當今時代對《黃帝內經》名義之解釋總體傾向於內外之說，認為其名字沒有深意，並舉《莊子》內外篇來例證。其實《莊子》內、外、雜三篇，在莊子整個學問體系之中，地位各有不同，所以內、外、雜三字，各有其義，並不是簡單的三個符號而已。在那個惜墨如金的時代，著書立說皆是字斟句酌，更何況書名，《黃帝內經》亦不例外。漢語中有內教、內學之說。內教，指佛教；內學，一指佛學，一指道教所習神仙導養之學。兩家學問皆為明心見性，參禪悟道之學。《黃帝內經》作為中醫學奠基之作，吸取百家精華，與佛道內學應該不無聯繫。
《孟子·告子上》曰：「學問之道無他，求其放心而已矣。」陸九淵也認為「聖人之學，心學也」。「內」作「心」、「道」解，則可以貫穿、統一《素問》、《靈樞》兩部分。也就是說，「素問」即問道、訓道，無論「問道」還是「訓道」，皆由心而證，而「靈樞」就是心之關鍵、機要。
素問就是問道、訓道
素問者，問素也，緣於賓語前置。丹波元簡《素問識》：「林億等以為問太素之義，是也。《史記·殷本紀》，伊尹從湯言素王及九主之事。」《索隱》曰：「素王者太素上皇，其道質素，故稱素王。」《列子》、《乾鑿度》並云：「太素者，質之始也。」劉向《別錄》云：「言陰陽五行，以為黃帝之道，故曰太素。《素問》乃太素之問答，義可證焉。而其不言『問素』，而名『素問』者，猶屈原《天問》之類也，倒其語焉爾。」全元起云：「素，本也。問者，黃帝問岐伯也。方陳性情之原，五行之本，故曰素問。義未太明。」吳崑、馬蒔、張介賓、王九達皆以為平素講求問答之義。趙希弁《讀書後志》云：「昔人謂《素問》以素書黃帝之問，猶言素書也，俱臆度之見而已。至《雲笈七簽》真仙通鑒雲，天降素女，以治人疾，帝問之作《素問》，則荒誕極矣。」
丹波元簡之說，幾近包括當今關於素問之註解，評說甚當，但未盡也。王洪圖先生主編《中醫藥學高級叢書》之《內經》中提到：「本與質似接近『素』之原意。《素問》之名義，仍須繼續探討。」「素，本也（全元起《素問訓解》）」，再有「道生一，一生二，二生三，三生萬物」（《道德經》第四十二章）。素問者，問素也，問本也。道為萬物之本，問素則可以理解為問道。「問，訓也」（《說文解字》）。所以素問者，問素，問道，訓道也。無論「問道」還是「訓道」，皆由心而證。
「內」作「心」、「道」解，在《素問》文中亦有多處論證。開篇《上古天真論》：「上古之人，其知道者，法於陰陽，和於術數，食飲有節，起居有常，不妄作勞，故能形與神俱。」「虛邪賊風，避之有時，恬淡虛無，真氣從之，精神內守，病安從來。是以志閒而少欲，心安而不懼，形勞而不倦，氣從以順，各從其欲，皆得所願是以嗜欲不能勞其目，淫邪不能惑其心，愚智賢不肖於物，故合於道。」王冰也有「百端之起，皆自心生」之說。
靈樞就是心之關鍵、機要
張介賓《類經》：「神靈之樞要，是謂靈樞。」王九達《黃帝內經素問靈樞合類》：「靈乃至神至玄之稱，樞為門戶闔辟所繫。《生氣通天論》：『欲若運樞』。樞，天樞也。天運於上，樞機無一息之停，人身若天之運樞，所謂守神守機是也。其初意在於捨藥而用針，故揭空中之機以示人。空者靈，樞者機也。既得其樞，則經度營衛，變化在我，何靈如之。」
現代的科學思想關於「靈」的解釋：人類，具有一種超越常規的潛意識邏輯思維狀態。中國先賢也有論及：「不可內於靈台，不可入於靈府。」（《莊子·德充府》）註：「皆謂心也。」？指人的精神狀態。又如：心靈(指內心、精神、思想等)、靈明(指「心」，即主觀精神)、靈機、靈感、靈性等。無論何種解釋，皆與心智神有關。經文中也有論及：「粗守形，上守神。」「一者，持心也。」（《九針十二原》）「凡刺之法，先必本於神。」「必一其神，令志在針。」（《本神》）
「樞，戶樞也」（《說文》）。「樞機之發」（《易·系辭》），樞機，制動之主，指主制動的機關。「其樞在水」（《管子·水地》），樞：「主運轉者也。」「琴氏乃橫弓著臂，施機設樞」（漢·趙曄《吳越春秋》），樞：「中心；樞紐；關鍵。」「今夫韓魏，中國之處，而天下之樞也」（《戰國策·秦策》），樞作樞紐講。「謂之道樞」(《莊子·齊物論》)，樞：「要也。」總的來說，樞可以作機要、關鍵、樞紐講。「靈樞」合起來講就是心靈、神智的關鍵、機要。經文中也有論及：「上守機者，知守氣也」（《九針十二原》）。
《內經》講的是形而上之大道
《內經》流傳至今，而《外經》散失，原因何在？內道心，而外物器也。舉《莊子》為證：「內篇七篇，是《莊子》有題目之文，外篇則標取篇首兩字，而次第編之，以羽翼內篇，盡其未盡之蘊。」（陸西星《南華經副墨》）內篇七篇之《逍遙游》、《齊物論》等表達了莊子逍遙者無待，齊物者一生死等道家重道心等核心思想，地位最重要；外篇十五補充內篇而已，次之；及雜篇十一多是後人所撰，地位更次之。由此內外之義顯矣。「形而上者謂之道，形而下者謂之器」（《易·系辭》）。中國自古輕器而重道，《內經》講形而上之大道，頗受推崇，故而流傳，《外經》散失，無從考證，疑言形而下之器，少人問津，故而散失。
內篇亡，則莊子沒；《內經》無，則中醫亦無從談起。
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