發病是指疾病的發生過程，即機體處於病邪的損害和正氣抗損害之間的矛盾鬥爭過程，標誌著人體已由健康狀態轉化為病理狀態。《內經》的發病觀主要有邪氣發病說、正氣為本說、兩虛相得說和因加而發說等。以下分別論述之。
邪氣發病說
《內經》認為，邪氣侵入人體是疾病發生的重要條件。風、寒、暑、濕、燥、火是自然界四時的氣候變化，但其異常變化，如氣候的太過或不及，超過人體的適應能力，則成為致病因素。《素問·金匱真言論》云：「八風發邪，以為經風，觸五臟，邪氣發病。」指出凡病多為邪氣所致，邪氣觸冒五臟，侵襲人體是發病的基本條件。《靈樞·百病始生》亦云：「夫百病之始生也，皆生於風雨寒暑，清濕喜怒。」說明邪氣侵入人體是發病的前提，還指出邪氣有外感與內傷之不同，如風雨寒暑和清濕，皆屬於外來的致病邪氣，而以喜怒，代指七情內傷致病因素，也說明了致病邪氣的多樣性。
邪氣的種類、性質和微甚在一定程度上決定著發病的表現、特點（病性、病位）和輕重緩急。《靈樞·歲露論》云：「寒則皮膚急而腠理閉，暑則皮膚緩而腠理開。」《素問·刺禁論》云：「氣盛身寒，得之傷寒；氣虛身熱，得之傷暑。」說明邪氣不同，致病的臨床表現各異。《素問·陰陽應像大論》云：「故天之邪氣，感則害人五臟；水谷之寒熱，感則害於六腑；地之濕氣，感則害皮肉筋脈。」《素問·太陰陽明論》云：「傷於風者，上先受之；傷於濕者，下先受之。」提示邪氣種類不同，致病的部位也不同。《靈樞·刺節真邪》云：「有一脈生數十病者，或痛或癰，或熱或寒，或癢或痺或不仁，變化無窮……此皆邪氣之所生也。」表明邪氣的微甚、淺深導致病證種類有別、病情輕重不等。
此外，疫癘之邪致病與一般邪氣有明顯不同，以具有傳染性為特點，人群之間易於相互傳染，且發病者症狀往往具有相似性，如《素問遺篇·刺法論》所云：「五疫之至，皆相染易，無問大小，病狀相似。」
正氣為本說
雖然發病離不開邪氣侵害，但《內經》認為在絕大多數情況下，正氣的強弱才是發病的決定性因素，起著主導作用。正氣強則勝邪，邪氣被抑制，或者被祛除，則不發病；反之，正氣虛弱不勝邪氣，則邪氣得以侵入人體，引發疾病。《素問遺篇·刺法論》云：「正氣存內，邪氣可幹。」指出人體正氣旺盛，抗禦邪氣的能力強，則邪氣難以侵入人體。可見，人體是否發病，主要取決於正氣的盛衰，而邪的微甚則起著相對次要的作用。
《內經》正氣為本的發病觀具體表現為：首先，正氣不足或失調是邪氣侵入或內生的前提，如《素問·評熱病論》云：「邪之所湊，其氣必虛。」其次，正氣不虛，便能對邪氣抑制、驅逐乃至消滅，從而使邪氣不能發病，如《素問·金匱真言論》所云「藏於精者，春不病溫」。再次，即是邪正相搏導致發病，正氣較強則發病必緩而輕，正氣較弱則發病必急而重，如《靈樞·病傳》云「正氣橫傾，淫邪泮衍，血脈傳溜，大氣入髒，腹痛下淫，可以致死，不可以致生」。表明正氣衰弱，必然導致邪氣猖獗，深入內臟，發病嚴重而預後不良。
兩虛相得說
《內經》認為，人體發病並非邪氣一方的作用，而是正氣不足與邪氣侵襲共同作用的結果。正如《靈樞·百病始生》所云：「此必因虛邪之風，與其身形，兩虛相得，乃克其形。兩實相逢，眾人肉堅。」「兩虛」，指自然界異常的氣候（「虛風」）和人體正虛；「兩實」，指自然界正常的氣候（「實風」）和人體正氣充實。也就是說，並非正邪相爭的任何狀況都會發病。如果邪氣弱而正氣強，就更不會發病。如《靈樞·刺節真邪》所說：「正風者，其中人也淺，合而自去，其氣來柔弱，不能勝真氣，故自去。」如果邪氣雖強而正氣不弱，正能勝邪，不會發病，即「卒然逢疾風暴雨而不病者，蓋無虛，故邪不能獨傷人」（《靈樞·百病始生》）。如果邪氣相對較強而正氣相對較弱，邪正力量對比達到或超過了足以引起發病的程度，就會 「兩虛相得，乃客其形」而發病。
這裡有個「虛風」和「實風」的概念需要清楚，《靈樞·九宮八風》云：「風從其所居之鄉來為實風，主生，長養萬物。從其沖後來為虛風，傷人者也，主殺，主害者也。謹候虛風而避之，故聖人曰避虛邪之道，如避矢石然，邪弗能害，此之謂也。」張介賓注云：「沖者，對沖也；後者，言其來之遠，遠則氣盛也。」可見，「實風」屬於當至而至的自然界正常氣候，而「虛風」則屬非時之令的反季節氣候，極易成為傷人致病的邪氣。
因加而發說
《內經》中所論述的「因加而發」是指人體感受邪氣之後，由於病邪未亢盛到可以發病，而正氣亦未強大能祛除病邪的程度，二者處於某種水平上的暫時平衡狀態，而邪氣存留於體內，一旦某種條件或誘因使病邪增強或使正氣減弱，上述平衡打破則發病。正如《靈樞·賊風》所云：「此皆嘗有所傷於濕氣，藏於血脈之中，分肉之間，久留而不去；若有所墮墜，惡血在內而不去。卒然喜怒不節，飲食不適，寒溫不時，腠理閉而不通，其開而遇風寒……雖不遇賊風邪氣，必有因加而發焉。」指出所謂「因加而發」，就是故邪（濕或瘀血之類）內伏加上新邪（情志、飲食、寒溫失宜等）而發病，通常包括兩種情況：一是新邪作為直接誘因，啟動、激發、助長了伏邪而發病；一是新邪作為間接誘因，損傷了人體的正氣，改變了正邪力量的對比，為伏邪的發病創造了有利條件。這裡的新邪，實指那些輕微的情緒變化、飲食失調、氣候的寒溫變化等，這些因素可以引起人體氣血運行的波動，但在人體體內沒有故邪的情況下，尚不足以單獨致病，從而也解釋了某些病症的發生與所受邪氣不符的原因。後世溫病學在此基礎上形成了「伏氣溫病」理論，可謂是對「因加而發」的進一步發展。
此外，「因加而發」告訴我們所謂的健康和疾病痊癒者並不等於沒有伏邪，疾病的發生有一個從量變到質變的過程，提醒我們要注意養生防病，應通過順應自然、調節情志、謹和五味、運動鍛煉等各種方法使體內的正氣充足、伏邪減弱或消除。
《內經》的發病觀尚有「生病起於過用」、「百病生於氣」及體質與發病等，這裡不一一詳述。總之，《內經》對發病的認識，提示我們在臨證時，必須對患者的病史進行詳盡的探詢，對病人的病情進行仔細的鑒別，明確診斷，達到治病求本，治癒疾病的目的。
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