《黃帝內經》作為一部醫學著作，它的主要任務在於探索和研究與人體生命有關的基本規律。從學術特徵分析，主要有以下三個方面。
從功能角度把握生命規律
在醫學理論形成初期，東西方都以解剖作為研究手段，如《黃帝內經》就有「其死可解剖而視之」的記載。但由於當時的科技水平，古人難以將解剖發現的實質器官、組織與生命現象完全結合起來，其結果也難以指導臨床實踐的發展，當中國古代的先人們意識到解剖並不能直接解釋生命現象與指導醫療活動後，轉而採用當時盛行的古代自然哲學方法。他們首先對生命現象及與其相聯繫的各方面進行觀察，然後把觀察內容中的「共相」提取出來，按其形態、功能、格局、演化方式進行分類，並將具有代表性的、具有共相的「類」，用象徵性符號、圖像或有代表性的具體事物表達，進而以類相推，探討生命現象的機理，這就是古代的意象思維方式。中醫學概念與實體臟器不符，並不違背結構與機能統一的原則。王夫之說：「天下之用，皆其有者也。吾從其用而知其體之有，豈疑待哉？」（《周易外傳》卷二）。生命活動機制是複雜的，生命活動規律也應從多角度探索。
從功能角度把握生命規律是《黃帝內經》理論思維方式的一個基本特點，其他特點以此為前提而建立。如講整體應是功能上的相互聯繫與制約，因而《黃帝內經》中的五臟應是生命活動中各種功能相互聯繫的方式、機制與過程的概括。而所謂辨證治療也是辨別人體病理性綜合功能狀態，並進而進行綜合調節。中醫作為應用科學在解剖形態方面研究和認識確實存在著缺憾，但也有其一定的優勢。它從功能上進行宏觀而綜合調節，這種論治思路，對於多系統、多臟器、多組織的複雜病變，精神系統、內分泌系統、免疫系統以及原因不明的疾病等，均顯示出不凡的療效，不但具有使用價值，在醫學模式轉變的今天更有深刻的學術意義。
從整體角度把握生命規律
中醫學的整體觀念源於把生命現象放在其生存環境，即自然、社會中所進行的觀察活動，並接受中國古代自然哲學的指導，將對這種觀察結果的分析引向理性認識的層次，形成「天人一體」、「人自身一體」、「形神一體」觀。同時，古人還將這種整體觀融入中醫學的基本概念之中，形成中醫理論的基本學術內涵和臨床診治的指導原則。體現人與自然有機聯繫，《黃帝內經》有「生氣通天」的著名論斷，因而中醫五臟不僅有維持體內生理環境的協調，同時還有時空的內涵，主司人體適應自然界季節晝夜、方域水土的調節功能。於是，五臟成為人體聯繫內外、協調心身的生命活動中樞，是中醫整體觀在基本概念的集中體現。五臟之外的中醫學其它基本概念，如經絡、氣血等，其內涵均類於此。這就造就了中醫學從自然環境與社會環境、軀體生理與精神心理整體聯繫上研究人的生命活動及其應用的醫學模式。
對於這種人體內外的普遍聯繫，《黃帝內經》運用精氣、陰陽、五行學說作為思維框架進行論證。其中精氣論概括生命之氣渾然一體的生成、演變與消亡過程，陰陽五行論則具體演繹生命體內有機聯繫之相反相成、生剋制化的活動機理。這樣就把人體的形體與神志，人體臟腑器官組織的各個局部，人體與外界的時空、地理等從縱向與橫向緊密地聯繫在一起，並構成了一個相對穩定的整體。提出人體是一個有機的自組織系統，提出「化不可代，時不可違」（《素問·五常正大論》）、「治不法天之紀，不用地之理，則災害至矣」（《素問·陰陽應像大論》）的論斷。
從變化角度把握生命規律
中醫學在形成初期，只能整體觀察、綜合研究，從而形成了中醫學從運動變化角度把握生命規律的學術特徵及其動態化的理論表述。其結論雖然失於粗疏，但卻反映了生命的自然與真實。主要體現在三個方面：一是醫學概念具有時間內涵。時間是事物運動及其狀態變化的度量，凡某概念標示有時間含義，便說明這一概念具有動態的內涵。二是在醫學理論中，明確表述了生命的運動變化原理。如生命過程的生長壯老已，生理活動的臟腑經絡氣血升降出入等。三是辨證論治體現中醫診治動態觀。證是疾病過程中階段性病機的概括，它雖然具有一定穩定性，但隨病變而變；同時證本身的形成與內外環境的時序流轉也有密切關係，如外感邪氣形成、致病特點及病證種類時效性很強，內傷病症與患者年齡變化、與體內臟腑經絡氣血營衛運動節律無不相關。諸如此類，皆為中醫診斷所關注，並成為治療中重視時間因素的依據。而一病前後證異，用藥施治隨時變換，則是中醫理論動態化特徵的明顯表現。
《黃帝內經》理論的這一學術特徵，造就了中醫方法學上的兩大傾向和特點：一是不得不忽略生命體物質的規定性和測量性，而主要從功能像變角度對生命的動態軌跡進行模糊地整體表述，如脈證太過不及和死證死脈的度量，色澤浮沉夭澤的判斷，都具有模糊的性質。與之相應，在疾病治療的探索中，中醫也摸索到使用天然藥物等進行模糊調控的臨床處理方法，至今仍有其科學意義和實用價值。二是把時間流轉和空間變化結合起來，認為時間流變具有週期性，即隨著時間的流轉而發生著空間狀態的週期性演變，在《黃帝內經》則形成有關生命節律的理論。中醫學不但早就觀察到這種生命現象，而且用於指導疾病的診治，顯示出它的科學意義和實用價值。
《黃帝內經》學術體系的3個方面特徵，體現在中醫理論的各個方面，如臟腑概念也反映了這一點。以肝為例，肝的生理特性之一是主人體之氣的升發，與自然界的春季之氣升發相應，而春季的主令之氣為風，另外，木性曲直，枝葉條達，亦有生發的特性，故肝在五行屬木，在六氣為風，在時令與春通應，其生理功能亦被歸納為主疏洩。在人體臟腑組織中，通過五行歸類構成了以肝臟為主體的肝系統，包括膽、筋、目、爪、怒、魂等。肝臟系統功能活動正常，其生理功能得以正常發揮，否則就會出現肝失疏洩病理變化。如，胸脅滿悶、煩躁易怒、筋脈拘攣、肢體震顫、頭目眩暈等病證。而肝臟病變也受四時變化而變化，如《素問·髒氣法時論》說：「病在肝，愈於夏，甚於秋，秋不死，持於冬，起於春。」即肝病在夏天容易痊癒，因為夏天是五行中火氣所主管的季節，火克金，減弱了金對木的制約。如果夏天不好，到了秋天就會加重，秋為金氣所主管的季節，金克木。到了冬天病情會處於相對穩定的狀態，因為冬天在五行中屬於水，水能滋生涵養木。到了春天，為一年中肝氣最旺的季節，疾病就會好轉。由此可見，中醫所講的肝，是功能性的、是整體性的、是運動變化的、是時髒，而不僅僅是單純的血肉之髒。由此也可看到《黃帝內經》學術特徵之一斑。
作為《黃帝內經》理論體系的學術特徵，從整體、功能與運動變化角度把握人體生命規律，三者之間無論在思想方法和實際應用意義方面，都是相互聯繫、彼此照應的。
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