根據病原，牡蠣的常見疾病，大致可分為病毒病、細菌病、真菌病等。最常見和危害最大的病毒性疾病是牡蠣面盤病毒，該病主要發生在太平洋牡蠣中，每年的3~6月幼牡蠣損失大於50%，波及牡蠣體的邊膜及卵的孵化，使死亡率增高。感染面盤病毒的牡蠣缺乏活力，內臟團縮入瓣膜內，牡蠣細菌病中最常見的致病因子是弧菌，感染弧菌的牡蠣發生全身性組織潰瘍，養殖水體中見幼體缺乏活力，下沉以至死亡。光鏡觀察表明，病體內有大量上述細菌，異常的面盤、潰瘍甚而崩解的組織。真菌病的病原為海洋動物離壺菌，顯微鏡可見患體內有此菌絲。尤其稚貝染病後，即停止生長和活動。用中性紅海水液也可區分出真菌和幼體，肉眼則可見死去的多數患病幼體。
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