康熙一生與醫學有不解之緣。平素不僅注意醫藥保健，熟諳養生之道，而且對醫藥科學，不論中醫、西醫都有涉獵。有關他的醫藥保健軼事也很多，下面略述幾則。
注重養生，不濫用補藥
古之帝王，大多偏愛補藥，而康熙對補藥則有所戒。對補藥，他曾說過這樣一段話：「服補藥大無益。藥性宜於心者不宜於脾；宜於肺者不宜於腎。朕嘗諭人勿服補藥。藥補不如食補。夫好服補藥者，猶人之喜逢迎者。天下豈有喜逢迎而可為善乎?先年滿州內老人皆不服藥，朕也從不服藥。太皇太后，皇太后一生皆不服藥，爾等當以是為法。」這段話，雖不無偏激，但從藥理學的角度闡述了無病「好服補藥」之弊，十分中肯，而且從人生哲理加以發揮，確實難能可貴。他57歲時，頦下有幾根白鬚，曾有大臣晉獻滋補肝腎的烏須丸，而康熙認為乃多此一舉，笑而拒之。
書法以「寬懷」，運動強體質
一個人的健康標誌，體現在心理和體質上。對於心理的調節，康熙多通過練書法以求得「寬懷」(舒心)。他曾親自總結了一條經驗，叫做「寬懷只有數行字」，「數行字」就能得到「寬懷」之效。按現代醫學解釋，練習書法可對腦神經起到調節、放鬆、消除疲勞的作用，還可鍛煉人的耐心，培養人的意志，從而獲得身心健康。康熙在《仿二王墨跡》詩中說「案上露凝銅雀潤」——雖然書案上和銅雀(香爐)上凝聚了欲滴的露珠，但仍然是「像管(象牙筆桿)揮時在正心」。這「正心」二字，體現了他練書之專，養志之誠，娛心之深。對於個人體質，康熙一生勤於治理朝政，深悉體質的重要，他認為「恆勞而知逸」，在日理萬機之暇，還在宮內種植蔬菜。在秋高氣爽之時，則到木蘭圍場，急馬奔走，狩獵騎射，以舒展筋骨，增強體質。
接受西方醫學，推廣西醫西藥
十七世紀初，日爾曼人鄧玉函的《泰西人身說概》和意大利人羅雅谷的《人身圖說》及法國人皮理的《人體解剖學》等相繼傳入中國。為了學習西方醫學，康熙令在清廷供職的法國傳教士白晉及宮廷畫家等人，專門畫了一些解剖圖像，還叫傳教士巴多明將《人體解剖學》譯成中文，希冀「造(福)於社會」，挽救「人之生命」，這在當時的封建社會，實屬難能可貴。
對於西藥，康熙對治瘧藥金雞鈉有著特別的興趣，原來康熙32年，他患了瘧疾久治不愈，眾醫束手無策，恰逢法國的傳教士洪若翰、劉應入京聞知，特進獻金雞納，康熙服之而愈，大喜，給予重賞，賜廣安門內廣廈一所。此後康熙視金雞納為奇藥，並把它作為「御制聖藥」轉賜患瘧的大臣，以示恩寵。為了研究推廣西藥，康熙還恩准在宮中開設了實驗室，供傳教士制西藥用。有時康熙還親自給官員問病開方，中西藥並用。他在宮內試種牛痘預防天花，效果較好。其後下詔推廣，讓邊外四十九旗及喀爾喀——蒙古人也種牛痘。「初種時年老人尚以為怪」，康熙「堅意為之」。
禁止吸煙
康熙從不飲酒，也厭惡抽煙。但是，大臣史貽直和陳元龍，卻嗜煙如命，成天煙袋不離手。康熙打算讓兩人把煙戒掉。一年，康熙去江南出巡，史、陳兩人也隨行。皇帝御車在山東的德州駐蹕。康熙當面賞賜兩人各一枝水晶桿的煙袋，讓他倆當眾抽吸。倆人鬧不清康熙的真正用意，還有些受寵若驚，馬上裝煙點火抽起來。誰想，剛一用力吸，隔著透明的煙桿清楚地看到了火星順桿直往上冒，劈啪作響，直到唇邊，還發出更響的爆裂聲。史、陳二人到這時才明白康熙的真正用意。這時，倆人再也不敢吸煙，並且從此戒了煙。
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