經絡學說不僅可以說明人體的生理功能，在臨床上也常用於闡釋疾病的病理變化，同時對於指導疾病的診斷與治療，也有極為重要的價值。
（一）闡釋病理變化
在生理情況下，經絡有通行氣血、感應傳導及聯絡臟腑組織等作用，而在發生病變時，經絡也就成為病邪傳播和反映病變的途徑，故經絡學說可用於闡釋病理變化。
1．病邪傳變的途徑
經絡內屬於臟腑，外聯體竅，加強了臟腑之間、臟腑和形體官竅之間的聯繫。經絡的功能活動正常，氣血運行通暢，各臟腑器官功能強健，則能抵禦病邪的侵襲，防止疾病的發生。而當經絡功能活動失常，則經氣不利，病邪易於乘虛侵襲。在病理狀態下，經絡既可成為外邪由表入裡的傳播途徑，亦可成為臟腑間病變相互影響的途徑。《素問·皮部論》說：「邪客於皮則腠理開，開則邪入客於絡脈，絡脈滿則注於經脈，經脈滿則入捨於府藏也。」指出外邪侵犯體表，可通過經絡的傳導聯繫而內傳臟腑。其傳變規律一般為皮毛→孫絡→絡脈→經脈→臟腑。如外感寒邪，可由肌表內傳肺、脾、胃等臟腑。表裡臟腑之間的疾病，可以通過經絡互相傳變。如脾失健運，可影響胃的受納和腐熟；大腸傳導失司，可致肺失宣肅。非表裡關係的臟腑之間，其病變也可以由經脈傳變。如肝失疏洩，可以影響脾胃運化，因為足厥陰肝經入腹後，挾胃兩旁，屬肝絡膽；腎陽虧虛，氣化失司，水濕氾濫，可致水氣凌心、射肺，因為足少陰腎經入肺，並注入胸中而絡心。
2．內臟病變反映於體表的途徑
由於內在臟腑與外周肢節、官竅等，通過經絡密切相連，故內臟的病變也可通過經絡，反映於體表的某些特定部位及官竅。如足厥陰肝經繞陰器，過腹，布脅肋，上連目系，故肝氣鬱結可見兩脅及少腹痛，肝火上炎易見目赤腫痛，肝經濕熱多見陰部濕疹瘙癢等。又如足陽明胃經入上齒中，手陽明大腸經入下齒中，故胃腸積熱可見齒齦腫痛。胸痺、真心痛可表現為胸前區疼痛，且疼痛沿左側手少陰心經循行路線放射至手臂內側尺側緣。
（二）指導疾病的診斷
由於經絡有一定的循行規律，內臟病變常通過經絡在相應的部位有所反映，所以可以根據經脈的循行部位以及所聯繫臟腑的生理和病理特點，來分析各種臨床症狀，以判斷其病位、傳變和發展趨勢，從而指導疾病診斷。
1．循經辨證，判斷病位
經脈各自有其特定的循行部位，因此，可以根據病變發生的部位，結合該部位經脈循行的情況，以推斷病變所在的臟腑、經絡。如腰部疼痛，多與腎有關；兩脅疼痛，多為肝膽疾病；缺盆中痛，常是肺臟的病變。又如：可根據頭痛的部位，確定病變所在經脈，痛在前額，多與陽明經有關；痛在兩側，多屬少陽經病變；後頭部及項部痛，多與太陽經有關；巔頂疼痛，多為足厥陰肝經之疾患。
2．按察腧穴，判斷病位
腧穴是經氣聚集的地方，是經絡氣血通達於體表的特殊部位。當臟腑病變時，病氣常可在特定的腧穴等部位有較集中的反映，或表現為壓痛，或呈現為結節狀、條索狀的反映物，或局部皮膚的色澤、形態、溫度等發生變化。根據這些病理反應，即可推斷疾病的部位。如肝病患者，肝俞穴或期門穴多有壓痛；膽病患者，在膽俞穴及膽囊穴附近常有壓痛；胃腸疾患者，在胃俞穴及足三里穴會有明顯的痛覺異常；長期消化不良者，可在脾俞穴發現異常的變化；肺臟疾病患者，常可在肺俞、中府等穴有壓痛。因此，在臨床上，常用指壓背俞穴、募穴或原穴的方法，通過對其異常改變的瞭解，以協助診斷疾病。
（三）指導臨床治療
1．循經取穴
經絡依據其絡屬臟腑和循行部位，其經穴都有相應的主治範圍和作用部位。每條經脈所屬腧穴的主治範圍，均同各經脈的循行分佈部位和所絡屬的臟腑有密切關係。針灸和推拿，即是在經絡學說指導下，針對某經或某臟腑的病變，在病變部位或經絡循行的遠端部位取穴，通過針灸或推拿等方法，以疏通氣血，調整陰陽，從而達到治癒疾病或緩解症狀的目的。而治療穴位的選取，首先必須按照經絡理論進行辨析，判斷病變的臟腑、經絡，然後再根據經絡的循行分佈部位和聯繫範圍來選定，此即「循經取穴」。所以，針灸及推拿治療必須依靠經絡學說的指導。
2．分經用藥
藥物的治療也是通過經絡的傳導轉輸使藥達病所，發揮其療效。古代醫家在長期臨床實踐的基礎上，根據某些藥物對某一臟腑、經絡所具有的特殊選擇性作用，創立並形成了「藥物歸經」的理論，認為臨床處方用藥，應當辨明病變的經絡和臟腑，然後選用對某經或某一臟腑有特殊選擇性作用的藥物進行治療，即「何經之病，宜用何經之藥」（姚瀾《本草分經》）。如款冬花、桑白皮、桔梗等屬於肺經的藥物，蒼朮、白朮、草豆蔻等歸於脾經，升麻、石膏、防風等歸於陽明經，蔓荊子、滑石、豬苓等歸於太陽經。又如同是瀉火藥，而黃連瀉心火，黃芩瀉肺火，柴胡瀉肝膽火，白芍瀉脾火，知母瀉腎火，石膏瀉胃火等。可見藥物歸經理論提高了臨床用藥的準確性。
此外，有些藥物的選擇性作用特別明顯，金元醫家張潔古、李東垣據此創立了「引經報使」理論。引經，即使用某些藥物能引導其他藥物選擇性地治療某髒、某經的疾病。如頭痛的治療，病屬太陽經的應選羌活，屬陽明經的可選白芷，屬少陽經的當選柴胡，屬足厥陰肝經的可選吳茱萸。上述藥物不僅可以治療相應部位的病症，還可以作為其他藥物的嚮導，引導其他藥物歸入上述各經而發揮治療作用，以增強對某經病變的療效。針刺麻醉、耳針、電針、穴位埋線、穴位結紮等治療方法，也都離不開經絡學說的指導。
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