國家先後三次開展了全國中藥資普查，對中藥資源開展了一系列整理與評價、保護與生產的專項研究，在中藥材道地性等方面有理論創新，衍生出分子生藥學、中藥資源化學、中藥資源生態學等分支學科，並創新了一些新技術新方法。
然而，由於鑒別困難、盲目移栽或栽培不當、土壤等原因，目前中藥材還存在以假亂真、品質下降、瀕危短缺、遺失被盜等問題，要解決其中的關鍵環節，讓中藥品質得到保證，並能持續利用，同時加大知識保護。
為此，建議在中藥資源保護利用的規劃佈局上，加強中藥資源體系規劃，分析中藥資源分佈和栽培區域變化，建立國家中藥資源自然保護區和中藥材種子種苗基地，建設種質庫、種苗繁育基地、標本庫等以國家中藥資源中心為主的體系。加強中藥品質辨識和品質形成研究。通過編研《中藥藥用生物紅皮書》，開展中藥資源動態監測方法研究、種質資源保存方法和標準化研究、基因資源的生物技術保護研究、產區土壤修復等，促進中藥資源持續利用。此外，要調查藥材的遺傳資源及傳統知識信息，開展藥材現狀、趨勢及管理對策分析，提出藥材管理及傳統知識保護的對策。
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