中藥炮製是根據中醫中藥理論，按照醫療、調配和制劑的不同要求，對中藥所採取的各種加工處理技術。其目的在於降低或消除藥物的毒性或副作用，便於服用，提高療效。然而，由於受經濟利益的驅動，忽視了我國歷代醫藥學家在長期的從事醫療實踐中逐步發展起來具有傳統特色的工藝。
1、中藥飲片不純淨。中藥飲片是所有方劑的原料，被稱為「三大支柱」的中間環節，處於重要位置。中藥藥用部分需要淨選、除去藥物中的泥沙、夾雜物以及霉敗品，分離其不同的藥用部位。而有些中藥飲片生產商，為了節省人力、物力和財力，都一一省去了這些必要的工序，將皮、莖、根、須混為一團，粗製濫造。甚至以次充好，以劣充優，參雜使假，不僅嚴重的擾亂了醫藥市場，更嚴重的是影響了臨床用藥安全有效。
2、輔料標準不統一。藥物在炮製過程中，往往需要加入一些輔料與藥物一起共製，目的在於消除有害物質，發揮有利作用。如酒、醋、鹽、蜂蜜等，同一味中藥，經過添加不同的輔料炮製後起的作用各異。由於沒有一個統一的輔料標準，該用蜂蜜的用紅糖，該用食鹽的用工業鹽，該用米酒的用白酒，甚至用礦物酒精代替白酒。再如油、鹽、糖製藥要因病而宜：高血脂病人，應注意少用動物油炮製的藥品，高血壓、心血管之類的病人應慎用鹽製藥品，糖尿病患者不能服用糖製藥品，同時還應注意液體輔料的濃度、數量，固體輔料的使用次數、存放時間等。都直接或間接地影響到中藥炮製的質量，如果只是象徵性的添加輔料，形式上的中藥炮製，不僅起不到協同作用，還會造成相反的作用。
3、炒焦、炒炭法不衛生。中藥炮製中的炒法是將藥物置於炒鍋內，用中火加熱，翻炒至藥面焦黃；而炒炭法則是武火加熱，翻炒至藥面焦黑色，其目的主要是對一些原生藥材以制其苦寒性。但是，現代衛生科學告訴我們原生藥材炒制加熱冒煙，一般說溫度已超過200度，這時含油脂的藥材其油脂迅速氧化，結果不僅破壞了油脂價值，而且產生大量有害物質。
4、有毒有害物質熏潤漂制中藥不可取。如用硫磺熏製藥材：硫磺有毒，屬於外用藥，用硫磺熏制過的中藥，或多或少地含有硫磺化合物，因此，不僅不衛生，還對人體有害。用明礬制中藥：明礬的主要成分為硫酸鉀鋁，含有大量鋁元素，而水解製藥又有一定濃度，製出的中藥便含有相當量的鋁元素，對人體有害。用灶心土或焦黃土炮製中藥：灶心土主要成分為硅酸鹽、鈣鹽及多種鹼性氧化物，而焦黃土經反覆使用後其性質與灶心土成分大體相同，在加熱的過程中，灶心土、焦黃土中的焦糊物質及一些重金屬也隨之「入侵」中藥表面，對人體有害。
5、對變質中藥處理後再使用不可靠。變質中藥主要指蟲蛀、發霉、變色、走油的中藥。當前，對變質的中藥，通常採取的方法是處理後再當正品使用，其主要方法有：一是對蟲蛀過的中藥進行篩、撿、烘、曬、除去蟲卵；二是對發霉的中藥，採取水洗、噴液、烘烤和暴曬除霉；三是對變色的中藥實行白酒淋、硫磺熏使其變白轉色。對於變質的中藥，以上這些措施都無濟於事，特別是霉變、蟲蛀的中藥，它不僅降低或失去了藥用價值，而且變質滋生了有毒有害物質，經過處理後不可能完全解決問題。
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