對於「火神派」起死回生的醫術，不少醫家欽佩他們大劑量應用附子的膽量，為其神奇療效而驚歎；遂在臨床運用火神派的方法治療一些疑難病，也取得了一些意想不到的效果。所以雖不能從理論上得出與火神派學者完全一樣的結論，又對於其實踐不可輕易加以否定。按《內經》所言，陰陽皆為生命之本，陰陽互根，單獨「崇陽」的理論實有失偏頗；但是僅從理論上並不能否定其臨床療效；所以還必須從其用藥特色入手，通過實踐探討其療效的實質。
火神派理論上推崇陽氣，臨床擅用中藥附子。百餘年來代有傳人，像吳佩衡、祝味菊等均以「吳附子」、「祝附子」之名而馳名醫林。所以必須從附子入手探討其玄機真諦。《神農本草經》云：「附子，氣味辛溫有大毒，主治風寒咳逆邪氣，寒濕痿痺，拘攣膝痛，不能行步，破症堅積聚，血瘕金瘡。」並未有補命門之火或「真氣」等近似的說法。而鄭欽安氏立論：「人身一團血肉之軀，全賴一團真氣運於其中而立命」，「人之所以奉生而不死者，惟賴有此先天一點真氣而已。真氣在一日，人即活一日，真氣立刻亡，人亦立刻亡，故曰人活一口氣，氣即陽也，火也。又曰人非此火不生！」「子不知人之所以立命者在活一口氣乎，氣者陽也，陽行一寸，陰即行一寸，陽停一刻，陰即停一刻，可知陽者陰之主也，陽氣流通，陰氣無滯，自然百病不作。陽氣不足，稍有阻滯，百病叢生。」
四川盧崇漢氏更進一步發揮，提出了「人生立命在於以火立極，治病立法在於以火消陰」的純陽理論；所以臨床上多以「寧事溫補，勿事寒涼」為原則。看來火神派在發揚以附子補人身之「真氣」的同時，其實是把「氣」與「火」、「火」與「陽」的概念混為一談，得出了「人活一口氣，氣即陽也，火也」，「人非此火不生」的結論。這樣就用這個經過改造的「陽」、「火」概念貶低了同為正氣而只是功能表達不同的「陰氣」，因為這個「陰氣」已經在其論述中被偷換概念成了「死」的代名詞。而這種「陰陽生死」說，其實與《內經》所言陰陽為「萬物之綱紀」說並非完全吻合。
《內經》以「火為陽」、「水為陰」，「陽為氣」、「陰為血」。雖氣與火同屬於陽，血與水同屬於陰，然與人的有機體生命運動狀態——精神——更直接的是氣血。故經言「人身除氣血二字外無他」。因「氣中生精」、「精化為氣」，故氣是火與精神的中介。總起來看，所謂火神派、補水派，最終目的應當都是著眼於氣、血、精神。「火神派」功勞是把在實踐中把附子的壯火收斂轉化為了少火，而「少火生氣」（可簡稱「斂火化氣」）。如果沒有「斂火化氣、氣中生精」這樣一個動態的過程，而僅僅是著眼於火，則火神派的許多驗案都難以解釋。雖然火神派的學者本人可能也並不一定在理論上承認這一點。
火與氣的相互轉化即「斂火化氣」，這在《內經》是有理論依據的。《素問·陰陽應像大論》篇言「壯火之氣衰，少火之氣壯，壯火食氣，氣食少火，壯火散氣，少火生氣」。歷代對於「壯火」、「少火」有數種解釋，一是指天地自然之火，一是指藥物的藥性，一是指人的病理生理；其實，中醫以天人合一，藥與人也是合一的，「壯火」無論是指藥性純陽大熱，還是人體內外的各種邪氣從火而化，或氣機亢進有餘而火化，都是可以令正氣虛衰的因素，醫家必須加以收斂之。對於純陽大熱藥則必須使之轉化為能生氣的補少火之藥。「少火」為「溫而補氣」之藥性，與正常生理的溫煦之氣同氣相求，故可「生氣」、「生精」。
按歷代藥典記載，生附子之毒性絕不可以輕視，無論是否陽虛，一次藥量若超過100 克，則必致死無疑。但是火神派用附子動輒100克以上，其關鍵實在於「久煎」二字。而且不是一般的「久」，而是要煎煮兩小時以上。只有這樣才能使附子的壯火之性收斂轉化為少火生氣之能。尤為重要的是，久煎後的附子的補氣功能之快速、之強大、之集中，肯定還有參術之類不具備的地方。只是現在還缺乏實驗比較驗證而已。
因此我們對附子既不必畏之不可用，誤以為「臨床上使用附子，絕對不是用量越大，效果越好；而是用量越大，危險越大」。其實量小不久煎，也有大毒，量大久煎也可無大礙而取良效才是事實。
筆者認為，只在理論上批評或肯定「火神派」是不夠的，今後有條件的單位應當進一步通過實驗總結四逆湯等的適應病證，尤其是對附子炮製前後的成分和藥性變化及適用的情況，以及哪些患者用附子的確有效，哪些患者用附子無效甚至有毒。這樣才是真正對患者負責，也才能使火神派的經驗得到昇華而普濟天下。
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