中藥材的質量影響著臨床療效。據瞭解，目前我國中藥材市場上藥材存在的質量問題主要有以下幾個方面：一是部分藥材水分含量明顯偏高、質地偏軟。這類中藥材極易發霉變質。二是一些中藥材用硫磺熏過。三是用偽品代替真品。四是質量低劣品種數量眾多。造成這些問題的原因以及管理的相應對策主要有以下幾個方面。
規範藥材種子市場管理
由於國家尚未上台中藥材種子管理法規，致使中藥材種子市場無章可循，管理不善，經營混亂。近年來，市場上經銷的中藥材種子質量低下，假種、劣種屢見不鮮，有的種子商將草木樨、苜蓿種子混充黃芪種子，野生豆科植物種子混充甘草種子等，在源頭上製造假劣藥材，也給農民造成了很大損失。
建議各級政府管理部門加強中藥材種子市場管理，建立健全中藥材種子流通體制，制訂中藥材種子管理規章，依法治理中藥材種子生產、經營活動，充分發揮國有醫藥、藥材主渠道作用，建議制訂《中藥材種子管理條例》等，對中藥材種子生產、標準、經營、管理和法律責任等方面，做出法制性規定，使中藥材種子生產和經營走向依法管理的軌道，從源頭上減少假劣藥材數量。
規範藥材倉儲與運輸管理
長期以來，中藥材多由產區農民以生產「農副產品」的方式進行栽培（或飼養），包裝材料也多由產區「就地取材」選擇使用。中藥材種類繁多，價值相差懸殊，產區分佈廣泛，使用的包裝也是多種多樣。
目前，國內市場對同一種中藥材沒有規定統一包裝，經營藥材的專業公司，多數也未制訂相關的包裝標準。
有的藥材因包裝物使用不當，造成藥效減弱、變化；有的藥材因包裝物潮濕破裂，或粘有劇毒農藥、高效化肥，或附有蟲卵黴菌，而產生第二次污染。所以，規範中藥材包裝，是提高儲存期和運輸過程中的藥材質量的有效途徑。
建議國家有關部門根據中藥材的性能分類進行包裝管理，明確藥材進行包裝後應有批包裝記錄，內容有品名（藥材名）、批號、規格、產地、生產日期等，通過這些提高藥材在儲存期和運輸過程中的質量，同時為中藥材的貨源跟蹤管理提供便利條件。
規範經營管理
從基層監督檢查情況看，中藥材經營戶和監管人員的監管均無章可循，城鄉集市貿易市場中藥材經營點普遍存在髒、亂、差現象，滯銷藥材隨地堆放，不按藥材性能要求儲存、沒有避光、通風、調溫設備，這些問題的存在直接影響藥材的質量。
所以需要國家有關部門盡快制訂中藥材經營的相關法規規定，以便讓經營戶和監管人員均有章可循，如借鑒《食品安全法》、《產品質量法》和《藥品經營質量管理規範》對經營戶要求建立台帳，設立產品名目標籤、註明產地、年限，督促中藥材經營戶對倉庫進行全面清理檢查，發現霉爛、變質的中藥材堅決就地銷毀。
提高相關人員素質
明確從業人員的准入資格
我國中藥材市場從業人員中初中文化程度占很大一部份，他們大多數缺乏法律意識和相應專業知識，由於法律意識淡薄，個別經營戶為了追求不當利潤，以國產冒充進口、以假充真，以非藥用部分來替代藥用部分，摻雜摻偽，人為製造假劣藥材，由於缺乏中藥鑒別的專業知識，尤其對藥典收載的中藥材的品名、性狀不掌握，誤將名稱、功效相近的藥材混用。如將廣金錢草當做金錢草，將香加皮當做五加皮，將北豆根當做山豆根等等。所以為提高藥材質量，應加強從業人員的法規意識培訓和專業知識的學習，提高從業人員素質。省級以上藥品監督管理部門要組織制訂培訓計劃，保證中藥材經營人員每年至少接受一次專業知識和藥事法規培訓。
加強專業技術知識培訓
中藥材、中藥飲片的鑒別有其特殊性，很多品種憑肉眼就能鑒別，因此提高行政執法人員中藥材、中藥飲片的外觀性狀鑒別能力，對提高監督靶向抽檢準確率和監管效率尤為重要。特別是工商部門缺乏專業的監管隊伍，如果沒有專業的中藥材知識，對於中藥材市場出現銷售中藥飲片、野生動植物現象就無從下手，更別說鑒別真偽優劣了。
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