氣功發展中存在的問題，也是顯而易見、不容迴避的，這些問題涵蓋了學科建設、管理措施、人才培養、科研水平等諸多方面。其結果導致了氣功核心競爭力的弱化，氣功學科亟待發展。
學科建設滯後
在經歷了兩次發展高潮的洗禮後，氣功學科的框架基本形成。其主要標誌是，氣功醫院、門診部等醫療機構的建立，包括本科生、博碩士研究生在內的氣功教育體系的形成及規劃教材的出版，專業研究所、研究室等科研單位的設置等，國家及地方性的健身氣功管理中心的設立，中國醫學氣功學會、世界醫學氣功學會、中國健身氣功協會的合法註冊與運行。
但學科建設滯後的問題仍然比較突出，如「軟件」方面有：氣功的內涵與外延不明，醫學氣功與健身氣功的界定不清，氣功學術活動、尤其是正常學術爭鳴的不足與弱化；「硬件」方面有：氣功專業機構數量少、規模小，從業人員數量不足、年齡斷層、結構失衡。凡此種種，使氣功學科建設不僅大大落後於其相關學科，而且也與人們對氣功的要求、想往不相符合；瑜伽等「舶來品」在國內較快發展的現實，則從另一角度反襯出氣功學科建設落後的窘地。
管理措施不全
任何活動廣泛、正常的開展，必須以嚴格、周全的管理作保障，氣功也不例外。回顧近幾十年來的氣功管理，似乎可以用「救火式」與「保姆式」來形容。始於上世紀70年代末的第二次氣功高潮，其發展的速度之快，涉及的地域之廣、人員之多是前所未有的，在管理部門尚未作出相應的反應之時，氣功高潮已經在華夏大地規範興起，這就直接導致上世紀七八十年代氣功活動幾乎完全處於自發性、無序性狀態，八十年代中後期開始，管理部門針對氣功活動中出現的問題進行「救火」。如針對一段時間內氣功無證行醫活動的出現，國家中醫藥管理局於1989年11月發佈了《關於加強氣功醫療管理的若干規定》，以規範氣功的醫療活動；針對商業性氣功活動的出現，工商、稅務、物價管理部門也先後就這三個方面出台了相關的管理辦法。但這些被動式、「救火式」管理的效果並不理想，管理者與被管理者之間「貓捉老鼠」式的遊戲屢見不鮮，以致李洪志之流打著氣功之名，大行反科學、反人類、反社會、反政府之實，對氣功事業的發展造成了嚴重的危害。
本世紀對健身氣功的管理則完全是「保姆式」的，國家體育總局發佈的《健身氣功管理辦法》，對健身氣功的定義、功法審批、活動站點建立、從業人員資質等，進行了全方位的規範。從結果來看，該辦法對氣功活動的「撥亂反正」確實起到了作用，但隨之出現的是氣功參與人員不足，以致國家對氣功的投入與人民群眾受益的「投入產出比」失衡，氣功對人們養生保健、防病治病所起的作用有限。故這兩種管理模式實際上都不理想，或者說都不完全符合氣功學科發展的特點。此外，現行「醫學氣功由衛生部門管、健身氣功由體育部門管」的分工管理制度，其不足之處也是顯而易見的。以筆者之見，借鑒其他學科的經驗，通過加強行業規範建設，政府管理部門與行業協（學）會的「齊抓共管」模式，值得一試。
專業人才匱乏
由於筆者對健身氣功的現狀不是很瞭解，故這裡所說的人才匱乏，主要針對醫學氣功而言。目前，國內成規模的醫學氣功機構有河北省氣功醫院、上海市氣功研究所、北京中醫藥大學氣功教研室、中國中醫科學院西苑醫院氣功科等。但即使在這些單位，人才匱乏問題也很突出，主要表現為：
一是人員總數不足，上述四家單位（部門）中教研室、科室人員都在10人以下，醫院、研究所的人員總人數雖不少，但真正工作在氣功一線者也十分有限，大致也各在10人以下，其他的中醫醫院大多沒有氣功的專職編製，從業人員基本以兼職為主。樂觀地估計，目前全國氣功專業人員的總數在50人上下，這樣一支人數不足的隊伍，要承擔起傳承、弘揚氣功學術的任務，實在力不從心。從這個角度來說，甘肅省衛生廳號召醫務人員學習真氣運行法，有著非常重要的現實意義。如果學習的內容由真氣運行法擴大為整個氣功的基礎理論、基礎功法等的話，其意義將更大。
二是領軍人才的缺乏，據不完全統計，目前一線氣功從業人員中具有教授、研究員、主任醫師等正高級職稱者不足10人，其中博士生導師只有北京中醫藥大學的劉天君一人。這一現狀勢必影響氣功學科的可持續發展，好在上世紀兩次氣功高潮的主力軍和領軍人物大多還健在，如河北省氣功醫院的「四大金剛」張天戈、趙寶峰、李春才、田宏計，北京的宋天彬，上海的張文江、王崇行、柴劍宇，浙江的劉元亮等，如能從現在起，就為他們配備得力的助手，抓緊對其經驗的傳承，完全有可能在較短的時間內取得較好的成效。
科研水平不高
氣功的科學研究起步較晚，從上世紀５０年代的首篇氣功論文算起，至今不過五十多年，故基礎差、經驗少；加上近十年來立項難、經費申請難、論文發表難，及其人員不足等原因，使氣功科研整體水平的提高十分緩慢，近年在高級別期刊上發表的論文十分稀少。每年能在中國中文核心期刊上發表的論文不足10篇，在更高級別期刊上發表的氣功論文則更是屈指可數；在各種學術會議上交流的氣功論文，也基本以數量不多、亮點不多為特徵。而科研水平的不高，就會導致氣功核心競爭力的不足，甚至還會影響到人們對氣功科學性的認識。
加強人員培訓、組織專項攻關等措施，可能是緩解燃眉之急的有效方法。上海市高血壓研究所在幾十年中積累的經驗值得借鑒，他們的前瞻性設計、大樣本觀察、幾十年連續性跟蹤等方法，幾近循證醫學的要求，故其研究結果至今未見提出異議者。
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