五行學說作為中醫學重要的思維方法，在中醫理論的建構和臨床實踐中得到了廣泛的應用。人體五臟系統的建立、天人相應的闡釋、五臟生理聯繫的認識、疾病發生和病機傳變的辨析、診法辨證的確立以及治則治法的確定，都與五行學說有著直接的聯繫。
（一）說明五臟的生理功能及其相互聯繫
1．說明五臟的生理特點
五行學說將人體的五臟分別納入五行系統之中，以五行的特性來說明五臟的生理功能及特徵。如木性曲直，枝葉條達，具有向上、向外升發、生長、舒展的特性；肝屬木，故喜條達而惡抑鬱，有疏通氣血、調暢情志的功能，亦曰肝主疏洩。火性溫熱、炎上升騰、光明；心屬火，故心主血脈以推動血液循行全身，心陽溫煦與肢體寒溫相關，心主神明而為臟腑之主。土性敦厚，生養和承載萬物；脾屬土，故脾主運化水谷，化生精微物質以營養臟腑形體，為人體氣血生化之源。金性清淨、肅殺、收斂；肺屬金，故肺氣有下降之性，能清除廢物，保持人體的潔淨。水性滋潤，有下行、閉藏等特性；腎屬水，故腎能藏精，滋潤全身，並有主水液的功能。
2．構建天人一體的五臟系統
五行學說除以五行特性類比說明五臟的生理功能特點外，還以五行特性為依據，運用事物的五行歸類方法，將人體的六腑、形體、官竅、情志等分別與五臟相聯繫，構建了以五臟為中心的五大功能系統，體現了人體是一個有機的整體；同時又將自然界的五方、五時、五氣、五化、五色、五味等與人體中的五臟系統聯繫起來，如以肝為例，「東方生風，風生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，……肝主目」（《素問·陰陽應像大論》），「東方青色，入通於肝，開竅於目，藏精於肝，其病驚駭，其味酸，其類草木，……是以知病之在筋也」（《素問·金匱真言論》），這樣把自然界的東方、春季、青色、風、酸等，通過五行中的木與人體的肝、筋、目等聯繫起來，體現了人與自然環境的統一性，表達了人與天地相應的整體觀念。
3．說明五臟之間的生理聯繫
心、肝、脾、肺、腎五臟的功能活動不是孤立的，而是相互聯繫、有機配合的。中醫學在其理論建構中，充分運用五行生剋制化規律，闡釋五臟生理功能的內在聯繫。五臟之間的相互資生關係是：肝木生心火，如肝藏血以濟心，主疏洩以助心行血；心火生脾土，如心陽溫煦脾土，促進脾的運化；脾土生肺金，如脾主運化，化生精氣以養肺；肺金生腎水，如肺之陰津下行以滋腎，肺氣肅降以協助腎之納氣；腎水生肝木，如腎藏精生血以滋養肝血，腎陰滋養肝陰以防肝陽上亢。
五臟之間的相互制約關係是：腎水克心火，如腎水上濟於心，能制約心陽以防止心火偏亢；心火克肺金，如心陽溫煦，可以防止肺寒宣降失常；肺金克肝木，如肺氣清肅下降，能抑制肝氣的升發過度；肝木克脾土，如肝氣條達疏暢，可以疏通脾土的壅滯；脾土克腎水，如脾運化水液，可以防止腎水氾濫。
應當指出，五臟的功能是多樣的，其相互間的關係也十分複雜。運用五行的特性並不能解釋五臟的所有功能，五行的生剋制化規律也很難全面解釋五臟之間十分複雜的生理聯繫。事實上，五臟中的任何兩髒之間，既存在著相互資生、助長、協同的相生關係，這種關係是雙向的；同時也存在著相互抑制、制約、拮抗的相剋關係，此種關係也是雙向的。相生、相剋在任何兩髒的關係之中都可能是雙向同時進行的。例如，肝與腎的關係，如果用五行學說加以認識，肝屬木，腎屬水，水能生木，二者為母子相生關係。若從兩髒生理功能的實際情況出發，肝藏血，調節血量，血中運送的精微可以化生和補充腎精，此即所謂「血能化精」；而腎藏精，精能生髓化血以充養於肝，此即所謂「精能生血」。因此常把肝腎的相生關係稱為精血互生，肝腎同源。可見，肝腎母子關係的相互滋生就不僅僅是五行學說中水生木所能全部概括的。另外，肝腎在生理上還存在著藏與瀉相輔相成、對立統一的關係。肝主疏洩，調暢氣機，氣能行精，可促進生殖之精的排泄；腎主封藏，固攝精關，能防止生殖之精妄洩。二者相反相成，共同調節著生殖之精的依時、有度的外洩。顯然，肝腎在生理上的關係，要比水生木的母子關係豐富和廣泛得多。可見五行的生剋制化，實際上僅是用以說明五臟之間生理聯繫的一種解釋性模型，具有其本身的局限性。
（二）說明人體發病及五臟病變的相互影響
五行學說根據「同氣相求」的原理，即同一行的事物與現象之間有著相互感應的關係，可以說明多種病因與人體發病的關係；同時，以五行生剋的異常，即母子相及與相乘相侮可以說明五臟病變的相互影響。
1．說明人體疾病的發生
六淫邪氣之風、暑（火、熱）、濕、燥、寒，情志刺激之怒、喜、思、悲（憂）、恐（驚），其五行屬性分別為木、火、土、金、水。這些邪氣侵犯人體時，由於五行同氣相求，多先傷及其五行屬性相同之髒。如《素問·陰陽應像大論》說：「怒傷肝」，「喜傷心」，「憂傷肺」，「思傷脾」，「恐傷腎」；「風傷筋」，「酸傷筋」，「熱傷氣」，「苦傷氣」，「濕傷肉」，「甘傷肉」，「燥傷皮毛」，「辛傷皮毛」，「寒傷骨」，「鹹傷骨」等。
另外，五臟外應五時，各有所主季節：肝氣應於春，心氣應於夏，脾氣應於長夏，肺氣應於秋，腎氣應於冬。五臟在其所應的季節最易感受時令邪氣而發病，如春多發肝病，夏多發心病，長夏多發脾胃病，秋多發肺病，冬多發腎病。又如形體痺病的發病也是如此，《素問·痺論》認為痺乃風寒濕邪氣所致，若「以冬遇此者為骨痺，以春遇此為筋痺，以夏遇此者為脈痺，以至陰遇此者為肌痺，以秋遇此者為皮痺」。因為春、夏、長夏、秋、冬五時可產生相應的風邪、暑熱邪氣、濕邪、燥邪、寒邪，所以不同的時令之邪，可以傷及不同的內臟及其所屬的形體，而形成季節性多發病。
2．說明五臟病變的相互影響
五臟在生理上的相互聯繫，決定了它們在病理上必然相互影響。五臟之間的病理影響稱為疾病的「傳變」，這種疾病的傳變可以借用五行之間的生剋異常來加以闡述。五行生剋異常，是指五行之間正常的相生或相剋關係遭到破壞而自我調節機制失常，包括相生關係失常的母子相及和相剋關係失常的相乘與相侮。
（1）相生關係的傳變
相生關係的傳變，是指疾病順著或逆著五行相生次序的傳變。包括「母病及子」和「子病犯母」兩種類型。
１母病及子：指疾病由母髒波及到子髒的病理過程。如腎屬水，肝屬木，水能生木，故腎為母髒，肝為子髒。腎病波及於肝，即屬母病及子。臨床上多表現為腎陰不足不能滋養肝木，導致肝陰虛而陰不制陽，出現肝陽上亢證。這一病理演變過程又稱為「水不涵木」。又如肝屬木，心屬火，木能生火，故肝為母髒，心為子髒。臨床上常見肝火亢盛引致心火旺盛，出現心肝火旺的病變，也屬母病及子。
２子病犯母：又稱「子病及母」，指疾病由子髒波及到母髒的病理過程。如肝與心為母子之髒，若心血不足引起肝血虧虛，終致心肝血虛；或心火熾盛引起肝火旺盛，結果導致心肝火旺，均屬於子病犯母。又如腎與肝為母子之髒，臨床可見肝火旺盛，下劫腎陰而導致肝腎陰虛的病理變化，此也稱為「子盜母氣」。
（2）相剋關係的傳變
相剋關係的傳變，是指疾病順著或逆著五行相剋次序的傳變。包括「相乘」和「相侮」兩種類型。
１相乘：即相剋的太過，是指五行中一行對其所勝一行的過度制約或克制。故相乘的次序與相剋相同，即木乘土、土乘水、水乘火、火乘金、金乘木。相乘產生的原因，一是克制的一方過盛，以強凌弱，使被克的一方受到過分的抑制；二是被克的一方本身虛弱，不能抵禦對方的克伐，而表現出病理狀態；或者以上兩種情況同時存在。如以肝木與脾土之間的病理影響而言，由於肝氣鬱結或肝氣上逆，影響脾胃的運化功能，而出現胸脅苦滿、脘腹脹滿、泛酸、洩瀉等，則為木旺乘土（肝氣乘脾）；反之，先有脾胃虛弱，不耐肝氣克伐，而出現頭暈乏力、納呆噯氣、胸脅脹滿、腹痛洩瀉等，則為土虛木乘（脾虛肝乘）。
２相侮：即反向克制，是指五行中一行對其所不勝一行的反向制約或克制。故相侮的次序與相剋次序相反，即木侮金、金侮火、火侮水、水侮土、土侮木。相侮產生的原因與相乘類似，一是由於一方太盛，不僅不受克己一方的抑制，反而制約克己的一方；二是由於一方虛弱，喪失了克制對方的能力，反遭被克一方的抑制；或者以上兩種情況同時存在。如肝屬木，肺屬金，金克木，肺金為肝木的所不勝之髒，而肝木為肺金的所勝之髒，如果肝木之氣太盛，或者肺金之氣不足，或者同時有肝盛肺虛，就會有肝病犯肺的傳變，臨床上常見的肝火犯肺證，即屬於肝木反侮肺金的傳變過程。相乘與相侮，都是相剋關係的異常，二者既有區別又有聯繫。相乘是按五行相剋次序發生的過度克制，相侮則是與相剋次序方向相反的克制現象，但相乘與相侮常常同時出現，在發生相乘時，可同時發生相侮；發生相侮時，有時又可伴有相乘。如木過強時，既可乘土，又可侮金；土虛時，既可受到水的反侮，又可受到木乘。故《素問·五運行大論》說：「氣有餘，則制己所勝而侮所不勝；其不及，則己所不勝侮而乘之，己所勝輕而侮之。」
總之，五行學說認為，五臟之間的疾病可以相互傳變，這一
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