砂仁味辛，性溫，屬理氣藥。主要有行氣調中，醒脾開胃，助消化的作用。並能引氣歸腎，兼有溫腎，化濕的作用。對因氣滯及脾胃濕冷而引致的脘腹脹滿、痰濕積滯，嘔吐，洩瀉、腹痛、消化不好等症，可用砂仁行氣散寒、化濕和胃，助消化。常配合枳實、白朮，木香，半夏，陳皮，茯苓、藿香、焦神曲等同用。
對因脾胃虛寒而致的洩瀉(腹部冷痛，喜按喜暖、口不渴、大便清稀)，可用砂仁溫脾，敞寒，燥濕。常配合黨參，白朮，木香，炮姜、茯苓等同用。對因脾胃虛寒而引致的冷痢(腹中冷痛、裡急後重，大便帶有白色粘凍、遇寒加重)，也可用本品暖脾、行氣，化濕。常配合木香、草蔻、吳萸，檳榔，當歸，土炒白芍等同用。因砂仁可以行氣，使大便通暢不滯，故也有時用於濕熱痢的大便不爽，但須配合黃連，黃芩、馬齒莧、白頭翁等寒性藥同用以監製其溫性。對因妊娠而胃氣上逆、胸悶嘔吐等導致的胎動不安。可用砂仁配合蘇葉、藿香、黃芩，白朮，木香，當歸等同用，可以安胎和中。
重用熟地等質地滋膩的補藥時，配用一些砂仁，可免除滋補藥妨害消化、減低食慾的副作用。前人有「砂拌熟地」(用砂仁拌粘熟地黃上)的用法。既免除了熟地滋膩害胃之弊，又可引熟地歸腎，可謂一舉兩得。
蔻仁與砂仁均有行氣調中的作用，但蔻仁和胃止嘔的作用勝於砂仁，砂仁暖胃燥濕的作用勝於蔻仁。
肉桂與砂仁均能入腎。引火歸元(腎)時用肉桂，引氣歸元(腎)時用砂仁。
砂殼(砂仁的外殼)也有理氣醒胃的作用，但缺乏砂仁溫中敝寒的效力。砂殼氣味薄、燥性小，肝旺胃弱者用之合宜。
據近代藥理研究，砂仁有芳香健胃作用，可促進胃的機能，促進消化液的分泌，並可排除消化管內的積氣。用量一般為五分至一錢半。特殊需要時可用至二、三錢。入煎劑時，宜打碎後下，久煎可減小藥效。砂殼體輕，一般用三，五分或七、八分。
砂仁有芳香溫燥之性，陰虛有實熱者慎用。
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