1、缺乏重大的、突破性質的進展
自《脈經》起形成，後世的獨診寸口法的診脈方法，而形成後世脈法。《脈經》以後，都足宗法《脈經》的，後人所做的只不過是一些對《脈經》的修修補補，在批判偽撰《脈訣》中，保衛《脈經》，普及脈法等工作而已。雖然各家都提出自己的一套，但大同小異，各有優缺點，原則上不出《脈經》的範圍，儘管在醫學上有金元時期的學術爭鳴，明清時期的傷寒、溫病學的發展，以及臨床各科，各種新疾病新問題的接觸和解決等重大發展，但脈學卻不能與之相符，雖有進展，相形之下是明顯見絀的。
2、脈診形成單系列帶來的流弊
《脈經》為突出脈診，當然亦是為論述的方便，於是以脈為主體論述脈形與主病等。緣此以下，脈學書就都形成以脈為中心的系列，尤其是歌訣形式的書籍中更為明顯。宋元以降，醫學論著亦多單另論脈，出現了病證一個系列，脈象主病一個系列的狀況。在臨床實踐上，只是將兩者拼台而已，有矛盾時，亦是以捨脈從證，捨證從脈等等為課題做文章。這與《內經》、仲景將病脈證治結合在一起進行分析綜合辨證，有方法原則上的不同，使脈診趨於僵化。至明清時才有一些人意識到這個問題，強調通過綜合脈證以辨病機，並做了新的探索，但不夠自覺，沒有從歷史的、現實的角度深化的去認識這個問題。當然亦沒有引起學術界更大的重視，只不過認為是他們的一些學術論述而已。
3、寸關尺分主臟腑問題莫衷一是
《脈經》提出左右手寸關尺分主臟腑問題，後人雖然多數人同意這個具有方向性的方法，但對具體內容提出多種修正方案，甚至於《褚氏遺書》還提出男女互倒的方法。一般的左手心、肝、腎；右手肺、脾、命的方法，儘管普及使用了，但六腑問題一直停留在學術爭論的位置上，臨床實踐是不甚明確的。當然一直有相當的一部分人，根本不同意寸關尺分主臟腑的方法，這雖然是個學術上的爭論研究問題，但它一直存在於後世脈法的實踐歷史過程中，無法統一認識，這不能不說是一個在一定程度上未能解決的實際問題。
4、被診寸口擊的局限性
獨診寸口法，方法簡便，用之有效，這是主流，但它是否有局限性，亦是可商榷的問題。若干疾病，起碼需要結合，配合其他位置的脈位，這無疑是有意義的。千百年來，中醫一直遵循《內經》、仲景，津津樂道，惟恐繼承學習之不足，但在脈診上都衝不破獨取寸口法的藩籬，這說明獨取寸口法不但限制了現實工作，限制了發展，亦限制了繼承。
5、出現了脈診神秘化的一些問題
由於後世脈法的獨取寸口的形式的特殊，成為中醫不易被人理解的一個很突出的問題，為此引起了一些人對它的神秘感，於是就有人利用這種心理造作「太素脈」這類荒誕怪異的東西，這雖不是後世脈法本身的問題，卻亦是由於本身的某些原因才被人所利用的。後世脈法沿著古代肘法末期，提出的獨取寸口法，繼續向前發展，完善了它做為惟一的方法，它有選擇地繼承了古代脈法有用的東西，並有所改造、改進，不斷豐富脈診的內容，為醫學的實踐和發展做出了貢獻，成就是很明顯的。但亦存在若干缺點和不足，後世脈學應當是今後脈學向前發展的基礎和起點。
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