天麻軟腐爛窩病，是天麻栽培中產量低而不穩的原因之一。發生軟腐的米麻、白麻和箭麻，其塊莖皮萎黃，中心組織腐爛，塊莖的切面滲出有異臭的白色漿水濃液。爛窩的天麻穴裡和塊莖內，蜜環菌菌索繁茂密集。天麻靠蜜環菌生長，為什麼會發生軟腐爛窩及塊莖皮下充滿蜜環菌菌絲體呢？為了探討這個問題，應從天麻的營養生態談起。
天麻無根和無綠葉，自養器官退化，是靠蜜環菌提供營養，和蜜環菌過著特殊的生活關係。這種生活關係的建立，是從天麻被蜜環菌當做寄主、菌絲與天麻塊莖接觸時開始的。
蜜環菌的菌絲一般沿天麻塊莖貼生延伸。外層索鞘初為棕紅色帶頭白頭，漸呈黑棕色，鞘內為白菌絲。蜜環菌對環境適應性很強，在土溫6～32℃下均能生長發育，但以土溫15～25℃、土壤濕度50%～70%最為適宜。發育中的蜜環菌，除從寄主獲得營養外，又不斷向周圍尋找新的寄主而分延伸。菌絲體與塊莖接觸後，很快地沿塊莖表皮蔓延並產生根毛狀菌絲，穿透天麻塊莖表皮侵入溶菌層（位於天麻塊莖皮下內層，鏡下觀察呈柱狀整行排列）被溶解，源源不斷地提供天麻生育的營養。因此，在有益天麻生長的環境條件下，侵入的蜜環菌菌絲越多，塊莖生長就越快，直至天麻木內層變硬，頂端花亭幼芽形成。但是，由於天麻在生育中對環境的適應能力較蜜環菌弱，土溫10℃以上開始生長；15～25℃、濕度為40%～50%時生長快；當土溫達28℃、濕度60%以上時，塊莖生長受到抑制，濕度超過70%以上會導致天麻壞死爛窩。
天麻軟腐爛窩是一種生理性病害，導致發病的主要原因是由於環境條件不良。
1、土質選擇不當。軟腐爛窩多見於土壤保墒、透氣性能差的碴地和死黃泥地，蜜環菌在這種場地生長發育不良，天麻由於得不到蜜環菌營養而蔫腐死亡。
2、高溫、高濕環境。在這種氣候條件下，有利於雜菌生長，蜜環菌材上很快出現灰白色的雜菌菌絲，並逐漸向窩內腐殖支蔓延。該病害菌的特徵是百聞不如一見害菌絲間形成黃白色、菜籽狀的菌核，天麻經病害菌浸染，即從局部至全身腐爛。
3、多雨排水不良。在這種惡劣的條件下，天麻生育受抑，溶菌功能顯著減弱。但蜜環菌由於抗逆能力較強，仍能正常生長，蜜環菌突破天麻的溶層在塊莖內迅速繁殖。其特徵是腐爛的塊莖皮下，充滿著「吃掉」天麻的蜜環菌菌索，爛窩內的菌材上的蜜環菌菌索密集。這種爛窩現象，多發生於七、八、九月多雨季節。
4、栽培天麻技術失誤。這種情況多見於菌材不足、下種量過大、穴內又無櫟樹葉等腐殖質充物。儘管有適宜天麻發育的氣候條件，但由於得不到蜜環菌的營養，天麻瘦長，逐漸導致軟腐。
那麼怎樣才能避免天麻軟腐爛窩病的發生呢？
1、選擇團粒結構好、滲水性能強、含腐殖質豐富的沙壤土，並要求15°～25°斜坡的林地，土壤pH值為5.8～6，濕度為40%。高山區選陽坡，中淺山區選半陽坡，低山丘陵選林下栽培。
2、栽培季節一般安排在冬季（10～11月份）為主。通常採取舊菌材加新菌材，以補充蜜環菌菌材營養，控制蜜環菌的長勢過旺。在栽培時，把當年3～4月份培養的菌床打開，取出5根發育良好的菌材加4根新材另栽一窩，原菌床再添加4根新材栽一窩（即「取五添4法」）。一般每10根菌材下種500～750克，麻種緊靠菌材之間，新材間多加菌枝，穴底除鋪有一層櫟樹葉外，每栽一層並適量充填櫟葉腐殖土，栽後上蓋樹葉，覆土10～15厘米。
3、天麻管理簡單，不鋤草，不施肥，主要是防旱、防澇、防寒和保墒。在低山區，為防止乾旱，可在穴旁種幾株玉米為旱象指示植物，發現玉米卷葉時適量噴水防旱。陰雨季節，在栽培區上坡開溝排水。在高山區，寒冬季節要加蓋樹葉或草簾防凍。此外，要防止人畜踩踏和農藥污染等。
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