自古以來，有些醫家據《難經》中之「經曰」或「經言」之語，有9處出自《素問》，有38處出自《靈樞》，故很多人都將《難經》看作是「解經之作」，是對《內經》的註釋和補充。從思想與內容上看，《難經》與《內經》屬於同一理論體系，有很多共通之處，可互為補充。但筆者認為，《難經》中同樣有很多獨創性的見解，發《內經》所未發，具有很高的理論價值。尤其是在藏象學方面，《難經》創意命門，詳論三焦，提出元氣論，對完善藏象學理論體系有著非常重要的貢獻。
創意命門 詳論三焦
「命門」一詞首見於《內經》，但其並非指言臟腑，而是指眼目或眼中之精明穴，如「足太陽之本在跟以上五寸中，標在兩絡命門，命門者目也」（《靈樞·衛氣》）。「太陽根起於至陰，結於命門，名曰陰中之陽。」對此，清代徐靈胎在《醫貫砭》中解釋曰：「目為五藏六府之精氣所注，故曰命門。」這也反映了眼睛在古人心中的重要地位。
《難經》中最早提出人身有「命門」之藏，並將之明確定位在右腎。《三十六難》曰：「藏各有一耳，腎獨有兩者，何也？然。腎兩者，非皆腎也，其左者為腎，右者為命門。命門者，諸神精之所捨，原氣之所繫也。故男子以藏精，女子以系胞，故知腎有一也。」由此則為後世影響深遠的「命門學說」之發軔。
在《難經》中，命門是作為腎藏的一部分存在的，是右腎的別稱。在傳統上，《難經》常被看作是對《內經》最早的註解，這是由於《難經》的主要精力都用於以思辨的方法來化解《內經》中存在的矛盾上，「命門」這一概念的出現，就其最初的出發點，也同樣是源於這一目標，即《難經》的作者為了回答「藏各有一耳，腎獨有兩者」這一明顯的矛盾，而被提出來的。「命門」就其本質而言，仍然是腎藏的一部分，故《三十九難》曰：「其氣與腎通」，因此其諸多特性均與腎藏相類。在其功能上，「命門」則主要繼承了腎藏中「藏精」與「主生殖」的這一部分，故曰：「男子以藏精，女子以系胞」。此命門對《內經》概念的引申，為後世命門學說的建立提供了發展空間。
「三焦」在《內經》中的內容並不很多，其作用也較為單純，主要是作為水液與氣的運行通道。然而在《難經》中，「三焦」被單獨提出加以討論，並被賦予了更多的功能與特性。《難經》首先對三焦的解剖形狀作了深入討論，認為其「有名而無形」（《二十五難》、《三十八難》），「不屬於五藏」（《三十九難》），與其他五腑不同，故稱為「外府」（《三十八難》），這一思想雖在《內經》中也可見端倪，但在《難經》中才被明白無誤地確定下來。對三焦的生理功能，《難經》與《內經》也有所區別，《內經》中主要強調三焦作為氣血與水液運行通道的功能，但《難經》中則對此有所發展，書中特別強調了三焦具有「主持諸氣」的作用（《三十八難》）。
提出元氣論
《難經》提出三焦可通行作為人身生命之本的「元氣」：
所以府有六者，謂三焦也，有原氣之別焉，主持諸氣，有名而無形，其經屬手少陽。此外府也，故言府有六焉。
——《難經·三十八難》
三焦所行之俞為原者，何也？然。臍下腎間動氣者，人之生命也，十二經之根本也，故名曰原。三焦者，原氣之別使也，主通行三氣，經歷於五藏六府。原者，三焦之尊號也。故所止輒為原，五藏六府之有病者，皆取其原也。
——《難經·六十六難》
「元氣」即「腎間動氣」，後世醫家又稱之為「原氣」，是人體最基本、最重要的氣，是人體生命活動的原動力，《八難》曰：「所謂生氣之原者，謂十二經之根本也，謂腎間動氣也。此五藏六府之本，十二經脈之根，呼吸之門，三焦之原，一名守邪之神。」元氣既稱腎間動氣，當產生於腎中所藏之精氣，因而其產生部位在 「命門」中，故《三十六難》曰：「命門者，……原氣之所繫也。」命門作為一藏，也因此成為人身之根本。這一思想雖然始於《難經》中，但在當時，顯得過於超前了，一直沒有受到重視，直至一千多年後的金元時期，這一思想才逐步發展成熟起來，成為藏象學另一新理論體系的核心內容。《難經》元氣論的提出，使《內經》關於氣的理論不僅系統化了，而且使其內涵也更加深廣。
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