《內經》中有關標本的內容散見於眾多篇章中，如《素問·標本病傳論》、《素問·至真要大論》、《素問·湯液醪醴論》、《素問·天元紀大論》、《靈樞·衛氣》、《靈樞·病本》等篇均有涉及，內容包含經脈標本、六氣陰陽標本、先病後病標本等。標和本是兩個相對的概念，《淮南子·天文訓》有「本標相應」之說，指出「標本互相對應」。就其本意而言，草木之枝葉末梢謂之「標」，草木之根謂之「本」。標本常用以概括說明事物的本質與現象、原因與結果、先與後、主與次等關係，範圍包含廣泛。
經脈標本
在經脈標本理論中，「標」形容經氣瀰散之所，經氣流注之終末部位，故在頭面、胸背等。「本」形容經氣本源之處，經氣始出生部位，故在四肢末端部位。清·張志聰《黃帝內經靈樞集注》中云：「蓋以經脈所起之處為本，所出之處為標。」《內經》中完整介紹針灸標本理論的是《靈樞·衛氣》篇，其中詳細記述了手足三陰三陽經脈的標本，並討論了體表肢節部位與各經標本的相應關係和穴位。「本」，是指經氣集中的本源部位，手足三陰三陽經脈的本部都在四肢下部。「標」，是指經氣瀰漫擴散的部位，十二經的標部主要分佈於頭面胸背等上部。由此可看出，標本理論講究本經脈首尾相應，但多強調部位的作用，不強調是哪一個穴，文中可見「之中」、「之間」、「之端」、「所」等記述，並沒有直接談到具體的腧穴。
經脈標本理論主要用以闡明四肢與頭面軀幹之間經氣運行的升降關係，說明經氣集中與擴散的關係，著重於經脈脈氣的瀰散影響，與根結理論同是《內經》成書時期的重要針灸理論。兩者主要有三個不同點：標本理論出現早，根結理論出現晚；標本理論指一段經脈，根結理論具體到了穴位；標本理論包含經氣布散的範圍大，根結理論專指經脈之根井穴以及經脈之結頭身部某器官。結合眾多《內經》中關於標本理論的論述，可見當時標本理論也是醫學通用理論之一，故《靈樞·衛氣》篇云「能知六經標本者，可以無惑於天下」，充分強調了這一理論的重要性。
標本理論強調了人體頭身與四肢的密切關係，對針灸臨床的診斷和治療具有重要的指導意義。十二經均有本部和標部，據《靈樞·衛氣》篇載，十二經的本都在四肢部，標則在頭面和軀幹部，這種以四肢為本的理論，主要是突出了四肢穴位對於頭身臟器疾患的遠道主治作用。《素問·標本病傳論》云：「凡刺之方，必別陰陽，前後相應，逆從得施，標本相移，故曰有其在標而求之於標，有其在本而求之於本，有其在本而求之於標，有其在標而求之於本，故治有取標而得者，有取本而得者，有逆取而得者，有從取而得者，故知逆知從，正行無間。」其中，「前後相應」指胸腹與背腰相互呼應，「標本相移」指上下相互影響，是在十二經的基礎上對標本理論的進一步闡述，臨床疾病須辨證詳察。
標本理論臨床配穴可變化多端，如在標治標，在本治本，可謂近取；如在本治標，在標治本，則是遠治；更多的是遠近結合，即標本同治。此外，《素問·五常政大論》云：「氣反者，病在上，取之下；病在下，取之上；病在中，傍取之。」《靈樞·終始》云：「病在上者下取之，病在下者高取之，病在頭者取之足，病在腰者取之膕。」多指頭身臟腑病症取用四肢肘膝以下的腧穴治療。五輸穴、原穴等重要特定穴均分佈於肘膝關節以下，為經氣來源，信息量大，刺激性強，分佈特徵亦屬於向心傳遞，故不僅有較強的治療作用，還有取穴方便、用穴安全的特點。
六氣陰陽標本
在運氣學標本理論中，「標」為少陽、陽明、太陽、厥陰、少陰、太陰。「本」為六氣風、熱、火、濕、燥、寒；在本之下，標之上，與標互為表裡之氣的就是中氣。《素問·天元紀大論》云：「寒暑燥濕風，天之陰陽也，三陰三陽上奉之」，說明六氣是氣候變化的本原，三陰三陽是六氣的標象。《素問·六微旨大論》曰：「少陽之上，火氣治之」；「陽明之上，燥氣治之」；「太陽之上，寒氣治之」；「厥陰之上，風氣治之」；「少陰之上，熱氣治之」；「太陰之上，濕氣治之」。
標本中氣的從化及與疾病的相應關係是運氣學說的一個重要內容，用以解釋自然界六氣的氣候變化和人體疾病產生的相關性，說明證候產生的原因。人生存於氣交之中，因天地之氣上下相召，變化萬千，形成了人與自然息息相關的密切聯繫。在一般情況下，人能適應天地四時陰陽的正常變化，故無病。若天地之氣有變，故感邪而生病。標本之氣，各有陰陽寒熱的不同，以對立性原則為轉化條件，因此其從化關係也各不相同。少陽、太陰從本，如少陽病口苦頭痛、耳聾目眩等都是生於火之本氣；太陰病腹脹洩瀉都是生於濕氣。少陰、太陽標本異氣，故既可以從本化熱，也可以從標化寒。如少陰、太陽傷害均有寒化證和熱化證兩類。陽明、厥陰從中氣，陽明者，兩陽合明，為陽之極，陽極則陰生，故燥從濕化，病不從標本而從中見太陰；厥陰者，兩陰交盡，為陰之極，陰極則陽生，故木從火化，病不從標本而從中氣少陽。
先病後病為標本
《素問·標本病傳論》云：「病有標本，刺有逆從。」王冰註：「本，先病。標，後病。」張介賓曰：「病之先受者為本，病之後受者為標。生於本者，言受病之原根。生於標者，言目前之多變也。」即先發之病為本，後發之病為標；原發病為本，繼發病為標；病因病機為本，病因病機所引發的症狀為標等等。在治療法則上，本篇云「病發而有餘，本而標之，先治其本，後治其標；病發而不足，標而本之，先治標，後治其本」。表明病先發者先治，後發者後治，體現了治療先治本的原則，也是臨床的常規治療法則。本篇亦提出「間者並行，甚者獨行」，其意為病勢不急而標本同等者，可標本同治；病勢較急重者，標急則先治標，本急則先治本。後世急則治其標，緩則治其本，標本俱急則標本兼治，是對《內經》標本治則的引申和概括。
病為本，工為標
《素問·湯液醪醴論》所云：「病為本，工為標；標本不得，邪氣不服。」包含兩方面的意思：其一，就醫患關係而言。病人為疾病的主體，所以患者為本；醫生治病改善患者症狀，所以醫生為標。其二，就疾病與治療手段而言。疾病本身為根本，所採取的治療方法、治療所需的藥物為標。緩解緊張的醫患關係應遵循病人為重，醫生為輕的思想，這在《內經》中早有體現。此經文對當今社會醫患關係的處理上具有現實指導意義。
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