開奠臨床醫學基礎
對臨床各科的論導
《傷寒論》的六經辨證、臟腑經絡辨證及理法方藥的規律，既適用於外感熱病，也適用於內、外、婦、兒及男科等疾病。就其內容而論，包括了心肺，肝膽，脾胃，腎與膀胱，大、小腸、生殖系諸臟腑病症，故仲景的辨證論治學術思想指導著臨床各科，至今仍行之有效。
內科雜病：《傷寒論》的辨證論治規律，對內科雜病有很多指導。在病因學方面，提出「千般疢難，不越三條」，即內因、外內、不內外因的「三因」為病的病因分類學說，提出了人體發病的三條途徑。提出了很多內科雜病的常見病因，如痰飲、水氣、瘀血、氣滯、宿食以及勞倦內傷等致病因素。皆為內科雜病的審因辨證提供了依據。在病證學方面，闡述了外感熱病的多種證候，各種疑難雜病的證候表現，如胸痺、中風歷節、消渴、黃疸、痰飲咳嗽、肺痿、肺癰、喘證、心下病、嘔吐、下利等等不多贅述；在論治學方面，《傷寒論》具有完整的六經辨證體系，而且對辨證論治原則和方法，皆有詳細的闡述。論治療方法，集中了汗、吐、下、溫、清、補、和、消八法之大成。治療之法，靈活多變，八法之用，或單行，或合用，變化多樣。論治療原則，有表裡先後、標本緩急、扶正祛邪、正治反治、攻補兼施、寒熱並用等法則。此外，突出強調在臨床治療運用之中，必尊「三因制宜」的指導原則。在方藥學方面，《傷寒論》創立了諸多名方，廣泛用於治療內科雜病，屢用屢效。
婦科病：張仲景在婦人三篇中，精闢地闡述了婦科病的病因、病機，辨證論治，立法遣方以及其用藥。將婦科疾病分為三大類：一為經帶，二為胎產，三為雜病，均論明瞭辨證與論治，為婦科學術理論與臨床實踐，鋪墊基礎，開創先行。至今其「婦人三篇」仍有效地指導著臨床上對婦科病的論治，所記載的婦科專方，沿用至今，其效不衰。從而顯示「婦人三篇」的重大學術價值。
兒科病：有關兒科病之內容記載甚少，在《金匱要略》中見到「小兒疳蟲蝕齒方」，其他恐慮已軼。臨床實踐中對小兒時令病及其雜病，常選用六經辨證、臟腑辨證為準則，酌取經方論治，效果良好，屢用皆爽。如小兒風寒外感，邪熱壅肺作喘，小兒虛寒腹痛，小兒腹瀉，以及小兒蟲積等，均可辨證酌選經方論治。故以《傷寒論》為指導，在兒科病中取「經方今用」開闢論治新途徑有著重要的意義。
外科病：《金匱要略》設有「瘡癰腸癰浸淫病脈證並治」專篇論述癰腫、腸癰、金瘡、浸淫瘡等外科部分疾病，在外科領域裡，《傷寒雜病論》的方藥也為常用之劑，如三承氣湯、大柴胡湯、大陷胸湯、大黃牡丹湯等用於急腹症，可取得滿意的療效。
再有對男科、喉科、眼科等有關病證的辨證方法及方藥亦進行了相關的論述。
對急症學與傳染病學的論導
《傷寒論》成書，實屬疫情的需要，客觀的必然，作者的勤奮。古人云：「百病之急，無急於傷寒」，可見這部巨著的產生是以治療急症為主要目的。從所論內容與臨床實踐來看，是書可謂是我國現存最早論述急救醫學的醫著，它開創了中醫急症辨證論治的先河，將急症分述為傷寒與雜病兩大類型。《傷寒論》六經辨證規律，指出外感熱病發病速、病程短、傳變快、症狀急、易傳染的特點，說明六經病證中包含了多種傳染性熱病與各種急症，六經病治法中包含了多種治療急症的原則與方藥。從廣義看不論傷寒或雜病，凡發病突然、症情急迫、急需救治的病證，皆屬急症範疇。諸如上述，均為後世傳染病與急症的治療做出了極大的貢獻，仲景實為中醫急症學的奠基人。對現代中醫急症學研究及臨床運用產生了深遠的影響。
對預防醫學的論導
《傷寒論》之「未病」和「治未病」的學說，是中醫學獨特的預防醫學理論。《傷寒論》一書在《黃帝內經》基礎上引申發展了這一理論。將「上工治未病」列為全書之首要宗旨。因此「治未病」是仲景指導辨證論治的重要原則之一，意在對「未病」者須預防，以防為首要；對「已病」者必早治，以防病情變；「病癒」康復，預防再發。仲景論述「治未病」的規律與法則，實為精闢的預防醫學理論。總之，仲景對預防醫學的學術思想有重要的理論和實踐意義，為研究現代預防醫學啟迪思路。
對免疫學的論導
《傷寒論》寓有豐富的現代免疫學內容與方法。從人體正氣與免疫的關係來看，張仲景論述了人之正氣具有抵抗病邪、使人體免受侵犯、保持健康的功能。如曰：「血弱氣盡，腠理開，邪氣因入。」說明機體的抗病能力與疾病發生發展的密切關係。可見張仲景所指人體正氣與免疫學中的免疫力，均有保護機體、抵抗外邪的作用，故張仲景辨證論治十分重視正氣的作用，而扶正祛邪是基本原則。故時時叮囑「令胃氣和則愈」，「陰陽自和，必自愈」等，均體現了「保胃氣」增強正氣抗邪愈病的能力。同時張仲景「治未病」的學術思想，與現代免疫學說有內在的聯繫，至今仍有很高的實用價值與研究意義。
對護理學的論導
《傷寒論》開創了「醫護結合」的醫療方法。張仲景強調在治療期間，必須重視護理，同時強調護理的整體性，從而形成「醫護結合」的護理學及「辨證施護」的法則。其辨證施護的要素有三：其一，辨證施護的重點是：全面觀察病情，及時掌握病勢的轉變，動態辨別疾病發展的特點；其二，辨證施護的原則是：醫護結合，以防為先，注重疾病變化為宗旨；其三，辨證施護的方法是：藥物煎服法，藥後護理法，飲食調養法，服藥宜忌法，觀察藥傚法，疾病調息法，病後調攝法，以及內服藥護理法，外用藥護理法等。形成了以人為中心，注重「天人相應」、「臟腑相關」的中醫整體護理學的學術思想，對後世護理學做出了重大的貢獻。
《傷寒論》經過歷代的發展，現在已不再是單純的一部醫書，若從它的內容與其在中醫學中的地位、學術價值，以及歷代醫家研究者所取得的學術成就、現代對其研究的現狀、成果來看，《傷寒論》在中醫學中已形成一個獨立的、完整的學科——「傷寒學」。
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