1、成書經過等問題
《難經》不見於《漢書·藝文志》，最早見之於《隋書·經籍志》，但未署何人撰著，《舊唐書·經籍志》始題為秦越人所撰。按唐t楊玄操《黃帝八十一難經注》自序日：「黃帝八十一難者，斯乃勃海秦越人所作也。越人受桑君之秘術，遂洞明醫道，至能徹視腑臟，刳腸剔心，以其與車轅日時扁鵲相類，乃號之為扁鵲。」所以一般認為《難經》為秦越人所撰的說法實始於唐·楊玄操，但在唐·王燾著《外台秘要方》中載有《刪繁方》「六極論」引了二十四難文，並且稱之為扁鵲日，文字雖稍有出人，但可以肯定是出於《難經》的。《刪繁方》為謝士秦所撰，謝是隋前的人，可見南北朝時已有秦越人著的證據。日本人丹渡元胤《醫籍考》說：「余嘗觀宋版《史記·扁鵲傳》僧幻雲附標所引《難經》，似是玄操原本，載其卷首名銜日，盧國秦越人撰，吳太醫令呂廣注，前歙州歙縣尉楊玄操演，據此呂廣注本似署越人名，然則士泰所稱，殆循其舊者歟？」可見在唐以前就可能有秦越人所著之說。但是《難經》如出自扁鵲，那當然是先秦人的醫學名著，為什麼南北匕朝以後才著錄？是劉歆、班固遺漏，還是出自其後？《難經》之名始見於仲景《傷寒雜病論》序，「撰用《素問》、《九卷》、《八十一難》……」《八十一難》當指此書。《難經》的注家最早的是三國時吳太醫令呂廣，西晉時王叔和撰《脈經》引用了《難經》中有關脈學的絕大部分資料。但值得注意的是，《脈經》引《難經》的各個部分沒有提到引自《難經》。《脈經》中投有《難經》這個書名，而在《脈經》弓l扁鵲時則直書扁鵲，不名為出自《難經》，根據以上情況，仲景所說，王叔和所引就是此書，因為《脈經》引《內經》亦有時不提書名。
《內經》著成當在漢代，根據《難經》中有多處引用《內經》，並做進一步的分析解釋等等情況來看，《難經》的著成當在東漢時期，不會再早，但亦不會再晚。至於出自秦越人扁鵲所著的問題是靠不住、亦是不太可能的。
《難經》的成書經過是有些曲折乃至於某些問題是較隱晦，甚至於是很不清楚的，但從它問世以後，在古籍中可以說是流傳得最理想的。關於闕誤、錯簡，乃至於真偽等問題，古人一般沒有異議，只有宋周與權，著有《難經辨正釋疑》、《扁鵲八十一難般辨正條例》、滑伯仁《難經本義》認為，周仲立、李子埜輩擅加筆削，今並不從。但滑氏的《難經本義》中亦有「闕誤總類」一篇，指出經文的缺訛和錯筒等問題。近人張山雷著《難經匯注箋正》一書，有「考異」一卷。少數人認為八十一難的次序已非原貌，如清代的丁錦著有《古本難經闡注》，日本人騰萬卿著有《難經古義》等，但亦都是「想當然爾」的性質，並沒有什麼客觀性質的證據。清末廖平以他「公羊家」的習慣和某些成見認為《難經》是偽撰的，不是古真本《難經》。他訛：「《難經》之偽，凡深於醫者皆知之，後人猶強為辯護者，不過以《史記》張守節《正義》，引楊元操序以為秦越人耳。使其書早出，集解索引何不引據，今考《正義》引《素問》十一條，《素問》皆無其文，又引《素問》而無《靈樞》，是其於醫學毫無研究可知。又《千金》、《外台》診法，原書無一與《難經》同者，是《難經》與《脈訣》，世俗雖有流傳，老醫達人皆鄙不夷屑道《正義》因素不習醫喜其簡易，故摭拾以塞責。」廖氏主觀意識很強，張守節不是醫家，不能以他工作的不足來否定一部醫經。他對《素問》的引證見不見於原書，引不引證《靈樞》，這與《難經》的真偽又有什麼關係暱？廖氏這種論證方法明顯是不合理的。另外《千金》、《外台》時早已是用獨取寸口法了，怎麼能說與《難經》截然不同呢？受廖氏影響，惲鐵樵亦有類似的論調，他說：「中國古醫書之荒謬者，無過於《難經》，《難經》號稱秦越人著，而《漢書·藝文志》不見其目，《隋書·經籍志》亦無之（按《隋書-經籍志》已著景《難經》），《新唐書》始言之（按《舊廖書·經籍志》已著錄且題秦越人撰），此必後出之書，當在東漢之後。夫軀體內景，決非肉眼可見者能於治療有所補益，以致古書皆不可言而《難經》獨言之。肝何故沉，肺何故浮，胃重幾斤，腸長幾丈，粗劣荒謬，至為可笑。且《難經》每一首問之下，必按一然宇，遍檢經史諸子，無有類此文法者，是其不通醫生拾漢人吐余，托名偽撰之書。」從著者的角度講《難經》應當是偽書，清人姚際恆《古今偽書考》已明確指出。《難經》文字亦確實卑弱，但有關解剖內容，現傳世《內經>亦有所載。非古書皆不言，廖氏本非醫家，惲鐵樵中年轉而為醫，其人其學似均高出醫學流輩，但以言臨床醫療實踐，則未能或先。廖氏主觀，揮氏於醫籍寡學，且自以為身為學者，筆峰犀利，於醫家者流頗為蔑視，對《難經》這樣有用之書，一筆抹殺，這正是儒而醫之弊，與古代許叔檄、朱丹溪、王宇泰等撰醫相比，說是不算通醫，亦不為過。
關於對《難經》的認識，以日本人丹渡元胤在他著的《醫籍考》中的說法為較公允：「又按《八十一難經》，較之於《素問》、《靈樞》，其語氣稍弱，似出東都以後之人，而其所記又有與當時之語相類者，若元氣之稱，始見於董仲舒《春秋繁廖》，楊雄《解嘲》，而至後漢，比比稱之。男生於寅，女生於申，《說文》包字注、高誘《淮南子》注，《離騷》章句，俱載其說。術所以沉，金所以浮，出於《白虎通》。金生於巳，水生於申，瀉南方火，補北方水之類，並是五行緯說家之言，而素靈中未有道及者，特見於此經。且此經診脈之法，分為三部，其事約易明，自張仲景、王叔和輩執而用之，遒在醫家實為不磨之鈐式，然微之素靈業己不同，稽之倉公『診籍』復義不合，則恐其古法隱奧，以不遽易辨識，故至後漢或罕傳其術者，於足時師據《素問》有二部九候之稱，仿而演之，以作一家『言者歟？其決非西京之文者，可以觀矣。」當屬承平之論。
2、書名文義問題
《難經》的難字，有兩種解釋，一是「問難」之難，讀作去聲，如《韓非子》有「說難」篇，東i朔有「答客難」、司馬柑如有「難蜀父老」等。《難經》亦是設為詰責問難之形式，通過問答以闡述講義，在古代一直是作為問難解的：如隋·肖占《五行大義》，唐·李善《文選七發》注，《太平御覽》於此書作八十問，而不作八十一難。或作問，或作難，可見難字是作問難講無疑的。宋，季駒說：「《黃帝八十一難經》，盧國秦越人所撰假設問答，以釋疑難之義。」清·徐大椿《難經經釋》序說：「以靈素之微言奧旨，引端未發者，設為問答之語，俾暢厥義也。」都以「難」字為問答、詰問之義。此外，楊立操在《集往難經》序中說：「按黃帝有《內經》二帙、帙各九卷，而其義幽賾，殆難窮覽，越人乃採擷英華，抄撮精要，二部經內，凡八十一章，勒成卷軸，伸演其旨，探微索隱，傳世後昆，名為八十一難，以其理趣深遠，非卒易了故也。」這樣就是難易的難二應當讀陽平聲了。如果從全書的體例性質和傳統的說法看，還是前一種問難之難的讀法與解釋為正確。
另外，《難經》文氣確實有卑弱猥瑣的問題，說是周秦西漢固然不類，就是東漢，亦非學人之筆，說是出於醫家學者，流殆為近之。文中且有「以辭害意」之處，如焦「有名無形」一句話，引起後人很大的紛爭，實際是文章語病，即此可她一斑。
3、《難經》與《內經》的關係
《難經》雖然亦稱為「經」，但從內容形式上來看，它是「經解」，「依經作論」的性質，歷代傳奉注本多冠以「黃帝」，楊玄操序說：「以靈素之微言奧旨，引端未發者，、設為問答之語，俾暢厥義也。」所以一般都認為《難經》是解釋《內經》的，羽翼《內經》的所以亦冠以黃帝云云。至清代徐大椿著《難經經釋》，根據以上的觀點，對《難經》與《內經》進行對比分析、註釋和批判。凡例說：「是書總以經文為證，故不旁引他書。如經文無可證，則間引忡景《傷寒》，乃《金匱要略》兩書，此猶漢人遺法，去古未遠。若《甲乙經》、《脈經》，則偶一及之，然亦不過互相參考，並不據此以為駁辨，蓋後人之書，不可反以證前人也。《難經》註釋其著者，不下余家，今散亡已多，所見僅四五種，語多支離淺晦，惟滑氏《本義》，最有條理，然余亦不敢襲一語。蓋《難經》本文理解已極明曉，其深文奧義，則俱本《內經》，令既以《內經》為詮釋，則諸家臆說，總屬可去，故訓i估詮釋，則依本文，辨論考證，則本《內經》，其間有章節句語錯誤處，前人已是正者，則亦證明某人之說，余則無前人一字，即有偶合，非故襲也。辨駁處，固以崇信《內經》違眾獨異，皆前人之所未及，即本文下詮解處，不可與前人台者，然此原屬文理一定，i可異同，並非剿隨，要亦必深思體認，通貫全經，而後出之，此處頗多苦心，故條理比前人稍密，則同中仍不無小異也：」徐氏《經釋》問世雖晚，但確為此書佳注，但一定以現傳世之《素問》《靈樞》論辨考證，則未盡切合實際，所以《四庫全書總目提要．》說：「是書以秦越人《八十一難經》有不合《內經》之旨者，援引經文以駁正之考《難經》漢《藝文志》不載，《隋志》始著於錄，雖未必越人之書，然三國已有呂博望注本，而張機《傷寒論·平脈篇》中所稱經說，今在第丘難中，則亦後漢良醫之所為，歷代以來與《靈樞》、《素問》並尊，絕無異論。大椿雖研究《內經》，未必學出古人上，遽相排斥，未見其然況椿所據者《內經》，而《素問》全元起本已佚其第七篇，唐十冰始得舊本補之，宋·林億等校正，已稱其天元紀大論以下，與《索問》余篇絕不相通，疑冰取《陰陽大埝》以補所亡，至『刺法』、『本病』二論，則冰本亦闕，其間字句異同，億等又復有校改，注中題曰『新校正』皆是，則《素問u》已為後人所亂，而《難經》反為古本。又滑壽《難經本義》列是書所引《內經》，而今本無之者，不止一條，則當時所見之本，與今亦不甚同，即有舛互，亦宜州存。遽執以駁《難經》之誤，是何異談六經者，執開元改隸之本，以駁漢博十耶？」清江《鄭堂讀書記》亦說：「瀾溪謂《難經》非經，以靈素之微言奧旨，引端末發者，設為問答之語，俾暢厥義。因疑其說，有即以經文為釋者，為悖經文而為釋者，有顛倒經文以為釋者。於是本其發難之情
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