陰陽學說的基本內容為陰陽的對立制約、互根互用、交感互藏、消長轉化、自和平衡等，研究的是事物的對立統一關係，與矛盾範疇有相同之處。但矛盾範疇對於各對立面的性質除了指出它們具有對立統一的關係外，不加任何其他限定，其抽像程度最高。對立統一是宇宙中最普遍的現象，因此，矛盾範疇適用於一切領域，是各種事物相互關係的最抽像最一般的概括。陰陽範疇除具有對立統一的屬性外，還具有另外一些特殊的質的規定，即前述以水火為徵兆的屬性規定，故在無限的宇宙中，陰陽範疇仍只是一種有限的具體的矛盾形式，一般在自然界中，若研究的事物超出了直觀所能達到的界限，陰陽範疇就可能會失去效力；至於社會生活中的許多複雜矛盾，就更難以用陰陽來概括了。因為陰陽範疇要求所研究的事物不僅要具有對立統一的關係，而且對立雙方還必須符合陰陽屬性的規定。也正由於如此，陰陽和矛盾的區別也表現為取象思維和概念思維的不同。
其次，現代矛盾範疇純粹是一種關係範疇，而陰陽由於與氣的結合，尚帶有實體範疇的痕跡。因此，矛盾作為哲學範疇，對各門科學的研究有一定的指導作用，但它並不直接介入於具體自然科學之中。陰陽範疇除對於一些直觀自然現象研究有指導價值外，並直接介入於中醫學之中，成為中醫理論的有機構成部分。中醫陰陽學說將陰陽與臟腑、六氣、經絡等統一起來，並進一步把陰分為太陰、少陰、厥陰，把陽分為太陽、陽明、少陽等六個層次，同時探討了它們的特殊含義及其相互關係，建立了三陰三陽開、闔、樞理論以及六經辨證論治體系等。由此可見，陰陽是介於矛盾範疇與具體科學之間的概念，它一方面體現了矛盾運動的一般法則，另一方面又與醫學更加緊密地結合在一起，可以作為中醫學的方法論，傳達和體現對立統一規律對中醫學的指導作用，並成為中醫學不可分割的組成部分。
再次，矛盾對立統一規律認為，矛盾的鬥爭是無條件的，永恆的，絕對的，調和矛盾只有在特殊情況下才能進行，並且不是從根本上解決矛盾的途徑。陰陽學說雖然也承認陰陽之間的對立和鬥爭，但更重視、強調二者的調和、中和、和諧，即統一。如《淮南子 ·汜論訓》說：「天地之氣，莫大於和。和者，陰陽調，日夜分，而生物……生之與成，必得和之精。」認為陰陽和而萬物生，「和」是宇宙萬物產生的根本法則。成中英在《論中西哲學精神》中將其概括為「和諧化辯證法」和「衝突辯證法」的關係。
另外，在闡述事物的對立關係時，陰陽學說缺乏矛盾法則的明晰性、系統性和邏輯的縝密性。例如陰陽學說雖然認識到對立事物之間的相互排斥、相互依存、相互轉化的矛盾關係，卻沒有概括出這些矛盾的「同一性」和「鬥爭性 」等具有嚴格規定的哲學概念。陰陽學說雖然認識到對立事物之間的相互轉化，卻不能從螺旋式上升和向前發展方面明晰地提示事物的發展，而往往停留在原地或從循環的方面去闡述。
正是由於上述的這些特殊內容，陰陽學說一方面把矛盾運動的一般法則運用於醫學，另一方面將其特殊內容與醫學緊密地結合在一起，所以在研究陰陽學說時，既要注意它的哲學一般性，又要關注它在醫學領域中的特殊性。
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