《內經》中的精氣學說
精氣學說產生於先秦。管子認為：凡物之精，此則為生。下生五穀，上為列星；流於天地之間，謂之鬼神；藏於胸中，謂之聖人；是故名氣……指出作為物質的精氣，結合起來就產生萬物。「人之生，氣之聚氣，聚則為生，散則為死……故曰通天下一氣耳。」莊子認為無形物質是有形物質的本源，萬物都經歷從無到有的過程，「無中生有」的本源在於精氣。莊子這種生死「氣化」的觀點含樸素的唯物論元素。《內經》「氣合而有形」的生命觀，有道家思想的痕跡。
《內經》認為生命活動是「氣」在體內運動變化的外在表現，並從氣的存在方式、運行模式和作用機制等多個層次，建立了中醫學特有的病機理論。《素問·舉痛論》曰：「余知百病生於氣也，怒則氣上，喜則氣緩，悲則氣消，恐則氣下，寒則氣收，炅則氣洩，驚則氣亂，勞則氣耗，思則氣結。」提出不同致病因素或通過改變氣的存在狀態；或影響氣的多少，導致疾病發生的病機理論。
道家的精氣學說是《內經》「氣」學說的濫觴，《內經》氣相關的病機理論經過後世醫家的發揮，逐漸演變成為中醫病機理論的基石。宋元以降，臟腑病機、氣血病機、經絡病機等病機理論日臻完善，從根本上說，這是得益於《內經》的精氣病機學說。
《內經》中的陰陽五行學說
陰陽五行學說首先由陰陽家提出，但被稷下派道家所借用，經管子等人的大力倡導，道家形成用五行盛衰推衍天道及人事變化的世界觀和方法論。這種唯物主義的哲學使中醫擺脫神學的束縛，促進了中醫與巫神的決裂，導致了醫學概念的產生、醫學理論框架的建立和中醫知識的系統化。反映在《內經》的病機理論中，則是以臟腑的五行生剋規律和天地五運六氣之變，來推演人體疾病的發生、發展與變化過程。
陰陽失衡的發病觀。《內經》借用陰陽概念，用以闡釋人體的生理病理現象，認為生理情況下，人體內陰精與陽氣之間存在著相互為用的依存關係。即：「陰在內，陽之守也；陽在外，陰之使也。」陰陽之間相對的協調平衡，是維持「陰平陽秘，精神乃治」生理狀態的前提。陰陽失常可引起疾病的發生，如《素問·生氣通天論》說：「陽氣者，煩勞則張，精絕，辟積於夏，使人煎厥。」
陰陽盛衰的病機觀。《內經》認為人體陰陽的運動必須符合天地陰陽的運動變化規律。《素問·四氣調神大論》云：「陰陽四時者，萬物之終始也，死生之本也。逆之則災害生，從之則苛疾不起，是謂得道。」如果人體陰陽出現偏盛偏衰，會造成疾病的發生，出現「陽虛則外寒，陰虛則內熱，陽盛則外熱，陰盛則內寒」，「陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒」（《素問·陰陽應像大論》）等。
五行生剋之傳變規律。五行生剋乘侮的推演是道家用以解釋各種自然和社會現象的主要工具，認為事物運動變化的內在機制，是其內部存在著相互制約和相互促進的兩種因素。《內經》在建立疾病傳變理論時，借鑒了這種說理模式，首先依據五臟的生理特點將其分屬於五行，然後按照五行生剋原理，建立了一套獨特的病機傳變理論，《靈樞·玉機真藏論》曰： 「五臟受氣於其所生，傳之於其所勝，氣捨於其所生，死於其所不勝。病之且死，必先傳行，至其所不勝，病乃死。此言氣之逆行也，故死……黃帝曰：五臟相通，移皆有次。五臟有病，則各傳其所勝，不治。」認為五臟疾病可以從其子髒感受病邪，並將病邪傳遞給其所克之髒，病邪容易滯留於其母髒，當病邪傳至克己之髒時則病勢凶險，這種病機傳變理論與臨床實際情況基本一致。
《內經》中的「天人合一」觀
「天人合一」是中國古典哲學的根本觀念之一，認為人與自然是息息相通的一體，一切人事均應順乎自然規律，達到人與自然的和諧。老子說：「人法地，地法天，天法道，道法自然（馬王堆出土《老子》乙本）。」表明人與自然是一致、相通的。
《內經》反覆強調人「與天地相應，與四時相副，人參天地」（《靈樞·刺節真邪》），「人與天地相參也」（《靈樞·歲露》、《靈樞·經水》），「與天地如一」（《素問·脈要精微論》）等，認為獨立存在的「天」，與作為世界主體的「人」，有著統一的本原，一致的屬性，相似的結構，相同的規律。基於這種樸素的認識，《內經》從時間和空間等多個角度，分別構建了「天人合一」的病機理論。 《內經》中的時間觀念。疾病與年份的關係。體現在《內經》的運氣學說之中，在王冰補入的七篇大論中，有大量關於運氣影響疾病的內容，如：《素問·五常政大論》云：「少陽司天，火氣下臨，肺氣上從……大暑以行，咳嚏、鼽衄，鼻窒日瘍，寒熱胕腫。……陽明司天，燥氣下臨，肝氣上從……脅痛目赤，掉振鼓栗，筋痿不能久立……太陽司天，寒氣下臨，心氣上從……心熱煩，溢干、善渴、鼽嚏、喜悲數欠，熱氣妄行，寒乃復，霜不時降，善忘，甚則心痛。」等。
疾病與季節的關係。《素問·金匱真言論》曰：「故春氣者，病在頭；夏氣者，病在髒；秋氣者，病在肩背；冬氣者，病在四肢。故春善病鼽衄，仲夏善病胸脅，長夏善病洞洩寒中，秋善病風瘧，冬善痺厥。」總結了一年四季的好發疾病，描述了季節與疾病譜間的關係。
疾病與天氣月相的關係。《素問·八正神明論》云：「是故天溫日月，則人血淖液而衛氣浮，故血易瀉，氣易行；天寒日陰，則人血凝泣而衛氣沉。月始生則血氣始精，衛氣始行；月郭滿則血氣實，肌肉堅，月郭空，則肌肉減，經絡虛，衛氣去，形獨居，是以因天時而調血氣也。」提出隨天氣的寒溫和月亮的盈虧變化，人體會發生「肌肉減，經絡虛，衛氣去」等病理改變。
疾病與日期的關係。素問·藏氣法時論》曰：「肝病者，愈在丙丁，丙丁不愈，加於庚辛，庚辛不死，持於壬癸，起於甲乙。肝病者，平旦慧，下晡甚，夜半靜。」詳細論述了疾病隨日期、時辰而發生變化的規律，
疾病與時辰的關係。《內經》認為，在生理上人體陽氣可以隨自然界陰陽盛衰的變化而變化，如「平旦陽氣生，日中陽氣隆」，那麼在病理狀態下就會有「旦慧，晝安，夕加，夜甚」的規律，這是時辰與疾病關係的具體體現。
《內經》中的空間觀念。《素問·異法方宜論》：「故東方之域，天地之所始生也。魚鹽之地，海濱傍水，其民食魚而嗜鹹……其病皆為癰瘍，其治宜砭石……西方者，金玉之域，沙石之處，天地之所收引也。其民陵居而多風，水土剛強，其民不衣而褐薦……其病生於內，其治宜毒藥。……北方者，天地所閉藏之域也。其地高陵居，風寒冰冽，其民樂野處而乳食，髒寒生滿病，其治宜灸爇……南方者，天地所長養，陽之所盛處也。其民嗜酸而食胕，故其民皆致理而赤色，其病攣痺，其治宜微針……中央者，其地平以濕，天地所以生萬物也眾。其民食雜而不勞，故其病多痿厥寒熱。」說明東、南、西、北、中央五方的地理環境、自然氣候的差異，以及人們生活作息習慣的不同，對人體生理活動和疾病發生會產生重大影響。
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