人工栽培靈芝是將從靈芝子實體中分離出的菌絲直接接種到段木或其他人工培養基上，再進一步生長發育成子實體。
由於野生靈芝是生長在樹木上的，因此有了人工原木栽培靈芝子實體的方法。由於砍伐原木破壞森林資源，故又發展出短段木和枝椏材代替原木的栽培方法，但此種栽培方法仍需大量木材。因此，又進一步發展了代料栽培，也叫袋栽法，即用一些植物和農作物的下腳料裝在特製的塑料袋中，來代替原木、段木栽培靈芝子實體。
靈芝子實體的人工栽培主要分兩個階段：
第一階段是選擇優良菌種和擴大培養菌種，菌種的擴大培養是將少量菌種繁殖擴大到栽培子實體時所需的菌種數量。
第二階段是子實體栽培，即將菌種接種到人工培養基上，在一定條件下進行培養，直至子實體生長發育、成熟並采收。
袋栽法是在聚乙烯或聚丙烯塑料袋中裝入培養基，如玉米秸、棉籽殼、菌草（指一些可用於栽培靈芝或食用菌的草）、木屑、干蔗渣、麥麩、糖、石膏粉、碳酸鈣等原料，經過高壓或常壓滅菌，再接種上靈芝菌種。靈芝菌種在培養基中萌發出菌絲，並長滿培養基。在合適的溫度、濕度、光照等條件下，會長出靈芝子實體。袋栽法可節省大量木材，有利於生態循環和環境保護，值得大力提倡。
原（段）木靈芝栽培法是將靈芝菌種接種在滅過菌的原木上，待靈芝菌絲體長滿原木後，在合適的環境條件下，便可以長出靈芝子實體。原（段）木靈芝栽培法更接近靈芝的天然生長環境，生長時間要比袋栽靈芝生長時間長，所獲得的靈芝子實體較大，比重較重，形狀好看，其外觀、質量較袋栽靈芝好。
無論袋栽靈芝或原（段）木栽培靈芝，在菌絲長滿基質後，要將菌袋或原（段）木埋人地下，這樣有助於保持溫度，有利於靈芝子實體的生長。因此，所選擇的埋土場地，其土質、水質的好壞，特別是農藥和重金屬殘留是否超標都會影響靈芝子實體的質量。因為靈芝菌絲有富集重金屬的能力，能將溶於水中的重金屬離子吸收，從而造成靈芝子實體重金屬含量超標。袋栽靈芝的培養基，如未嚴格檢驗，有時也會有一些對人體有害的物質，這些物質也會殘留在靈芝子實體中對人體造成危害。
因此，要得到優質的靈芝首先要培育出優良的菌種，其次要選擇合格的培養菌絲及栽培子實體的場地，要對栽培靈芝的小原木或袋料、水質、土質都進行嚴格檢查，嚴格控制溫度、濕度、光照等栽培條件。最好能嚴格按照有機栽培的要求栽培靈芝，這樣才能獲得優質的靈芝子實體。
有機栽培靈芝強調要遵循自然規律和生態學原理栽培靈芝，就是嚴格按照「有機栽培」的各項標準及「良好的農業規範」(Good Agriculture Practice，GAP)種植靈芝，其中最重要的是生產人員的培訓，菌種的鑒守，人工培養基材料（如段木、代替段木的植物或農產品下腳料等）、栽培場地和栽培用水的重金屬（鉛、砷、汞等）及農藥含量均應符合國家標準規定，在栽培過程中不使用化學合成的農業殺蟲劑，嚴格控制生產過程的溫度、濕度、氧氣和二氧化碳的濃度和光照等條件，有明確的產品質量控制標準等。有機栽培靈芝的全過程均須通過國際或國內權威認證機構的有機認證。
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