秦漢時期一個重要的文化背景就是諸子百家在學術上的創新與爭鳴。成書於漢代晚期的《黃帝內經》之中也體現著各家學說的特點就不難理解了。
現在一般認為，《黃帝內經》的成書收納了西漢以前眾多醫家學術思想，在很大程度上保留著秦漢醫學文獻的本來面目，其中一部分是出自後人的增補，而且從內容中還顯露出許多學術觀點的分歧，這反映出其決不是出自一人的手筆，也不是一個時代、一個方域的醫學成就，而是在一個相當長的時期內，眾多醫家學術思想的總結彙編。任應秋先生在《中醫各家學說》裡也說過：「既然在這一時期，有不同的師承授受關係，又有不同的理論見解，出現學術上的爭鳴，說明早在漢代以前，就有產生醫學流派的條件。」
正因於此，《黃帝內經》的各家學說性質是有一定依據的，而且就《黃帝內經》本身內容而言，其中就存在著大量不同，如由於陰陽理論的不同學術觀點造成五臟陰陽屬性的「太」、「少」不同說與至陰之異；同樣是由於五行學說的影響，但在具體問題的認識上出現了五臟配五腑說與五臟配六腑說；在五行互藏思想的引導下，《《黃帝內經》出現心開竅於舌、心開竅於耳等眾多不同觀點；由於古人對時令認識的諸多不同，《黃帝內經》中出現五時配屬五臟說、四時配屬五臟說等不同學說，以上這些均可說明，在《黃帝內經》中存在大量的不同學術觀點，彙集了當時醫學流派的不同學說，所以，《黃帝內經》各家學說性質也是《黃帝內經》不容忽視的特點。同時《黃帝內經》的各家學說研究還應該包括後世注家的各種觀點，《黃帝內經》成書後，做註釋者逾百家。一則因其文義古奧，內容繁雜凌亂，對某些原文的理解尚存頗多爭議；二則各家註釋多參以己見，其中有許多獨到見解，形成一家學說；三則歷代注家多重視理論聯繫臨床實際，在豐富的臨床實踐基礎上，引經說之一緒，學用結合，對《黃帝內經》理論有所發揮，可以說後世注家結合臨床實踐，加以發揮，形成不同的理論觀點，也是對《黃帝內經》學術極為重要的發展。如《黃帝內經》中有「腎治於裡」與「腎為之主外」兩種截然不同的觀點，歷代醫家認識也多有不同，而且兩種觀點在臨床實際都有具體運用，得到過臨床驗證，很難判斷孰是孰非。實際上，根據其原文環境及後世醫家認識，我們認為其是從不同角度論述腎臟生理特點的，一個側重於五臟氣機相系，一個側重於五臟功能互用，所以有了截然不同的兩種觀點，但都是《黃帝內經》從不同角度論述腎臟生理功能的內容，都一樣值得重視，而不能只依據目前中醫基礎理論對腎臟生理的基本認識輕易否定其中難以解釋的觀點。
由此可見，《黃帝內經》中存在不同的觀點、體現出不同的學說以及後世注家經個人臨床實踐而做出的不同註釋、形成的不同見解均可視為是《黃帝內經》各家學說性質的體現。
另一方面，《黃帝內經》又因此而成為中醫學各個流派的源泉。歷代大醫家幾乎沒有一個不是精研《黃帝內經》之人，歷代醫書幾乎沒有一本不引用《黃帝內經》之章句，甚至每一個新的觀點如果不能在《黃帝內經》中找到理論根據，這個理論就很難獲得信服。縱觀中醫學史上重要的醫學流派和醫家，其理論源頭無不始於《黃帝內經》。
張仲景在《傷寒雜病論序》中寫道「感往昔之淪喪，傷橫夭之莫救，乃勤求古訓，博采眾方，撰用《素問》《九卷》《八十一難》《陰陽大論》《胎臚藥錄》，並平脈辨證，為《傷寒雜病論》合十六卷」。由此可見，傷寒學派也是從《內經》學術體系中衍生出來的。金元四大家分別以寒涼、攻下、補土、養陰派著稱醫林。而追溯其主要理論觀點的脈絡，是與「醫家之宗」——《黃帝內經》的理論指導有著千絲萬縷的聯繫和淵源的。
劉完素依據《素問·至真要大論》的病機19條，著成《素問玄機原病式》，開創了寒涼派。他在其《素問玄機原病式》裡，把屬於火的10條、屬於熱的7條擴大為57條。不僅豐富和發展了《素問》病機十九條，在闡述火熱為病的廣泛性的同時，還從理論上進一步揭示了火熱致病的病變機理，為火熱病的治療提供了理論依據。
張子和的最大成就在於攻邪論，而其攻邪論之理論基礎，則淵源於《黃帝內經》。張氏認為，「醫之善，惟《素問》一經為祖。」所以他無論談病理、立治法，都努力闡發《內經》精神。如他提出的攻邪三法：天邪可汗而出之，人邪可湧而吐之，地邪可瀉而出之，正是《素問·陰陽應像大論》「其在皮者，汗而發之」、「其高者因而越之」、「其下者引而竭之」的治療原則的具體運用。
李東垣的學術思想，以「脾胃內傷學說」為核心。他把《黃帝內經》「人以水谷為本」、「有胃氣則生，無胃氣則死」作為理論根據，強調脾胃功能在維持人體生命中的重要性。如李東垣提出的脾胃元氣論中的「元氣之論」，其實在《內經》中早有論述，稱之為「真氣」。結合自己的臨床實踐，才能獨創脾胃學說。他還專門寫了一篇論文《醫學之源》，文中指出：「醫者必須先讀《內經》、《本草》，辨施之於用。有餘者損之，不足者補之，治而平之，務得其中，無誤也，得其要者，一言而終，其斯之謂歟。」
朱丹溪創立了著名的滋陰派。他因提出「陽常有餘，陰常不足」和「相火論」等新的學說，在治療上倡用滋陰降火而著名。至於「相火」之謂，最早見諸《黃帝內經》。《素問·天元紀大論》有「君火以明，相火以位」之說，但屬於運氣概念，爾後，醫家把它引申到人體臟腑之中來，朱丹溪在總結前人論述相火的基礎上加以發揮。
此外，還有許許多多的醫家、流派、學說都和《黃帝內經》有著不解之緣，這裡不一而足。
在這裡我們談論《黃帝內經》之中的各家學說以及在這些不同學說、理論之上發展起來的中醫流派，其實是想讓大家明白，中醫從來就是一個開放的體系，自古就存在著學術爭鳴，也包容著不同的理論和見解。而正是這些不同學派間的不同見解和爭鳴，推動了中醫理論幾千年來的發展。因此我們要重視《黃帝內經》經文之 「異」與後世注家之「異」的研究，這將有助於解決中醫學後世發展中某些相互矛盾之處，對促進百家爭鳴，深入闡釋中醫理論內涵，為臨床發展提供新的思路與依據，都有重要意義。
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