化學除草
綜合分析播前、播後苗前和苗後施藥的優缺點，並考慮到板藍根植株的安全性，板藍根化學除草應以播前土壤施藥為主，爭取一次施藥便能保證整個生育期不受雜草危害。
播前土壤處理常用藥劑如下：
a、48%氟樂靈乳油
氟樂靈殺草譜廣，能有效防除1年生禾本科雜草，如馬唐、牛筋草、狗尾草、稗、千金子和畫眉草等，以及小粒種子的闊葉雜草，如藜、蓼、莧、馬齒莧等，田間持效期2～3個月。板藍根播種前，每畝用48%氟樂靈乳油80～100ml，加水後均勻噴霧於土表。氟樂靈易揮發和光解，施藥後2小時內要及時混入5～7cm土中(耙深10cm左右)，最好是噴藥耙混一次完成，間隔5天後播種。
b、50%乙草胺乳油
該藥對多種1年生禾本科雜草有特效，並可兼治部分小粒種子的闊葉雜草。每畝用該劑80～150ml，兌水均勻噴霧土表。
c、8%高效蓋草能
該劑殺草譜廣，施藥適期長，吸收傳導快，可有效防治1年生和多年生禾本科雜草，而且對板藍根很安全。每畝用該劑25～30ml，兌水20～30L均勻噴霧。
d、克草星
該藥為具有觸殺和一定內吸傳導作用的高效廣譜除草劑，對多種1年生禾本科雜草和闊葉雜草，如馬唐、牛筋草、稗草、狗尾草、千金子、畫眉草、藜、蓼、莧、馬齒莧、龍葵、草、蓄、青葙、野西瓜苗、鴨跖草等，以及一些難除雜草，如苘麻、澤漆、蒼耳等，都有很好的防治效果，對多年生雜草，如莎草、狗牙根、田旋花和牽牛花等，有明顯的抑製作用。雜草平均高度5cm以下時，每公頃用6%克草星乳油750～900ml(50～60ml/畝)，兌水450～600L(30～40L/畝)，作莖葉均勻噴霧。
人工除草
對播前土壤未施藥或效果不理想的田塊，要進行人工除草。
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