陰陽是古代哲學的一對範疇，最初是具有樸素的直觀的兩個事物互相聯繫，互相對立的具體事物間有正反兩個方向，如日光的向背，向日為陽，背日為陰，事物運動向上升為陽，向下降為陰，古代思想家聯繫到一切現象都有正反兩方向，就利用陰陽的概念來解釋自然界兩個對立和互消長的物質勢力，而且這種現象存在一切事物當中具有普遍性。
陰陽是一切事物發生的根源
《周易·系辭·上》：「一陰一陽之謂道」，又說「形而上者謂之道」，形而上者，即無形無體之物也，雖然看不見、摸不著，但又確實存在，這裡所指的「道」是一切萬物生生之道，如《道德經第十二章》「道生一，一生二，二生三，三生萬物」；《莊子·大宗師》也說：「夫道一生天生地」。由於世界的原始運動而有物，「物」的變化才產生陰陽兩端，是事物變化的開始。因此說「道」 也是原始之氣的運動，至西週末年，伯陽父用陰陽活動解釋地震，《國語·周語上》：「陽伏而不能出，陰迫而不能蒸，於是有地震」；《老子四十二章》故云： 「萬物負陰而抱陽，沖氣以為和」，則肯定陰陽矛盾勢力是事物本身所固有的。此段老子對物生的觀點，他認為：「道」是在講述產生原初混沌之元氣，這原初元氣是出天和地，天地生出陰氣、陽氣以及和氣，和氣生出千差萬別的物質，萬物都是包含著陰和陽，陰陽混合適中，就生成新的和氣，說明陰陽是有物質基礎的，由天地自然規律「道」的變化而生兩種不同概念，並且還說明「道」運動可分為兩個方面，一是發展，二是轉化，即所謂「物或損之而益，益之而損」之意。「正復為奇，善復為妖」，「禍兮福之所倚，福兮禍之所伏」，認為一切事物的生成都是有或無的統一，包括有某些樸素辯證因素，說明陰陽的原始本源為唯物的具有樸素辯證法因素的哲學範疇。中醫也是沿著唯物主義的樸素辯證法思想在發展，因為《老子》是我國先秦諸子百家的重要典籍，老子本人相傳是春秋的思想家，道家創始人，與《黃帝內經》創始時期不遠，因此，《黃帝內經》受其影響是可以理解的，但《黃帝內經》之陰陽學說發展為系統性理論，而且與醫學緊密結合，不能以老子的陰陽簡說相推經驗。如《天道章》第七十七章：「天之道猶張弓者也，高者抑之，下者舉之，有餘者損之，不足者補之，故天之道損有餘而舉不足」，與內經治療相比，《內經》之陰陽學說已發展為系統性理論而且與醫學相結合，不能以老子陰陽之相剋說相提並論。
陰陽思想基礎是客觀性、物質性
陰陽的物質基礎是「氣」，最初始之氣為原氣，為無影無形客觀存在之氣，如《易經·系辭》上說：「無極生太極，太極生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦」，原始之氣是混沌世界由氣的運動而生太極最原始之物，原始之物運動而生兩儀，兩儀即陰陽，所謂「動而生陽，靜而生陰」，四象即由季節氣候的演變為四象，由陰陽二氣的變化，才有形成一年的季節生物的生命。天地氣候變化，春夏秋冬的信息活動，再進一步則演化為說明萬象萬物生長變化之八卦，甚則是四卦。但對產生物來講最基本的是陰陽變化是物質基礎，如《素問·陰陽離合論》：「天覆地載，萬物方生，陽予之正，陰為之主，故生因春，長因夏，收因秋，藏於冬，」說明萬物一年四季的生長收藏變化，是依據陰陽之氣，即陽氣給萬物以生機信息而賴以生長，而陰氣給予萬物以滋養物質賴以成形，說明陰陽都是以物質為基礎。
陰陽具有普遍性
陰陽在《內經》中普及到每個角落，形體有陰陽，氣血有陰陽，津液分陰陽，運動分陰陽，臟腑分陰陽，《素問·陰陽應像大論》：「天地者，萬物之上下也，陰陽者，血氣之男女也，左右者，陰陽之道路也，水火者，陰陽之徵兆也，陰陽者，萬物之能始也」，能始能訓為「胎」，與「始」義同，即陰陽是萬物變化生成之始，《陰陽應像大論》：「陰陽者，天地之道」，道是萬物生成之元始，道由一陰陽所組成，一陰一陽可以表達天體，一陰一陽可以表達萬物，一陰一陽可以表達人體，一陰一陽可以表達臟腑氣血，一陰一陽可表達病的感受，一陰一陽可表達藥性的升降、沉浮，因此陰陽具有廣泛指導中醫學的作用。
陰陽學說的中醫應用
應用系指將上述各項內涵指導中醫理論及臨床應用及藥物開發等各方面，體現了中醫理論及臨床都在陰陽學說思想的指導下進行的，它貫穿於中醫生理、病理、診斷、治療、養生等各方面，因此稱陰陽為中醫的核心思想之一。如在形態組織結構上，應用了陰陽的統一性，陰陽的相對性，說明內在聯繫，如髒為陰，府為陽，腹為陰，背為陽，其制衡性以統一整體，其相對性是體現相互依存性，髒為陰在內藏精氣與腑在外的傳導性以相對的制約，臟腑一動一靜，一內一外形成統一整體。
在說明生理功能方面主要應用陰陽之相對制約性，相對依存性，互用性，相對轉化性，如「陽化氣，陰成形」，形和氣相對統一，精與氣也是相對統一，精是基礎，氣之功能，精能化氣，氣能生精，這是陰陽轉化。
在病理方面則應其制衡性，如「陰勝則陽病，陽勝則陰病，陽極則傷陰，陰勝則傷陽，陽勝則熱，陰勝則寒」，即陰陽偏勝為病及其症狀。治療上也是陰陽制約，在診斷上對於病證是分陰陽證，陰陽脈，從其色澤、舌體、舌苔上均有陰陽，然要採取陽勝發熱則「若虛之陰抑制之，陰勝則寒，則以溫熱者以補祛寒，若屬於虛證，則用扶正之法」。如《素問·至真要大論》「諸寒之而熱者取之陰，熱之而寒者，取之陽」，王冰對此解釋，陽虛之證則用壯水之主以制陽光，陰虛證則用益火之源，以消陰翳，這是對虛證的陰陽辨治法。在陰陽辨治中，張景岳進一步發展陰陽互補，陰陽同根，陰陽互用的觀點，《類經·疾病類》提出：「善補陽者，必於陰中求陽，則陽得陰助而生化無窮；善補陰者，必於陽中求陰，則陰得陽升而泉源不竭」，說明辨治中也充分利用陰陽的陰中求陽，陽中求陰的辨證思想。
總之，陰陽學說的基本內容，也是規律性辨證思想，是認識中醫的思想方法論。《內經》陰陽學說的主要核心思想，雖然起於數千年之前的樸素哲學思想，帶有直觀性，具體性，但以上的基本思想確深入中醫各方面，是構成中醫理論、臨床治療用藥框架，促進中醫的發展。
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