《難經》在脈法上對後世的影響是大的，當然最主要的還是《難經》提出的獨取寸口這個獨佔醫壇的診脈方法，這就使後世脈法都成了《難經》的繼承者。
《脈經》作為脈法的經典性質的文獻，除去在《難經》的基礎上完成完善了獨取寸口法以外。《脈經》還大量地引用《難經》有關論脈之說，以豐富其內容。例如第一卷的「分別三關境界脈候所主第三」就是根據「二難」及「十八難」等綜合發展面寫成的。「辨尺寸陰陽榮衛度數第四」，是錄「一難」、「二難」、「三難」全文面成的，「持脈輕世法第六」是錄「五難」的全文。「辨臟腑病脈陰陽大法第八」的前半部分，是錄的「九難」全文。「辨脈陰陽大法第九」的前半部分，為錄自「四難」與「六難」全文的：只是次序略有更動參差而已。「縱橫逆順伏匿脈第十一」中的伏匿脈是錄自「二十難」。第二卷「平奇經八脈病第四」中有部分內容錄自「二十七難」、「二十八難」、「二十九難」。第四卷「辨三部九候脈證第一」中選用了「十八難」、「十四難」、「八難」等內容。「診損至脈第五」選用了「十四難」的大部分內容和與「一難」相類似的觀點方法。第五卷「扁鵲陰陽脈法第二」六經之脈與「七難」原則相同。但有出人，但這不一定是《脈經》選自《難經》，因為這種內容是各家各派各種文獻均有的，何況在「扁鵲陰陽脈法」中只是串人「七難」的內容，亦不盡相同，所以對此只能提出作為參考，很難說就是引自《難經》的。在「扁鵲診諸反逆死脈要訣第五」中有「人病脈不病者生，脈病人不病者死」一條，《難經》「第二十一難」正是對這兩句話作解釋分析的，並且前面還冠以「經言」二字，按《漢志》載，有《扁鵲內外經》，這有可能是《難經》依扁鵲內經作的「論」，而王叔和所引不好說是取自《難經》，倒是有可能取自於《扁鵲內外經》之文的。總之，《難經》以後的第一部脈學經典性質的專著《脈經》，不但採用並完善丁《難經》的獨診寸口法，形成了脈法的絕對權威著作，普及獨取寸口法，為診脈的獨一無二的方法，還在《脈經》中幾乎引用了《難經》有關論脈的全部篇章和內容，我們知道後世脈法都是原出於《脈經》的。這充分說明《難經》中有關脈診部分對後來脈法發展的影響是巨大的、深遠的。
《難經》是古醫籍出現註解最早的和歷代醫家作注最多的。自三國，吳太醫令呂廣起，後如唐·楊立操、宋·丁德用、金元時張元素、滑壽等，明清時注家更多，域外醫家如日本人名古屋玄醫等，無慮數十家。近人於此書如張山雷等亦有註解研究。對《難經》的註解說明歷代醫家對它的重視。不但醫家，世人亦向來重視《難經》，如宋蘇軾說「醫之有《難經》，句句皆理，字字皆法，後世達者，神而明之，如盤走珠，如珠走盤，無不可者，若示新意，而棄舊學，以為無用，非愚無知，則狂而已。譬如俚俗醫師，不由經論，直授藥方，以之療病，非不或中，至於遇病輒應，懸斷死生，與知經學古者，不可同日語矣。世人徒見其有一至之動，或捷古人，因謂《難經》不學而可，豈不誤哉！」（《欏伽經》跋）。東坡是知醫的，他的說法較之一般學者更具有代表性。《難經》確予後世醫學以重大的影響。而其中有關脈學部分，則是《難經》為首的和主要的內容。
在歷代醫家傳習《難經》時，有幾個特點說明其影響之大，第一是過去可以說是無人不學此經。第二是由於篇幅不大，段落整齊分明，都是全文學習的。我們看《難經》向來世有「選本」就是很好的證據。第三在學習《難經》時，由於每「難」文字不長，而且易懂易記，都是背誦的，所以從普及的角度上講，《難經》是醫經中惟一的。由於《難經》深人淺出，切合實用，不但一般醫家習用以為常，歷代名醫註釋以為學，就是某些高才絕學之士，如明代的盧之頤、方以智等亦遵用之而無異議。至清末廖平始對此書脈法提出駁難，但某些論據亦不夠充分，儘管《難經》不是沒有缺點和受歷史影響而致的若幹不足，但廖氏的論點卻步為人所接受，甚至於以廖氏之說為怪論。另外明清以來，坊間盛行將張世賢的《圖注難經》與《圖注脈訣》合刻為書，或者又加上李時珍的《瀕湖脈學》形成了一種小叢書，各地復刻很多，流傳極廣，成為最常見必讀的有關脈學的綜合性、代表性書籍，近代石印、鉛印的這這種書仍然是很多的。於此亦可以見到《難經》對後世醫學的影響和對後世脈學的影響。
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