當前山藥主要發生的病害有三種，分別是枯萎病、炭疽病和褐腐病。這三種病害主要通過雨水及澆水傳播，而現在正處在高溫多雨期，也為這三種病害的發生創造了條件。
枯萎病
症狀：發病初期主要表現為莖基部出現梭形褐色斑塊，病斑逐漸向四周擴展，導致莖基部表皮腐爛，上部葉片黃化脫落，籐蔓枯死，病莖內部變褐，塊根染病會導致皮孔的四周產生圓形至不規則形褐色病斑。
防治方法：1.選擇無病的山藥栽子作種，必要時在栽種前用70%代森錳鋅可濕性粉劑1000倍液浸泡山藥嘴子10~20mm後下種。2.入窖前在山藥嘴子的切口處塗1:50石灰漿預防腐爛。3.施用酵素菌漚制的堆肥。4.藥劑防治：6月中旬開始用70%代森猛鋅可濕性粉劑600倍液或50%殺菌王水溶性粉劑1000倍液噴淋莖基部，共防治5~6次。
炭疽病
症狀:葉片上的病斑圓形至橢圓形，中間灰白色至暗灰色邊緣呈深褐色，後期病部生有小黑點；莖部病斑呈中間灰白色，四周黑色的不規則形斑，嚴重時病斑連成片至全株變黑枯死。
防治方法：1.播種前用50%多菌靈可濕性粉劑600倍液浸種。2.出苗後噴灑1:1:50的波爾多液預防，每10天一次連噴2~3次。3.發病初期用58%甲霜靈·錳鋅可濕性分劑500倍液、68%金雷多米爾水分散粒劑1000倍液、80%炭疽福美可濕性粉劑800倍液、50%翠貝干懸浮劑3000倍液、70%甲基托布津可濕性粉劑1500倍液、50%撲海因可濕性粉劑1000倍液、50%施保功可濕性粉劑1500倍液、25%火把可濕性粉劑1000倍液等，上述藥劑與天達2116混配交替使用，7~10天一次，連噴2~3次，噴後遇雨及時補噴，收穫前10天停止用藥，效果更佳。
褐腐病
症狀：塊莖染病後病部呈壞腐狀不規則褐斑，稍凹陷，病塊常畸形。
防治方法：發病初期噴灑70%甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液加75%百菌清可濕性粉劑1000倍液，或50%甲基硫菌靈·硫磺懸浮劑800倍液，連續防治2~3次。
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