《黃帝內經》自問世以來被醫家稱之為「醫之經典」，其研究者甚眾，研究方法亦眾多，僅注本就近四百部。本文從研究方法角度出發，選取較有代表性的有關類分研究、註解研究及校勘研究的注家與注本，作一簡要介紹。
類分研究
由於《黃帝內經》屬論文彙編性質，有時某一篇涉及許多不同內容，有時幾篇又同時談論同一個專題，因而一些醫家創用分類的方法，按其不同性質，對內容各以類分。按照醫家分類方法的不同，類分研究又可分為3種。
1．全部類分
研究者認為《黃帝內經》162篇「言言金石，字字珠璣，竟不知孰可摘而孰可遺」（《類經·序》），故雖然把每一篇拆散而重新歸類編排，但也一字不遺地將所有內容全部保存了下來。其中以唐·楊上善《太素》和明·張介賓《類經》為代表。
（1）唐·楊上善《太素》
該書是類分研究最早的一本。它將《素問》、《靈樞》原文分為19卷，每類又分若干篇目並給予註釋。19類分別是：攝生、陰陽、人合、臟腑、經脈、俞穴、營衛氣、身度、診候、證候、設方、九針、補瀉、傷寒、寒熱、邪論、風論、氣論、雜病。該書不僅其分類法是一個開創，且其注文也很精闢。由於該書同《黃帝內經》成書的年代最接近，所以對我們學習、理解、研究《黃帝內經》就具有更高的價值。惜該書在我國宋代後漸失傳，直至清末民初有學者東渡日本發現該書，並影印回國，幾經修補，但現仍缺5卷。
（2）明·張介賓《類經》
該書是現存全部類分《素問》、《靈樞》最完整的一部著作。它將《黃帝內經》全部內容分為攝生、陰陽、藏象、脈色、經絡、標本、氣味、論治、疾病、針刺、運氣、會通12大類，凡390目，共32卷。由於張氏有豐富的臨床經驗（著《景岳全書》），加之文字簡明暢達，註釋結合實際，故影響較大。
2．選擇性分類
研究者認為由於實踐不斷加強、經驗不斷豐富、理論不斷提高、科學不斷進展，過去《黃帝內經》總結的東西不可能完全與現今符合，因此，必須要有選擇地吸收。
（1）元·滑壽《讀素問鈔》
選擇性分類研究《黃帝內經》當為滑壽所首創。他對《素問》反覆研究後，先進行刪繁撮要，然後再以類相從。他把經過選擇的有關內容分門別類地進行編次，共分為：藏象、經度、脈候、病能、攝生、論治、色脈、針刺、陰陽、標本、運氣、薈萃12類。
（2）明·李中梓《內經知要》
李中梓選擇《素問》、《靈樞》二書的內容加以分類並予以註釋，共分道生、陰陽、色診、脈診、藏象、經絡、治則、病能8類，兩卷。所選內容數量少但都很精，且簡煉實用，加之註釋多能結合臨床，水平較高，故該書頗受學者歡迎。
（3）清·汪昂《素問靈樞類纂約注》
這是一部以《素問》為主、《靈樞》為副的選擇性分類著作，共分藏象、經絡、病機、脈要、診候、運氣、審治、生死、雜論9類。其所加註釋十之有七選自王冰、馬蒔、吳昆、張志聰4家，十之三略陳自己的意見，或節其繁蕪，或辨其謬誤，或暢其文義，或詳其未悉，或置為缺疑，語簡義明，故名之為《約注》。
（4）清·沈又彭《醫經讀》
該書是類分中最簡明的選本，分為「平、病、診、治」4類，即臟腑、疾病、診法、治則4大類。從實際運用來看，分類雖不多，卻是很恰當。
3．調整篇次分類法
此種分類是對《素問》、《靈樞》各篇原文的內容不動，僅將其篇次予以重新類分。清·黃元御的《素問懸解》和《靈樞懸解》是其代表。《素問懸解》分為養生、藏象、脈法、經絡、孔穴、病論、論治、刺法、雷公問、運氣等類；《靈樞懸解》分為刺法、經絡、營衛、神氣、藏象、外候、病論、賊邪、疾病等類。
註解研究
不打亂《黃帝內經》原有的排列次序，逐字、逐句、逐段或逐篇予以註釋闡發，當屬此類。註解《黃帝內經》最早者，當推梁·全元起的《素問訓解》，惜早已亡佚，現僅能從林億所校訂的《重廣補注黃帝內經素問》中見到其少數的註釋。現尚存較完整的注本可分為單注《素問》與全注《素問》、《靈樞》兩類。
1．單注《素問》著作
（1）唐·王冰次注《黃帝內經素問》
王冰歷時12年整理《素問》。其工作主要有二：其一，將《素問》重新編為24卷，並補入「舊藏之卷」第七卷——運氣部分；其二，對全書各篇做系統而詳盡的註釋，對經旨多有發揮，成為後人註釋《素問》的基礎。他的治學態度嚴謹，「凡所加字，皆朱書其文，使今古必分，字不雜糅」（王冰次注《黃帝內經素問·序》）。可惜的是，在宋·林億等校書時已經朱墨不分了。王冰注經宋·林億等校正後，一直流傳至今，是我們今日所見《素問》的底本。
（2）明·吳昆《素問吳注》
該書是以王冰的二十四卷本為底本。其特點有二：一是凡他認為原文有錯簡訛誤之處就直改原文並在註釋中加以說明。二是闡發醫理較深入而不流於空泛。
(3)清·高世栻《素問直解》
該書共9卷。高世栻是張志聰的弟子，也參加了對《內經》集注的工作，但他認為《集注》「義意艱深」，不明白曉暢，故重注《素問》，著成《直解》。其註釋明白曉暢，語言通俗易懂，而且每篇之中還分數小節，眉目清晰，使人一目瞭然，故稱《直解》。
(4)清·張琦《素問釋義》
該書有兩大特點：一是書中之注語多採用黃元御《素靈微蘊》及章和節的《素問闕疑》兩家之說，而黃書、章書流傳較少，故可於《釋義》中求之。另一特點是，林億《新校正》關於篇卷變遷的校語，基本上他都採用了。其註釋較為精煉，亦偶有所發揮。
2．全注《素問》、《靈樞》著作
楊上善的《太素》、張介賓的《類經》雖屬於類分研究《黃帝內經》著作，但也對《黃帝內經》原文進行了註釋。這一點前面已有論述，故此處不再列此兩家。
（1）明·馬蒔《素問注證發微》和《靈樞注證發微》
兩本書各9卷。馬蒔素來長於針灸經脈，故其對經脈俞穴證治、注證頗為詳盡，而《靈樞》多論經脈、俞穴和針刺，因此，馬蒔所注的《靈樞》很受人們重視。又由於馬注之前《靈樞》被人重視不夠，故馬氏注《靈樞》又被認為是專門研究《靈樞》之啟端。
（2）清·張志聰《素問集注》和《靈樞集注》
張志聰精於醫理，治學嚴謹，會同其同學、門人數十人，集體寫成《素問集注》、《靈樞集注》。其註釋質量較高，亦開集體著作之先河。其特點有二：其一，聯繫《黃帝內經》各篇解釋原文，注意到《素問》與《靈樞》二書醫理的相互聯繫，互相印證；其二，在註釋中並不拘泥於歷代醫家的看法，而主張以臨床實踐為標準，強調從臨床應用來闡發醫理。
（3）日本丹波元簡《素問識》和《靈樞識》
該書的特點是重在選用他人的註釋。在選注方面，多採用王冰、馬蒔、張介賓、吳昆、張志聰等家註釋，以考證精確、符合經旨而有發揮者入選。對各家註釋有分歧時，則提出自己的看法，指出孰是孰非。如未能肯定，或可並存者，則用「恐非」、「似是」、「可並存」等口吻，望學習者思考抉擇。本書在闡述自己的見解時，旁徵博引，邏輯性強，對學者分析諸注、體會經旨很有幫助。
校勘研究
漢代以前的書籍主要是用竹簡、帛書、木版等方式流傳，不易保存。加之古今語言文字的不斷變遷，時間間隔愈遠，其間的變化愈大。由此校勘、訓詁便成為閱讀古書不可缺少的手段。
1．林億《新校正》
公元1057年北宋政府成立校正醫書局，對一批古醫書進行了校正。其中，《新校正》就是林億等人校《素問》時所作的校勘，今存於《重廣補注黃帝內經素問》中。《新校正》校的時間較早，數量也多，所勘定的質量亦較高。
2．胡澍《素問校義》
胡氏著《素問校義》一卷，未成而逝，故僅存32條，但其精通聲韻訓詁，故其校勘法度謹嚴。該書博引諸子經籍，正全氏、王氏之訛誤，糾林億之偏失，勘正《黃帝內經》文字，窮及音韻訓詁之原，於後學對經文之校勘，窺見經旨原貌多有裨益。
3．俞樾《黃帝內經辨言》
俞氏「湛深經學」，長於正句讀、審字義、辨假借。《黃帝內經辨言》對《素問》難字疑句考據精詳，探賾索引，辨訛正誤，引證確切。惜該書僅限於《素問》，且只有48條。
4．於鬯《香草續校書·黃帝內經素問》
于氏著的《香草校書》60卷是校勘經部的著作，《續校書》22卷是校勘子史部的著作，《黃帝內經素問》屬於子部，故校之。于氏以其嚴謹的治學態度和博大精深的小學知識，旁徵博引諸如小學文字、篆書、隸書、經、史、諸子、傳記等，對《素問》102條原文進行了校勘和訓詁。其論述精審，義理詳明，創見甚多。
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