六腑的主要功能是受盛和傳化水谷，以通為用，以降為順。故六腑之間的關係，主要體現於對飲食物的消化、吸收和糟粕排泄過程中的相互聯繫和密切配合。飲食入胃，經胃的腐熟進行初步消化，然後下傳於小腸。小腸受盛化物，對飲食物進一步消化，並泌別清濁，其清者為水谷精微和津液，經脾的運化轉輸全身，營養臟腑；其濁者即食物殘渣，在胃的通降作用下下傳大腸。膽貯藏排泄膽汁，以助小腸對飲食物的消化。大腸傳導變化，吸收食物殘渣中的部分水分，燥化糟粕，形成糞便，並由肛門排出體外。膀胱貯存尿液，經氣化作用及時排出體外。元氣通過三焦敷佈於臟腑，推動了傳化功能的正常進行。由於六腑傳化水谷，需要不斷地受納、消化、傳導和排泄，虛實更替，宜通不宜滯，故葉天士《臨證指南醫案》曰：「六腑皆以宣通為宜。」後世醫家亦有「六腑以通為用，腑病以通為補」的說法。
病理情況下，六腑病變以壅塞阻閉不通為多見，且常相互影響，互為因果。如胃有實熱，消灼津液，可致大腸傳導不利，大便秘結不通；而大腸燥結，亦可影響胃失和降，使胃氣上逆出現噁心、嘔吐等症。若肝失疏洩，膽汁分泌排泄失常，既可影響於胃，出現脅痛、黃疸、噁心嘔吐等症；也可影響於小腸，而見腹脹、腹瀉等症；或發為膽、胃、小腸同病。小腸實熱，可影響膀胱的貯尿、排尿功能，而見小便短赤的病理變化。雖然六腑以通為用，其病變亦有太過與不及、閉塞與滑洩、上逆與下陷之異。
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