在病理方面古脈學亦多是以辨析的方法論述有關主病的，大約可以分為以下幾種形式。
「錯舉」脈證種種變動以說明主病與病機這種情況是很多的。例如《素問·脈要精微論》：「徵其脈小色不奪者新病也，徵其脈不奪，其色奪者此久病也，徼其脈與五色俱奪者此久病也，徵其脈與五色懼不奪者，新病也。」「有脈俱沉細數者少朗厥也、沉細數數者寒也，浮而散者為朐僕。」「胃之大絡，名日虛裡，貫鬲絡肺，出於左乳下，其動應衣（按當依《太素》作手）脈宗氣也，盛喘徵絕者則病在中，結而橫有積實，絕不至日死，乳之下其動應衣宗氣洩也。『尺脈緩澀（按當作尺緩脈澀）謂之解亦。安臥脈盛，謂之脫血。尺澀脈滑，謂之多汗。尺寒脈細，謂之後洩。脈尺粗常熱者，謂之熱中等」。對此仲景書中亦有很多精闢的論述，如《傷寒·太陽篇》：「傷寒一日，太陽受之，脈若靜者，為不傳，頗欲吐，若躁煩，脈數急者，為傳也。」《傷寒論·少陽篇》：「傷寒三日，少陽脈小者欲己也。」《傷寒論-少陰篇》：「少陰病脈徵，不可發汗，亡陽故也。陽已虛尺脈弱澀者，復不可下之。」「少陰病下利脈微者，與白通湯，利不止，厥逆無脈，乾嘔煩者，白通加豬膽汁湯主之。服湯脈暴出者死，微續者生。」這些都不是單純的講什麼脈主什麼瘸，或什麼病應見什麼脈，面是觀察脈的變動以得病的機轉。
又如《傷寒淪·厥陰篇》：「傷寒脈遲六七日，而廈與黃芩湯徹其熱，脈遲為寒，今與黃芩湯，復除其熱，腹中應冷，當不能食，今反能食，此名除中，必死。」在這不是一般概念上的以脈定死生的問題，面是參合脈證以伺其病理機制，定出除中證的診斷辨證及病機轉歸，可謂精絕，確是充分應用了脈法在辨證中的作用，這與「遲脈主寒」的呆板說法和認識相去何啻千里。又如《金匱要略·痙濕喝病脈證並治第二》：「太陽病其證備、身體強、凡幾然，脈反沉遲，此為痙，栝萎桂枝湯主之。」以脈為病機徵為辨證的板據，與後世一般的以脈證相反為凶為逆之囫圇說法是不同的。又如《金匱要略·胸痺心痛短氣病脈證並治第九》：「師日：去脈當敢太過不及，陽徵陰弦，即胸痺面病，所以然者，責其極虛也。今陽虛知在上焦，所以胸痺心痛者，以其陰弦故也。」是以脈析病機。《金匱要略·脫滿寒疝宿食病脈證並治第十》：「趺陽脈徵弦，法當服滿，不滿者必便難，兩胠疼痛，此虛寒從下上也，當以溫藥脫之。」
於主證分首次與從正反兩方面辨病機合觀，可見古人論脈主證並不是並列平鋪的。《金匱要略·驚悸吐衄下血胸滿疾血病脈證並治第十六》：「病者如熱狀，煩滿口乾燥而渴，其脈反無熱，此為陰伏，是瘀血也，當下之。」此證之脈象表現如按後世之法，脫然脈象沒有熱象就不必考慮脈的問題了，但仲景不然，卻是從這個無熱伺出證屬陰伏得出瘀血的病機，無熱二字看似宏觀甚至於籠統，但正是由此辨析出精確的病機和診斷。可證有時仲景似粗_面實精，後人就似精面實際上往往粗疏的很了。再舉《金般要略》對於一個病系統的利用脈診以伺病機的情況，如《金匱要略·嘔吐噦下利病脈證並治第十七》下利中的若干條脈象，在病機上的意義非常明顯。如：「下利脈沉弦者—重，脈大者為來止，脈微弱數者，為欲自止，雖發熱不死。」「下利手足厥冷，無脈者，灸之不溫，若脈不通，反徵喘者死，少陰負趺陽者為順也。「下利有徵熱而渴，脈弱者，今自愈。」「下利脈披而渴者，今自愈，設不差，必清脈血，以有熱數也。」「下利脈反弦，發熱身汗者自愈。」「下利寸脈反浮數，尺中自澀者，必清膿血。」「下利脈廈而遲，其人而少赤，身有微熱。下利清谷者，必郁冒汗出面解，病人必微厥，所以然者，其面戴陽，下虛故也。『下利後脈絕，手足厥冷，啐時脈還，手足溫者生，脈不還者死。」「下利三部脈皆平，按之心下堅者急下之，宜大承氣湯。」「下利脈反滑者，當有所去，下乃愈，宜大承氣湯。」對下利證通過脈證的辨析得出不同的病機，否則某些脈就很難說它在下利診斷辨證中有多大意x，尤其是下利三部脈皆平一條，由於下利三部脈不可能是皆平的，再加上按之心下堅的證確定其病機面決定用急下之法，這就絕非某些脈無變化或脈證不符等一般理解所能做出的了。
另外《金匱要略》在討論病機時常常使用寸口趺陽、少陰等脈綜合對比分析的方法。這方面的條文是很多的，僅舉一例以見其餘。如《金匱要略·水氣病脈證並治第十四》：「師日：寸口脈沉面遲，沉則為水，遲則為寒，寒水相搏：趺陽脈伏，水谷不化，脾氣衰則鶩溏，胃氣衰則身腫，少陽脈卑，少陰脈細，男子則小便不利，婦女則經水不通，經為血，血不利則為水，名曰血分。」辨證的，合理的集中了各種脈診的長處，用於臨床辨證以得病機，其法是以寸口為主，其次是趺陽，（趺陽與人迎意同，都是陽明脈）適當的有選擇的根據需要採用少陰、少陽等等，熔通診法、陰陽診法（人迎脈口診、尺寸診等）及獨取寸口法於一爐，以盡可能簡的形式發揮了全面系統的脈診的長處。
總之，仲景書以脈診析病機的內容是主要的方法，具體條文當然是指不勝屈的。在平脈辨證中脈診名符其實地起到它應起的作用。
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