淨選指中藥材在切制、炮炙或調配、制劑前，均應選取規定的藥用部分，除去非藥用部分、雜質及霉變品、蟲蛀品等，使其達到藥用的淨度標準。
1.清除雜質的方法有四種：挑選、篩選、風選、水選等。
2.分離和清除非藥用部位：首先搞清要分離不同藥用部位的有——蓮子心（胚芽）清心火，蓮子肉補脾澀精；麻黃根止汗，麻黃草質莖發汗；如白扁豆分離種皮和種仁。白首烏、苦楝根、雷公籐的外皮有毒副作用也應除去。毛能刺激咽喉引起咳嗽，故應除去以消除副作用。去毛方法有鹿茸燎去毛茸；枇杷葉、石韋刷去毛；骨碎補、狗脊、馬錢子用砂炒法燙去毛；金櫻子挖淨毛和核；香附撞去毛。其他操作多為去除非藥用部位，以潔淨藥物，調配時劑量準確。要知道應去除的部位及適用的藥物，以備選擇。如用莖部分的藥物一般須除去主根、支根、鬚根等，例石斛、蘆根、藕節等。用根部的藥物往往須除去殘莖，如龍膽、丹參、威靈仙、防風。牡丹皮、地骨皮、巴戟天、五加皮應去木質心。烏梅、山楂，山茱萸等去核取肉。枳殼去瓤。
3.其他加工應瞭解方法及適用藥物。
碾搗：如礦物藥自然銅、赭石、龍骨、陽起石，動物甲殼龜甲、牡蠣、瓦楞子，植物藥芥子、韭菜子、木鱉子等。制絨：如麻黃制絨，艾葉制絨。拌衣：如硃砂拌茯神、茯苓、遠志，以增強寧心安神作用。青黛拌燈心草有清熱涼肝的作用。
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