《內經》是多種醫學流派、各種學說結合的產物，表現在臟腑與神志關係的問題上，則有「心主神」與「五臟藏神」的不同。「心藏神」與「五臟藏神」理論，兩者的理論內涵及立論依據不同，但也存在著一些相通之處。
中醫學接受了中國古代哲學「心為思官」的認識，並結合中國社會制度傳統的君臣制觀念，形成了《內經》以君臣相傅論臟腑、其中心主神明，為君主之官的思想。正如《素問·靈蘭秘典論》所云：「心者，君主之官，神明出焉」，「主明則下安，以此養生則壽，歿世不殆，以為天下則大昌；主不明則十二官危，使道閉塞不通，形乃大傷，以此養生則殃，以為天下者，其宗大危」；《素問·六節藏象論》云：「心者，生之本，神之變也」；《靈樞·邪客》云：「心者，五臟六腑之大主，精神之所捨也」等。不僅如此，《內經》還認為人的認知活動統領於心，如《靈樞·本神》云：「所以任物者謂之心，心有所憶謂之意，意之所存謂之志，因志而存變謂之思，因思而遠慕謂之慮，因慮而處物謂之智。」故言心具有主神明、精神之功，為人體之主宰。
《內經》在繼承中國古代哲學對心的認識，倡導心主神明、為君主之官的同時，又提出了「五臟藏神」的觀點，如《素問·宣明五氣》、《靈樞·本神》及《靈樞·九針》等指出「心藏神」、「肝藏魂」、「肺藏魄」、「脾藏意」、「腎藏志」，從五臟整體角度闡發了臟腑與神志的關係。由於五臟所對應的五神，其概念相互交叉包容、互為基礎，而五神的產生與調節又是以五臟整體協調關係為基礎的，故五臟藏神的含義在於把五臟看成一個整體，把神志活動(主要指認知、思維、意志過程)看成一個密不可分的整體，理解為五臟整體協調配合而完成對人認知過程的主宰作用。其五神之神、魂、魄、意、志劃分為五行、歸屬於五臟，僅是從認知、思維、意志過程中的某些心理活動具有不同的特性出發，給予類比而成，是用五行特性對這一過程的描述，而並非是對認識、思維、意志過程的實質內容與階段進行嚴格的分類。因此，這一描述可以看作是為了說明人的認知、思維、意志過程也具有五行的某些特性，並且是以所有臟腑的參與作為基礎的，其實也正是強調了五臟整體協調對它的主宰作用。故可以說心主神明為君主之官的思想，反映了當時社會制度及哲學界「一元論」的思想；而以五行特性分析人體，立五臟為本，將人之神志活動分屬五臟，則頗具「多元論」思想，二者當屬《內經》時期不同醫學流派的反映。
雖然如此，但是「心主神」與「五臟藏神」也有相通之處。
首先，兩者均強調形神一體。《內經》認為神以形為基礎，同時又主宰形，形與神俱才是健康之人。無論是「心主神」，還是「五臟藏神」，也均強調了這一點。前者不僅提出人的精神心理活動由心所主，而且人體之形五臟六腑亦以心為君主之官，揭示了心理與生理的統一，把心理和生理、形與神有機地整合為一體。五臟內藏精氣，是產生人體神志活動的重要基礎，如《素問·陰陽應像大論》所言：「人有五臟化五氣，以生喜怒悲憂恐。」故當五臟發生虛實盛衰的變化時，會影響人的精神活動，並產生變化，故五臟藏神也是在形神一體基礎上提出的理論。
其次，倡導五臟整體協調主宰神志活動。五臟藏神理論倡導的是五臟整體協調主宰神志活動，這一點無何疑義。下面著重看一下心主神明理論。
作為專門研究人體的中醫學，雖接受了古代哲學有關「心主神」的認識，但究其所言物質基礎，則主要在於血與脈。如《素問·六節藏象論》稱心「其充在血脈」，《素問·痿論》說：「心主身之血脈」等。脈，實為行血氣、營陰陽之道路，正如《靈樞·本髒》所說：「經脈者，所以行血氣而營陰陽。」經脈分佈於全身，內屬臟腑，外絡肢節，是聯繫全身各部之間的紐帶。而經脈的一個重要功用就是傳遞信息，正如王洪圖在《黃帝內經研究大成·經絡研究》中所云：「經脈有傳遞信息作用，經脈就是人體各組成部分之間的信息傳導網，也就是人體內訊號的傳送道。」故《素問·靈蘭秘典論》稱其為「使道」，王冰注其云：「神氣相使之道。」這樣一個信息傳遞網、全身各臟腑形體之間的聯繫網由心所主，故構成了心主神明支配人體行為活動的物質基礎之一。血，其主要功能是濡潤滋養全身，凡皮膚、肌肉、筋骨和臟腑等一切組織器官，均賴血液以供給營養，才能維持其功能活動，正如《靈樞·營衛生會》所說：「以奉生身，莫貴於此。」《內經》認為血的生成與心有密切關係，《素問·經脈別論》云：「食氣入胃，濁氣歸心，淫精於脈。」這裡的「精」即為水谷精微經心作用而成的行於脈中之血。血色赤，而心屬火色主赤，故《內經》認為「心生血」（《素問·陰陽應像大論》），《靈樞·決氣》說：「中焦受氣取汁，變化而赤，是謂血」，《靈樞·營衛生會》亦云：「此所受氣者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注於肺脈，乃化為血。」若此，血亦是心主神的重要物質基礎之一。脈是聯繫諸臟腑的道路、是傳遞信息的關鍵，心主宰脈，則是掌握著五臟間的協調關係；血是各臟腑功能活動的基礎，心主血，則掌握著五臟整體活動，故可以說心主神明理論也倡導五臟整體協調主宰神志活動。
第三，二者均含重「中」思想。重「中」思想是中國傳統文化的重要思想之一，其中「君者中心，臣者外體」(《文選·漢·王子淵·四子講德論》)更是影響深遠。而古人認為，人之心臟位於人體之正中(即五臟之正中)，正如《說文解字》釋心時所言：「人心，土藏，在身之中」，而釋其他臟腑名稱時則無「在身之中」之語，故此「中」僅能理解為「正中」之意。《禮記·月令》、《呂氏春秋·十二紀》皆稱：中央土「祭先心」，孔穎達疏：「中央主心」，並以心臟的解剖位置居中作釋，以至於人們十分重視心，將其稱為「君主之官」，為人身五臟之關鍵。「心主神」觀念的形成與此有密切關係。五臟藏神理論雖強調的是五臟整體協調主宰神志活動，但其中也存在關鍵之處。我們認為「五臟藏神」理論的實質，是重在強調脾胃是其關鍵，其立論依據仍以脾胃居中焦、於五行屬土、是五臟氣機運動之中心、是五臟氣機聯繫之樞紐為主。可見，二者雖側重面不同，但其理論產生的思想根源卻有共通之處。
綜上所述，「心主神」與「五臟藏神」分屬兩種不同學說，各自有其理論內涵和立論根據，故既不能相互混淆、混為一談，也不能簡單地用一種理論去否定另一個理論。又由於二者具有一定的共性，故為我們深入探究臟腑與神志關係的實質、完善與進一步發展中醫學神志理論提供了可行性依據。
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