疾病的發生，關係到致病因素和機體本身抗病能力兩個方面，《內經》把這兩個方面概括為「邪」和「正」，認為疾病發生與否，取決於邪、正兩方面的作用。
兩虛相得 乃客其形
「兩虛相得，乃客其形」出自《靈樞·百病始生篇》。其所謂「兩虛」，一指外來的虛邪，即賊風邪氣；二指人體內在的正氣虛，只有在虛邪與正氣虛這「兩虛」相逢的情況下，邪氣才能傷害人體發生疾病。「虛邪」與正氣虛乃是外感發病的兩個必備條件，而這兩者之間，又以正氣虛為發病的關鍵。
如果人體正氣充盛，則正能勝邪而不易發生疾病，即《素問·刺法論》所謂「正氣存內，邪不可干」。如果人體正氣虛弱，則邪氣乘虛侵襲人體，正不能勝邪而容易受病。所以《素問·評熱病論》特別指出「邪之所湊，其氣必虛」，就是說，邪氣侵犯人體，人體的正氣一定虛。可見正氣虛弱乃是疾病發生的決定因素，而外來邪氣則是疾病發生的重要條件。
這就是《內經》一再強調的以內因為主的發病學思想，諸如「精神內守，病安從來」（《素問·上古天真論》）；「清靜則肉腠閉拒，雖有大風苛毒，弗之能害」（《素問·生氣通天論》）；「故藏於精者，春不病溫」（《素問·金匱真言論》）；「人血氣積，肌肉充，皮膚致，毛髮堅，腠理卻（閉），煙垢著（形容皮厚體肥），當是之時，雖遇賊風，其入淺不深」（《靈樞·歲露》）等。《難經》所說的五臟「旺者不受邪」；《金匱要略》所說的「五臟元真通暢，人即安和」，都貫穿了《內經》這一發病學思想。
此外，《素問·經脈別論》還指出「生病起於過用」，所謂過用，即過度耗用；凡飲食、勞逸、情志、房室等各種因素超過了常度，耗傷了人體，便可以產生疾病。這仍然是從邪正兩方面的作用認識發病，仍然是以內在因素為主的發病觀思想。
所以高士宗《醫學真傳》說：「人身本無病也，凡有所病，皆自取之，或耗其精，或勞其神，或奪其氣，種種皆致病之由。」
故邪相襲 因加而發
凡邪氣傷人，沒有立即發病，而是潛伏體內再由某種誘因觸發，這種故邪與新邪相加而發病的情況，《靈樞·賊風》稱之為「與故邪相襲」，「因加而發」，此即後世所謂「伏氣學說」的理論導源。
《靈樞·賊風》指出：「嘗有所傷於濕氣，藏於血脈之中，分肉之間、久留而不去；若有所墮墜，惡血在內而不去；卒然喜怒不節，飲食不適，寒溫不時，腠理閉而不通。其開而遇風寒，則血氣凝結與故邪相襲，則為寒痺。其有熱則汗出，汗出則受風……必有因加而發焉。……亦有故邪留而未發，因而志有所惡，及有所慕，血氣內亂，兩氣相搏，其所從來者微。」
這裡提出了5個方面的伏邪：一是傷於濕氣，久留不去；二是有所墮墜，惡血在內；三是情志不節，氣機逆亂；四是飲食不適，脾胃損傷；五是寒溫失調，衛氣失固。並提出了兩個方面的誘發因素：一為外受寒、熱、風邪而觸發；二為情志波動如所惡、所慕，使血氣內亂而觸發。
這些內容，較之後世溫病學家的伏氣說，其範圍要大得多。溫病學家所論伏氣溫病，如春溫、伏暑等，均只指外受的六淫邪氣，並未涉及情志等諸多因素。其實，臨床所見故邪因加而發的情況頗多，遠遠不止於伏暑和春溫。
如《素問·生氣通天論》所云「春傷於風，邪氣留連，乃為洞洩；夏傷於暑，秋為痎瘧；秋傷於濕，上逆而咳，發病痿厥；冬傷於寒，春必溫病」，即是其例。
勇怯厚薄 因形而病
《內經》認為，人體形態的緩急、氣血的盛衰、性格的剛柔、體質的強弱都與發病相關。《靈樞·論勇》說：「有人於此，並行並立，其年之長少等也，衣之厚薄均也，卒然遇烈風暴雨，或病或不病，或皆病，或皆不病，其故何也？」答曰：「黃色薄皮弱肉者，不勝春之虛風；白色薄皮弱肉者，不勝夏之虛風；青色薄皮弱肉者，不勝秋之虛風；赤色薄皮弱肉，不勝冬之虛風也……黑色而皮厚肉堅，固不傷於四時之風。」這就是說，凡薄皮弱肉者，不勝四時之虛風，容易感邪受病；凡皮厚肉堅者，不傷於四時之虛風，不易感邪受病。
《靈樞·五變》還以樹木為比喻，說明體質因素在發病過程中的重要作用。它說：「木之陰陽，尚有堅脆，堅者不入，脆者皮弛，至其交節，而缺斤斧焉。夫一木之中，堅脆不同，堅者則剛，脆者易傷……況於人乎？」以人應木，「人之有常病也，亦因其骨節、皮膚、腠理之不堅固者，邪之所捨也，故常為病也」。
一是由於體質強弱不同，故雖同時感受邪氣，也會出現「或復還，或留止」，即有的不病，有的發病。
二是由於人體各部都有厚薄差異，邪氣乘虛而入，其薄弱部位即為「邪之所捨」，故感受同一邪氣，亦可出現「或病此，或病彼」，即所謂「一時遇風，同時得病，其病各異」。
三是由於人體質的差異，往往對某種疾病亦有易感性。《靈樞·五變》指出：「五臟皆柔弱者，善病消癉」，「小骨弱肉者，善病寒熱」，「粗理而肉不堅者，善病痺」，正所謂「因形而生病」也。
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