常見的蟲害有白蟻、地蠶、金針蟲、蠐螬、天牛、錢駝子、老鼠以及畜禽糟踏等。
防治方法：對蟲害可用菜籽餅粉碎後撒於天麻床上面；對老鼠可用夾子捕殺，或用毒餌誘殺；對畜禽應注意管理。應盡量少用或不用烈性農藥。對露出的天麻塊莖應及時用土覆蓋。
螻蛄
咬食新生天麻，危害較大。
防治方法：可用狼毒和百部草各1份，磨細粉，栽種天麻時撒在麻種的周圍。也可用魚籐精拌細米糠(1：1000)或用95％以上的敵百蟲拌細米糠或玉米粉制1：100的毒餌誘殺。
介殼蟲
以口器插入天麻塊莖皮層吸汁，天麻被害後，生長不良，個體衰弱。
防治方法：在栽種時和收穫時，發現介殼蟲後，應逐個進行消滅，以防止繼續繁殖蔓延。同時，不用介殼蟲寄生的樹木做菌材。有介殼蟲寄生的天麻也不宜用來做種麻。
蚜蟲
每年5—6月份，天麻開花時，蚜蟲就在花序上取食汁液，嚴重影響花的發育。
防治方法：可用40％樂果乳劑2000一3000倍液噴殺，連續2—3次，可有效地控制其危害。
螞蟻
可在菌窖或麻窖周圍撒放魚籐精和細米糠拌成的毒餌，或用0．05％一0．1％魚籐精水溶液澆灌螞蟻穴。白蟻，可用白蟻藥噴射。
偽葉甲
以成蟲危害天麻果實，在果實上蛀孔。因為蟲口數量不多，早晚人工捕捉能起很好的作用。
天麻塊莖腐爛病
是由多種病因引起的。有些是屬於擔子菌的雜菌感染受害，也有的是由於環境條件不良，不利於天麻的生長而只利於蜜環菌的繁殖生長而侵蝕天麻的，也有的是高溫高濕條件使窩內的其它腐生菌或雜菌氾濫為害的。發生軟腐的天麻塊莖，皮部萎黃、中心組織腐爛，解開塊莖，內部變成異臭的稀漿狀態，有的塊莖組織內部充滿了黃白色或棕紅色的蜜環菌索。嚴重時會造成爛窩。防治方法：在栽天麻時，要嚴格選擇無雜菌的菌棒伴栽。若發現菌床內有雜菌感染的菌棒，必須棄之不用。根據天麻各生育期對水分大小的要求，作好田間管理，防旱、防澇和保墒，秋季作好排水上作，注意選擇不帶病的麻種。
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