一、浸種：藥材種子浸種要用冷水、溫水或冷、熱水交替進行。不同的藥材種子，其浸種時間和水溫也不同：如瓜蔞種子，需在溫水中浸種24小時;薏米種子需先用冷水浸泡1～2晝夜，然後選取飽滿的種子放進篩子內，浸入開水中至種子全部入水，立即將篩子提起散熱，待冷卻後用同樣的方法再浸種一次，最後放入冷水中沖洗，直至沖洗的水不呈黑色為止，此法對於防止薏米黑粉病效果顯著。
二、曬種：將種子薄薄地攤在竹蓆等物上曬種，曬種時間可根據種子的特性和氣溫條件的高低靈活掌握。經過曬種後，可殺滅種子上的病菌，降低病害的發生率，加速種子發芽速度和提高發芽率。
三、潤種：在容器內裝入一層濕沙，然後撒一薄層種子，再蓋一層濕沙(層數多少視種子多少而定)，最後加以覆蓋並保存在陰冷處。此種方法適於休眠期較長的藥材種子和在保溫條件好的條件下才能萌發的藥材種子。
四、冷藏：有些藥材種子的休眠期必須經過低溫處理才能打破和解除，如龍膽草、北沙參等。這類藥材種子播前必須將種子用濕沙層積沙貯藏，放到0～5℃的溫度條件下進行低溫冷藏後，才能使藥材種子順利發芽。
五、破殼：對於皮厚，殼硬不易浸水的藥材種子，可採取搓擦等機械方法進行破皮、破殼，促進種子浸水萌發。如甘草、杜仲等藥材種子等。黃芪、牡丹的種子種皮有蠟質，可先用細砂摩擦，再用35～40℃的溫水浸泡24小時左右，這樣發芽率可顯著提高。大粒藥材種子，也可採用在種皮、種殼上銼孔或用刀切割的方法使種子浸水，促其萌發。
六、人尿液浸種：經過精選的藥材種子，播前最好進行人尿液浸種。其方法有兩種：
1、將經過精選的藥材種子浸入50%的腐熟人尿液中6～8小時，浸後用草木灰拌種播種。
2、將經過精選的藥材種子浸入50%的腐熟人尿液中浸種4小時，取出後晾乾播種。
3、人尿液浸種注意事項：
A、浸種時間要根據人尿液、腐熟程度和種子顆粒的大小等因素綜合考慮，經試驗後才能確定浸種時間。
B、要先浸種後催芽，不可先催芽後浸種。
C、高濃度、未經充分腐熟的人尿液不能用於浸種。
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