《內經》不僅有關於臟腑與時辰相配屬的認識，而且還根據經脈自身的特點，提出了經脈與時辰的配屬關係。古人在天有十二月、地有十二水、日有十二時（辰）、人有十二經的「天人相應」思想指導下，逐漸發現了十二經脈流注的先後順序及其與十二時辰的配屬關係。
《靈樞》的《經脈》和《營氣》等篇記載了十二經脈流注交接次序。如《營氣》篇關於營血流注過程的記載，說明十二經脈交接的先後順序是從肺經開始，而大腸經，而胃經，而脾經，而心經，而小腸經，而膀胱經，而腎經，而心包經，而三焦經，而膽經，而肝經，復從肝經注入肺經，週而復始，循環無端，日夜運行五十周。經脈之所以有自手太陰至手陽明……至足厥陰，復至手太陰有序交接，是由十二經脈之間陰陽表裡及相互聯絡的特定結構所決定的。至於營血的流注為何從手太陰經開始，而肺為十二經之首呢？其原因主要有二：首先，由於陰陽互根，營行脈中屬陰，衛行脈外為陽，陽氣需賴陰精的主持與滋養，所以衛氣雖日行於陽，夜行於陰各二十五周，但腎主藏陰精，故每週必交會於足少陰腎經一次，即《靈樞·邪客》所謂「常從足少陰之分」；而營血屬陰，陰血必賴氣之統帥和推動，肺主氣，故其運行每週必從手太陰肺經開始。其次，營血的生化，雖然始於中焦，但水谷精微之氣須「上注於肺脈，乃化而為血」（《靈樞·營衛生會篇》），所以營血的運行亦必從肺始。
在認識到十二經脈流注交接次序後，醫學家在實踐中，尤其是針灸實踐中，進一步觀察到某經疾病，在特定的時辰裡施用治療，較其他時辰療效顯著，進而發現了時辰與經脈的關係。即以寅時配屬肺經，《靈樞·陰陽系日月》云：「寅者，正月之生陽也。」《史記·律書》亦云：「寅言萬物始生」。在十二月中，寅屬正月，為生陽之氣，同樣一晝夜中寅主生陽，為十二時辰之首。由於手太陰為十二經之首，而「寅」是一天之中陽氣初生之時，故寅配屬手太陰經，可見，「寅」時與手太陰配屬是這一理論的關鍵。寅時配屬肺經確定後，其餘各經便自然成有序排列。其配屬次序正是《靈樞·營氣》等篇記載的營氣在十二經中流注的次序，即卯時配屬大腸經、辰時配屬胃經，巳時配屬脾經、午時配屬心經、未時配屬小腸經、申時配屬膀胱經、酉時配屬腎經、戌時配屬心包經、亥時配屬三焦經、子時配屬膽經、丑時配屬肝經。與五臟是指五個功能活動系統一樣，這裡的十二經，也是指包括了經別、經筋、絡脈和皮部等在內的十二經生理功能活動系統。
根據經脈與時辰的配屬關係，便可以指導臨床運用。臨床上，此理論主要運用於時間疾病。首先判斷病證是在那個時辰加重、出現、減輕或消失，其病位即與該時辰相對應的經脈或其所屬的臟腑有關，然後根據脈證的具體情況，判定其證得虛實寒熱，作為進一步治療的依據。如寅時為手太陰主時，病有寅時陣發咳喘者，可診為肺經病，此時可取肺經穴針灸治療，或用入肺經之藥。不僅如此，由於該理論確定了經脈與時辰的對應配屬關係，所以也成為了後世子午流注針法的主要理論依據，為其形成與發展奠定了重要基礎。
至於時辰與經脈配屬的機理，古今醫家大多根據《經脈》、《營氣》等篇關於營氣在十二經流注的記載，認為營氣、衛氣或經氣流注到某經，使某經氣血旺盛之時，便是其所配屬的時辰。實則，我們認為，時辰與經脈配屬的實質，是每值某經所配屬時，則該經功能活動相對旺盛，自身敏感性增加。因而，能對針灸等治療效果產生影響。這一配屬和時辰與臟腑配屬同一道理，是人類在長期生存並適應這個具有明顯節律變化的環境中所形成的。
值得說明的是，在《內經》「天人相應」和晝夜陰陽消長的理論指導下，張仲景在《傷寒論》提出六經病各有「欲解時」之說，即「太陽病欲解時，從巳至未上。」「陽明病欲解時，從申至戌上。」「少陽病欲解時，從寅至辰上。」「太陰病欲解時，從亥至丑上。」「少陰病欲解時，從子至寅上。」「厥陰病欲解時，從丑至卯上。」說明「六經」與時辰有特定的關係，但是由於各經之病的欲解時，都涉及到三個時辰，因而對各「經」與時辰的具體配屬，主要有三種解釋。其一，以每經各配兩個時辰，六經合為十二時辰，共一晝夜。即子丑配少陰、寅卯配厥陰、辰巳配少陽、午未配太陽、申酉配陽明、戌亥配太陰。由於此配屬明顯與經文不符，所以未被醫學界廣泛接受。其次，以每經各配屬三個時辰，這樣勢必導致其中四經配時重複，另兩經則無重複。因而缺乏統一性和規律性，亦未完善。再次找出各經欲解的「中心時」，如「從巳至未上」，以午時為中心，則太陽病欲解時早不過巳，晚不過未。如此，卯配少陽、午配太陽、酉配陽明、子配太陰、丑配少陰、寅配厥陰。這種解釋與經文記載相符，我們認為尚可從。
《傷寒論》「六經」命名，即含各經陰陽多少之意。在三陽中，太陽的陽氣最盛，少陽的陽氣最少，陽明介於兩者之間；三陰中，太陰的陰氣最盛，少陰的陰氣稍盛，而厥陰則是陰陽交換之經，因而陰氣最少。晝為陽，故與「三陽經」相配，「陽氣者，一日而主外，平旦人氣生，日中而陽氣隆，日西而陽氣已虛」，故卯時配屬人身之少陽；午時配屬人身之太陽；酉時陽氣雖虛，但仍盛於卯，故與陽明相配。夜為陰，故與「三陰經」相配。夜半子時，自然界陰氣正盛，陽氣潛萌於下，故與人身之太陰相應，丑時陽氣雖漸長，但陰氣尚盛，故與少陰相應；寅時陽氣漸長，陰氣將盡而未盡，故與厥陰相應。「六經」與時辰相應如此，因而各經在其所配屬的時辰內，功能相對旺盛，這也就是「欲解」的內在依據，其與臟腑主時的道理是一致的。掌握「六經」與時辰相應的配屬，不僅對《傷寒論》所述疾病，而且對某些內科雜病的病情預後、服藥時間的選擇，以及治療等，均有很大的臨床指導意義。
以上介紹了十二經脈時辰配屬和六經時辰配屬，應值得注意的是，臨床上，六經時辰配屬主要適用於外感熱病及某些內科雜病，而十二經脈時辰配屬則主要運用於經脈病變。
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