中醫理論是古代自然哲學形式的醫學理論。它既非純古代哲學理論，也非純古代自然科學理論，而是古代哲學與古代自然科（醫）學混而不分的一種模糊狀態的理論，筆者簡稱為「自然哲學醫學」理論。由於中醫理論未達純古代自然科學理論階段，故筆者將其定位為「古代自然科學理論的初級階段」。
自然哲學式的中醫理論，是我國古代科學技術尚不發達時期的特殊產物。其原因在於，古代醫家無法直接觀察人體內部結構與功能之間的相互關係，只能採用觀察他人和自我體察的方法從整體層面上瞭解人體生命活動從生理到病理、再從病理到生理變化過程的「外在現象」，然後通過「司外揣內」方法，透過現象看本質，來推測人體生命活動的整體功能規律。也就是說，古人對人體生命整體功能活動規律的把握和認識，是在長期的醫療實踐觀察中發現和逐步形成的。
正因為中醫理論是有缺陷的「自然哲學式」的「模糊象理論」，所以，它的五臟子系統功能不可能直接與現代醫學的五個內臟直接對接。只有將中醫學概念從自然哲學層面剝離出來，建立起純古代自然科學層面的中醫理論這一橋樑，才能與現代醫學理論對號入座。
中醫學概念中也存在著諸多矛盾
李致重稱，中西醫理論都是成熟的理論，事實並非如此。實際上，兩種理論都不成熟，都有很多的缺陷。許多疑難病症至今都沒有很好的解決辦法，就足以證明兩種醫學對於疾病的認識都還遠遠不到位。特別是中醫理論自身還存在著諸多矛盾，如：僅命門學說就有多種說法，有腦命門和腎命門，而腎命門又有「右腎」、「兩腎之間」、「腎間動氣」等說法，至今無法統一。又如元氣學說，至今對於原氣、元氣、真氣、腎間動氣、腎氣等概念混而不分。因而，中醫理論急需梳理、統一、提高和完善，這個過程就是中醫理論的創新過程。
運用理論研究方法破解中醫本質
從研究的理論性和經驗（實踐、實驗）性區分，科學研究可分為理論和經驗研究。醫學中的經驗性研究主要包括實驗研究和臨床研究。過去的半個多世紀裡，我國主要採用實驗方法研究中醫理論，在某些局部問題的研究上取得一些進展，但在科學詮釋中醫理論本質的高難問題上並未獲得實質性突破。「中西醫不可通約論」就是在這種背景之下產生的。
筆者認為，對於中醫理論這樣複雜的體系來說，僅靠單純的實驗方法很難取得實質性突破。最佳方法就是採取理論研究方法為主導，進而有的放矢地指導實驗研究，反過來再對理論研究成果進行驗正。只有這樣做，才能逐步破解和詮釋中醫理論的科學本質。
中醫「證」與西醫「病」的內在聯繫
「中西醫不可通約論」將中西醫看成是兩種孤立的、互不聯繫的醫學體系，實際上是因為沒有認識到中醫的「證」與西醫的「病」之間存在著內在聯繫，實際上，「病」和「證」原本就是疾病的兩種表現。筆者認為，疾病同時具有全身性功能紊亂和局部病灶兩種相關的病理變化，其中前者是病理生理學改變，屬於中醫的「證」，後者是病理學改變，屬於西醫的「病」。由此可知，兩種醫學體系之間存在著十分密切的內在聯繫。
「中西醫不可通約論」人為地把中醫與西醫隔離開來，認為現代科學詮釋中醫理論不可能，旨在阻斷中醫學與現代科學理論接軌，使中醫理論無法從現代醫學微觀理論中吸收營養和創新。與此同時，否定了中西醫理論層面的結合，並將中西醫結合降格為低層次的中西醫配合。這種觀點是錯誤的，不利於我國中醫藥事業的發展。
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