予淘汰之。
明代各府、州、縣均設置醫學，掌執地方醫學教育，針灸學也列入其中。但對於地方醫學教育，明代不如元代重視，只設考官，主持考試。明代無論中央和地方設立的教育機構，都從考試來選拔醫官，並作為量材取用的標準，如《明史·凌雲傳》就有「孝宗聞雲名，召至京，命太醫官出銅人，蔽以衣而試之，所刺無不中，乃授御醫」的記載。
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