藥酒的製作主要涉及四個方面：酒的選擇，中藥材的選用和加工，藥酒的製作方法，以及藥酒的儲藏
一、酒的選擇
藥酒，用白酒、米酒或黃酒加入相應的中藥材經過浸泡加工配製而成。藥酒按照其作用大體可分為治療性藥酒和滋補性藥酒二類。滋補性藥酒雖然對某些疾病有一定防治作用，但其主要是對人體起滋補保健作用，促進身體健康。此類藥酒多具有較好的色、香和獨特風味，可作為一般飲料酒，可以佐餐或隨量飲用。治療性藥酒是以治療或防治疾病為主要作用的藥酒，在配方上多有一定的要求。
藥酒是酒和中藥共同加工製成的一種飲品，其中酒主要起溶解、析出、穩定、調和味道等作用。藥酒的酒精度根據選用的酒種而有高有低。部分外用藥酒，還可以用藥用酒精來配製。在製作藥酒時，選擇何種類的酒作為溶媒是炮製藥酒的頭道步驟。
早在唐代，我國第一部官修的藥典《新修本草》就指出：「諸酒醇醨不同，唯米酒入藥。」宋明時期，都是用米酒作為配製藥酒的原料，至清朝始，漸漸普及使用白酒來浸泡藥物。現今，大多數藥酒仍然以白酒作為溶媒，這是因為白酒酒精濃度較高，容易將藥材中的有效成分析出。製作藥酒時，不論選擇何種酒作為溶媒體，都應注意酒的質量、濃度和用量。所謂酒的質量，主要指在購買酒時，要注意酒的色澤、氣味、口感等。一般說，炮製藥酒使用質量優等的酒為佳。以白酒為例，好的白酒應是無色透明，不混濁，無沉澱物，氣味芳香，口味甘醇濃烈。而黃酒的質量則要求色黃褐而透明，氣味濃郁淳厚，口感柔和爽口。製作藥酒時，根據所需藥酒的性能和功效，把握好酒的濃度，十分重要。如果酒的濃度過高，藥物中的水分容易被滲出，而藥質變硬，有效成分反而難以溶解析出。如果酒的濃度過低，則藥物可能因吸收水分而體積膨脹，同時一些苦味質及雜質等易被溶出，影響藥酒的氣味。一般來說，配製滋補類藥酒時，應用的原料酒的濃度可以低一些；配製祛風濕，、活氣血、疏經絡的藥酒，則原料酒的濃度可高些。
二、中藥材的選用和加工
配製藥酒時，要按照其主治和功效，選用適當的中藥，特別注意同名但不同種藥材，或同一藥材不同使用部位或不同加工炮製的功能差異。如牛膝有淮牛膝和川牛膝的不同，淮牛膝產於河南，含有多量鉀鹽和皂甙，功能以補肝腎，強筋骨為主；川牛膝則產於四川，不含皂甙成分，臨床應用以活血化瘀，引血下行為主，兩者有較大區別。另如，地黃有生地、熟地之分，生地擅長清熱涼血養陰，而熟地偏於養血滋陰補腎；當歸用須活血，用身則補血；小麥分淮小麥和浮小麥，前者安神，後者斂汗；黃芪用於固表、利水、托瘡等應生用，用於健脾補中氣應炙用。凡此種種，選用均應加以注意。
選擇好藥材之後, 在製作藥酒之前，還應進行適當加工處理, 如洗淨泥沙、揀去雜質、切片軋粉、裝袋包紮等。此外，有些藥材還要進行炮製加工，以減輕毒性，使適於用來製作藥酒。早在唐代，孫思邈就在《千金要方》中指出：「凡合藥酒，皆薄切藥。」一般說，用來浸泡藥酒的中藥都應或切成薄片、碎片，或軋成粗末、小塊，有的礦石類及介殼類藥還需碾成細粉狀，這樣做的目的是擴大藥物與酒液的接觸面，有利於中藥有效成分的擴散、溶解和析出。但也要注意碾末不宜太細，過細則破壞藥物的細胞，可使細胞內一些粘液質或不溶物質進入酒液，不但不利於有效成分的擴散、溶解，還會使藥酒混濁。有的藥物帶有毒性，如附子、半夏等藥物，使用之前應進行必要的炮製加工後再使用。
三、藥酒的製作方法
我國已經有上千年藥酒制備的歷史, 方法由簡到繁, 多種多樣, 各有所長。最初的制備方法是將中藥直接放入酒中浸泡，如唐代孫思邈就說：「凡漬藥酒，藥皆切細，生絹袋盛之，納酒中，密封頭，春夏四五日，秋冬七八日，皆以味足為度，去渣，服酒。」李時珍則另有方法，他在《本草綱目》中指出：「或以藥煮汁和飯，或以藥袋安置酒中，藥入壇密封，置大鍋中，水煮一日，埋土中七日，出火毒乃飲。」綜合歷代醫家製作藥酒的方法，按生產方法的不同，主要有浸漬法、滲漉法、釀造法等方法。
浸漬法是家庭藥酒製作時最常用的方法，具體又有冷浸法和熱浸法的不同。對那些有效成分容易浸出的單味藥，或味數不多的藥物，或有較強揮發性成分的藥物，多採用冷浸法。如果藥酒的處方配伍眾多，酒量有限，用冷浸法有效成分不易浸出，就應當選用熱浸法。對酒精度數較低的酒，如黃酒、果酒，不容易將藥物中某些有效成分溶解出來，也常常利用加溫的方法使藥物的有效成份能盡可能多的析出。
冷浸法：將藥物適當切制加工，若泡用的酒量不多，可將切片或粉碎的藥物用乾淨紗布、絹布袋包裝，紮緊袋口，放入酒器中；大劑量製作則不用袋盛，直接將藥物置於容器內，然後加入適量的白酒或黃酒，密封浸泡。浸泡時間根據處方需要和酒量多少而定，一般經1個月左右， 最短不少於7天。密封後的酒器應放置在陰冷避光處，適當攪動或晃動，使酒與藥物能充分接觸。開始每天攪動或搖晃1次，7天後可改為每1周攪動或搖晃1次。待藥物有效成分浸出後，取上清酒液，藥渣壓搾後棄去，酒液靜置過濾澄清，貯存在酒瓶中，慢慢飲用。有些藥酒需浸泡較長時間，如龜蛇酒、三蛇酒、虎骨酒等均需浸漬3個月至半年，才可飲服。另有一種冷浸方法，不需壓搾去渣，而在浸泡到一定時間，即開始取上清酒液服用，服去一半藥酒液時，再加入適量原料酒，如此往復，直至藥味清淡為止。餘下藥渣，可研為細末，用第二料藥酒送服。如參茸酒就可用此法泡製。
熱浸法：將藥物軋粗末，或切薄片，放進酒器內，加入適量的酒，密封瓶口，然後隔水蒸煮至沸，取出候冷，放置於蔭涼處，繼續浸泡至規定時間，濾取上清酒液，藥渣則壓搾後取液過濾，兩液合併，經澄清後，裝瓶慢慢飲用。 另有一種方法也屬於熱浸法，即將藥物放陶器（如砂鍋）中，加入適量酒，用厚紙將酒器口封固，浸泡數小時後，上文火慢煮至沸，取下候涼，靜置2~3日，濾取上清酒液，藥渣壓搾取汁，過濾澄清，兩液合併，裝瓶備用。
滲漉法：滲漉法適用於大量藥酒的製作，需要一定的設備。滲漉法使用的工具稱滲漉筒，是一種呈上寬下窄，上面敞口，下面有水龍頭開關控制的滲出小口的筒式或缸式裝置。這種方法利用酒液自上而下，緩緩滲過藥粉，形成良好的濃度差，以利於有效成分的擴散和析出，其浸出效果優於浸漬法，成份提取也較浸漬法完全。製作時，先將藥物軋成粗粉狀，加適量白酒浸漬2~3小時，使藥物充分浸潤膨脹，然後分層均勻裝入底部墊有脫脂藥棉或濾過紙的滲漉筒中。每次裝藥都用木棒將藥壓緊，注意不要將滲漉筒過於裝滿，以三分之二容量為宜，藥物上面蓋以乾淨紗布，再在紗布上鋪一層洗淨的細小石子，以免加入酒時，藥粉浮起。倒入酒前，先打開下面的開關，放出筒中藥物內的氣體，再慢慢加進白酒，當液體自下口流出時，關閉開關，將流出的液體倒回滲漉筒，繼續加酒至高出藥物表面2~3厘米，蓋上筒蓋，密閉放置數天。打開下口開關，使經過滲漉的酒液緩慢流出，流速要控制，不宜太快，如以10公斤藥粉計算，每分鐘流量在30~50毫升左右。同時還要注意隨時在上面補充加入白酒，使酒不低於藥物表面，至原料酒加完。當滲漉出的酒液達到所需藥酒量的80~85%左右時，停止滲漉，取藥渣進行壓搾取液，與滲漉液合併，澄清過濾後，裝瓶密封備用。
釀造法：本法是用米、曲和藥物，通過直接發酵的方法釀取成酒。古代常用此法，而近代民間還有應用。其方法為：根據處方取用適量的米（糯米或黃粘米）、酒麴和藥材。先將藥材撿洗乾淨，打成粗粉狀；米淘洗乾淨、曲粉碎。以水浸米，令膨脹，然後蒸煮成干粥狀，待冷卻至攝氏30度左右，加入藥粉和酒麴，攪拌均勻，置陶器內發酵。發酵時應保持適當的溫度，如溫度升得太高，可適當攪拌以降溫。經過7~14天，發酵完成，經壓搾、澄清，濾取酒液。將濾取的酒液裝瓶，再隔水加熱至75~80攝氏度，以殺滅酵母菌及其它雜菌，保證藥酒質量並便於貯存。另一種方法是先煎煮中藥，取藥汁與米攪拌同蒸煮，然後加入酒麴發酵成酒。用釀造法製作出的藥酒，酒精度較低，適於不會飲酒者。
製作藥酒時，為了緩和藥性，調和口味，便於服用，還常會使用一些矯味劑或著色劑，常用的如紅糖、冰糖、白砂糖、蜂蜜等。
四、藥酒的儲藏
配製藥酒時，在準備工作階段，除了購買藥材外，還要選擇合適的制酒用的器皿。選用合適的酒器對浸製藥酒，保證制酒質量以及貯藏藥酒都十分重要。制酒容器應以陶瓷製品或玻璃製品為宜，而不宜使用鋁合金、錫合金或鐵器等金屬製品。使用的酒器應有蓋，以防止酒的揮發和灰塵等污染。陶瓷容器具有防潮、防燥、避光、保氣，以及不易與藥物發生化學反應等優點，而且外形古樸美觀，具有文化特色。但在防滲透方面要比玻璃製品差。玻璃酒器經濟價廉，容易獲得，是家庭自製藥酒常用的容器。但玻璃有吸收熱的特點，且透明透光，容易造成藥酒中有效成分的不穩定，影響貯藏。一般應選用深色玻璃酒器為佳。藥酒製作完成後，應及時裝瓶或盛壇，酒器上口要密封，勿使酒氣外洩，防止空氣與藥酒接觸，以免藥物氧化和污染。封好瓶口的藥酒應放置在陰涼乾燥和避光
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