中西醫該怎樣結合，至今尚存在爭議。中醫界近年來倡導蘭州裴正學教授等提出的「西醫診斷，中醫辨證，中藥為主，西藥為輔」的中西醫結合模式。值得注意的是：任何一門學科都有其自身獨特的理論體系。在中西醫結合理論和臨床實踐中，我們要準確把握中西醫之間的互補性和各自理論體系的獨立性，避免將西醫學思維方式和理念套用於中醫，以免對中醫學自身的健康發展產生不利的影響，下面我們來分析這個問題。
在中醫辨證論治時首先需要明確：中醫學的「藏象」和西醫學組織器官的概念是有區別的，西醫診斷和中醫臟腑辨證定位不是對等的；而且，《傷寒論》以「六經」為辨證綱領，《溫病學》以衛、氣、營、血及上、中、下三焦為病位，如果忽視這種差異，依據西醫診斷去按圖索驥，讓中醫辨證論治「對號入座」，那麼會使中醫思維方式和理念西醫化，從而喪失自身的特色意義。
如中醫學「肝」的內涵不僅僅局限於肝臟本身，它主要代表了肝臟在五行中屬木，主升發疏洩這種功能；中醫學的脾臟，實際上包含了整個胃腸道的消化功能。
所以，中醫辨證論治時確定病位就不一定和西醫診斷相一致，如中醫辨證肝炎（西醫診斷），屬脾胃濕熱的類型很多，故肝炎的中醫辨證病位不一定都在肝，不一定從肝論治，臨證常通過清利胃腸濕熱，以調理脾胃運化功能為主要的治療方法。
但中醫初學者可能會被西醫診斷所誤導，就肝病去「治肝」。 還有臨床上常見的不經辨證論治，輕率選用中成藥。如將腫瘤病灶視作瘀阻，不考慮患者耐受力濫用活血化瘀藥；對發熱類疾病，不辨輕重選用苦寒清熱藥雙黃連、清開靈；心肌梗死、腦血栓類疾病，不分虛實靜滴川芎秦、丹參酮等，都是西醫學思維方式指導下的中醫藥治療。我們可否將這種方式的中西醫結合，稱之為「西化的中醫」？
中醫學的靈魂在於「理」、「法」與「悟」。中醫之「理」本於陰陽，陰陽二氣偏盛或偏衰是產生疾病的根由，「善診者，察色按脈，先別陰陽」，《黃帝內經》明確地提出了中醫辨證的要領。「法」在權變，從中醫病邪理論來說，「邪氣」本無方體，無定象，故治療當無成方。「悟」即是醫者妙識玄通，參透陰陽二氣升降出入，往復循環，生生不息之理，識大道之本體，所謂神而明之，存乎其人是也。如上所述，若汲汲於西醫學之定位，忽視中醫學自身的特點，將使中醫之「理」、「法」、「悟」喪失而中醫之醫道漸滅。
應當肯定，給疾病一個準確的西醫診斷以定位，中醫辨證以定性，使中醫學理論科學化，規範化，中醫辨證論治有了規律可循，治療用藥針對性增強，便於學習，掌握和推廣運用。但由此產生的頭痛醫頭、腳痛醫腳的現象卻偏離了中醫學的基本精神，這是應當引起重視的。
因此，培養優秀的中醫人才，提高中醫辨證論治水平，關鍵是一個思想方法的問題。
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