氣功是否等同於外氣的爭論是氣功史上最為激烈的爭論，尤其是誤將外氣等同氣功時，對氣功學的打擊幾乎是致命的。
那種「呼風喚雨」、「點石成金」、「穿越時空」、「預測吉凶」的能耐與氣功無關。氣功只能為長壽加碼、為健康增色，不能使人變為「超人」。
對氣功的爭論，由來已久，甚至可以說爭論貫穿於氣功的整個發展過程。既有學術之爭，也有學術以外的爭論；不同的爭論，對氣功的意義也大相逕庭。爭論的主要內容大概有以下幾個方面。
動靜之爭
由於氣功功法有動靜之分，圍繞動、靜優劣的爭論由來已久。主靜的有莊老之說、孔子師徒的靜坐、《內經》倡導的「恬惔虛無」、佛門的禪定、道家的周天等；主動者有《呂氏春秋》的「流水不腐」、《內經》的導引按蹻等理論，也有五禽戲、八段錦、易筋經等功法。這種純學術之爭極大地推動了氣功的發展與提高，「宜動者靜，宜靜者動」的動靜結合觀幾乎被所有人所接受，且使氣功在理論與實踐上與中醫養生學融為一體，這些都有很好的例證。
上世紀五六十年代，是氣功發展的一個高潮，期間的功法似乎「主靜」佔上風，河北早期推出的內養功及稍後的強壯功等，上海的三線放鬆功，以及因是子靜坐法等均屬靜功。
值得一提的是，上世紀五十年代還首次出現了「動靜」之外的學術爭鳴。資料顯示，當時《中醫雜誌》發表的一篇論文就《氣功療法實踐》與作者劉貴珍提出了「商榷」，如氣功的定義、氣功作用原理的假設等，雖未見劉氏的應答，但從實際情況來看他接受了論文作者的一些觀點，《氣功療法實踐》再版時對氣功定義的修正就是一個實例。
時至八九十年代，學者就氣功的「動靜」又一次展開了爭論。其起源可能與張文江等的《生命在於靜止——中國傳統氣功養生原理真諦》（山西人民出版社，1989年），該書將氣功養生的「真諦」歸納為靜，不但為「主動派」所難以接受，而且與深入人心的「生命在於運動」一說相悖，故對這一爭論關心的人遠不止氣功界。為此，《上海中醫藥雜誌》在1990年～1992年間，連續發表相關文章，就氣功中的「動靜觀」展開辯論。儘管這一爭論最後並沒有形成「標準答案」，但它和五六十年代的爭論一樣，爭論雙方的本意都是熱愛氣功、關心氣功，所以爭論的結果對氣功學術的發展起到了積極的引領作用。
外氣之爭
關於氣功外氣的爭論，可能是氣功史上最為激烈的爭論，且這一爭論僅見於現代。氣功「外氣」，古稱「布氣」，始見於晉代。古人的解釋是：「學道養氣者，至足之餘，能以氣與人……謂之布氣。」即認為這是練功有素者，將自身「多餘」的氣給予他人，故被現代人稱為「內氣外放」，簡稱「外氣」。
歷代氣功文獻中的「布氣」均呈「散見」狀態，上世紀五六十年代則未見此說，它的興起則是從七十年代末開始的。1978年《自然雜誌》自其創刊號開始，連續發表了上海等地學者關於外氣研究的多篇論文，引起了廣泛的關注，「外氣熱」也由此形成並迅速升溫，以至於在相當一段時間內「外氣」幾乎成了氣功的代表，「外氣=氣功」、「氣功=外氣」的觀點被廣大群眾所廣泛接受。
然而，關於外氣的爭論也隨之而來並延續至今，且其「熱度」也始終隨外氣熱的變化而波動。帶功報告、外氣2000公里超遠距離對物資分子作用的研究、外氣參與撲滅大興安嶺森林大火、氣功成功預測衛星發射等報道的發表，使「外氣熱」及其爭論達到了頂峰。
對外氣爭論的焦點主要有兩個方面，一是外氣到底是否存在？二是外氣到底有多大的作用？前者在「正」（相信外氣）、「反」（不相信外氣）雙方之爭；後者則是「正方」內部的爭論。與上述關於氣功的動靜之爭不同，由於外氣不是氣功學術的「主體」，它不能代表氣功，因此這一爭論總體上對氣功學術的發展弊大於利，尤其是誤將外氣等同氣功時，對氣功學的打擊幾乎是致命的。
作用之爭
氣功有沒有作用？氣功的作用到底有多大？這是爭論的又一個焦點。綜合各方觀點，對氣功作用的觀點大致可以分為三種：第一種是「一概肯定」——不恰當地誇大氣功的作用，把它說得神乎其神、無所不能，發表這種觀點者看似善意，但其結果是「拔苗助長」、有害無益。第二種是「一概否定」——任意貶低、甚至詆毀氣功的作用。值得一提的是，無論是鐵桿「肯定」派，還是堅定的「否定派」，其中有許多人根本就沒有接觸過氣功，他們全是憑著自己的固有知識及對氣功的豐富想像，而發表各自想當然的「高見」，於是「你方唱罷我登場」，「吉祥文字訴短長」，其結果往往將「爭論」演變成「鬧劇」，對氣功的研究與發展有害無益。第三種是筆者及多數醫學氣功者的態度，認為氣功是有作用的，但氣功的作用並不是無限的，而是有限的。以醫療為例，對極少數病證氣功可以扮演主角的角色，但在多數情況下，它只能處於從屬與輔助的地位。
氣功的作用主要在於發掘人體固有的潛能，那種「呼風喚雨」、「點石成金」類的能耐即使有也與氣功無關；至於「穿越時空」、「預測吉凶」類的詞語，或為小說家之想像，或為人們美好的願望，與氣功也無關係。氣功對人而言，只能起到為長壽加碼、為健康增色的作用，不能使人變為「超人」。因此，關於氣功作用的爭論，實際上也已超出了學術的範圍。
學科之爭
有些人雖認可氣功有作用，但否認它是一個獨立的學科，而是心理學或體育的一部分。究其原因，與這些人對氣功的瞭解並不全面有關，他們或是只注意到氣功的調心，從而斷定其為心理療法，或是只看到氣功的調身，從而認為它是體育的一種。此外，還有人把氣功劃歸為瑜珈、行為醫學的範疇。這與在一段時間內，人們只看到氣功的調息作用而將它定義為呼吸鍛煉一樣，犯了「小視野」的毛病。
事實上，氣功與上述之心理學、體育、瑜珈、呼吸操等有著本質的區別，無論是理論還是操作，氣功的民族色彩、中國特色、三調融一，以及與心理學等的源於西方、三調缺失等的情形完全不同。至於它們之間的互相借鑒那是學科發展過程中的必然，與學科的歸屬無關。這就像雖然宗教著作中保存了大量可靠的氣功文獻、許多宗教人士也在練功，但我們不能就此將氣功與宗教畫上等號一樣。對學科的劃分與歸屬，要從理論、方法、操作、功能等內涵入手，而不能只憑一招一式或隻言片語。
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