五味子種子具有休眠特性，種皮堅硬光滑，皮下具油層不易透水、透氣；自然成熟的種子，種胚細小，具後熟特性。去果肉的種子壽命較短，一般室溫干貯2個月，種子活力降低，通常野生種子的癟粒率極高，成熟種子顏色常見有兩種，一種顏色較深，呈暗紅色；成熟度較高，但發芽較慢；另一種呈桔紅色，發芽較容易。
北五味子一般7月下旬果實進入著色期，果實中糖色素隨果實成熟而增加，後期則呈遞減趨勢，果皮薄，不耐積壓，果粒易脫落，所以8月末至9月中旬為果實最佳采收期，此時的果實中各種成份趨於穩定。
采收後的種子及時用擠籽機進行果肉及種子分離；擠出的果汁是良好的五味子飲料和五味子酒的原材料；種子經機械分離後用清水洗淨，漂除癟粒，放陰涼處晾乾，最好控水1－2天後，用消毒的河沙按1：3比例混沙處理；晾乾的種子一般12月中下旬浸種，然後混沙，溫度控制在0°－5℃之間。
北方種子越冬有窖藏，箱藏、凍藏等多種方式，種子低溫層積處理時間為80－90天左右。
五味子種子育種前期注意種子的安全貯藏，防止高溫水分過大，注意貯藏間的通風：中期要及時對種子進行低溫或層積處理，北五味子種子為深休眠型，並易喪失發芽能力，其休眠的主要原因是胚未分化完全，形態發育不成熟，需要在貯藏過程中8℃－15℃條件下貯藏完成，胚的分化時間一般需30天左右。後期需低溫貯藏時間一般60天左右，整個過程需80－90天，貯藏後的種子在崔芽前要及時進行變溫處理－10℃－15℃之間，連續變溫處理3－4次，10℃－12℃之間變溫時間要長，一般15天左右，這樣種子在20℃－25℃的條件下崔芽，出芽率較高，一般崔芽10天左右，大部分種子裂開，露出胚根，即可播種。
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