水菖蒲：
根莖扁圓柱形，少有分枝，長10～24cm，直徑1～1.5cm。表面類白色至棕紅色，有細縱紋；節間長0.2～1.5cm，上側有凹陷的圓點狀根痕，節上殘留棕紅色毛須。質硬，折斷面呈海綿樣，類白色或淡棕色；橫切面內皮層環明顯，有多數小空洞及維管束小點。氣較濃烈而特異，味苦、辛。
石菖蒲：
根莖呈扁圓柱形，稍彎曲，常有分枝，長3～20cm，直徑0.3～1cm。表面棕褐色、棕紅色或灰黃色，粗糙，多環節，節間長0.2～0.8cm，上側有略呈扁三角形的葉痕，左右交互排列，下側有圓點狀根痕，節部有時殘留有毛鱗狀葉基。質硬脆，折斷面呈纖維性，類白色或微紅色；橫切面內皮層環明顯，可見多數維管束小點及棕色油點。氣芳香，味苦、微辛。
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