最古的藥酒方與其他中藥方劑一樣是沒有名稱的，在馬王堆出土的帛書中，所記載的藥酒方，就沒有具體的方名。這種情況在唐代方書中仍保留不少，如《干金要方·脾臟下》「治下痢絞痛腸滑不可差方。」《外台秘要》卷十五的「療風痺癮疹方」等。
最早的藥酒命名，現見於先秦及漢代，如《內經》中的「雞矢醴」及《金匱要略》中的「紅藍花酒」等，多以單味藥或一方中主藥的藥名作為藥酒名稱，這方法成為後世藥酒命名的重要方法。漢代以後，藥酒命名的方法逐漸增多，傳統命名方法，歸納有以下幾種：１單味藥配製的藥酒，以藥名作為酒名，如羌活酒。２二味藥製成的藥酒，大都二二藥聯名，如五倍子白礬酒。３多味藥製成藥酒用一個或二個主藥，作為命名，如羌獨活酒，或用概要易記的方法命名，如：五蛇酒、五精酒，五枝酒、二籐酒等。４以人名為藥酒名稱，如倉公酒、史國公酒、北地太守酒等，以示紀念。為了區別，有時也用人名與藥名或功效聯名的，如崔氏地黃酒、周公百歲酒等等。５以功能主治命名，如安胎當歸酒、愈風酒、紅顏酒、腰痛酒等。這一命名方法，在傳統命名方法中，也占相當比重。６以中藥方劑和名稱，直接作為藥酒名稱，如八珍酒、十全大補酒等。
此外，還有一些從其他各種角度來命名的藥酒，如白藥酒、玉液酒、紫酒、戊戌酒、仙酒、青囊酒等，數量不多，不一一列舉。
由於命名的方法多以主藥或功效為主，再加藥酒的歷代專著均已亡佚，有些專題論述亦無分類，大都藥酒方劑是穿插在其他方書中，所以在命名和分類上都存在一些問題。如就本書原來收集到，以虎骨酒命名者，就有33方，其中單味8方、復方25方。復方中藥味數最多者達40餘味，最少者僅2味，它們的組成相差很大，功效顯然也有所區別。但是，都用同一個名稱即虎骨酒，因此不易區別，給應用和分類帶來困難。為此，我們對藥酒的命名作了必要的改動。改動的原則如下。
(1)為盡量保持原貌，對有些名稱不十分確切，或彼此十分相似的藥酒，尤其是古方，只要不與其他藥酒名稱重複，則不作更改。如虎脛骨浸酒、虎脛骨酒、虎骨浸酒、浸虎骨酒，這些都是復方藥酒，名稱上不同於虎骨酒，彼此藥物組成及名稱上也稍有區別，所以就不作改動。當然，現在的虎已成珍稀保護動物，是不能再用來做藥酒了。
(2)根據藥酒功能主治的特點進行更改。
(3)根據組方特點歸納命名。即除了主藥，另再選一藥搭配命名。搭配方法：僅二味藥者，就將另一味藥的名稱配上。
(4)個別藥酒方劑增「復方」二字，以示區別。
(5)對於近代編著中，重複命名的復方藥酒，則用號碼加以區別，並在「資料來源」一項注名出處。
此外，對內容相同或相近的同名藥酒，進行歸並。因為後世醫書中有不少內容是整理收錄前人的，如明代的《普濟方》中就有不少藥酒方劑是輯自宋代《聖濟總錄》、《太平聖惠方》的，在組成上完全相同，對此我們作了歸並。對少數處方，其製法、服用方法及功能主治的內容基本相同，或在處方組成幾十味藥中僅差少數幾味藥作用不明顯者，這可能是古人抄寫整理中的脫漏、衍訛，我們則刪去短少藥味的處方，以避免內容龐雜重複，同時對內容相同的單味藥酒進行歸並，盡可能使《中國藥酒大全》的內容「豐富實用，簡而不漏」。
中國藥酒經歷了幾千年的發展過程，藥酒的功能主治；既包括了中國古代二千年前的一些病名和病證，也包括了現代醫學中的一些病名和病證，此分屬二個理論體系，目前還很難統一。中國藥酒是中醫的一部分，因此首先要保持它傳統性，但也不忽視它發展的一面。為此，我們採用目前兩種理論體系均能接受的大科分類法，列保健、內、外、婦、兒、骨傷、皮膚、五官、口齒等科。
對有些目前還不太確鑿的古代病名、病證，以及功能羅列一大堆，對主治不明確的藥酒，則不與勉強分類，歸並「其他」，有待今後進一步研究和探討。
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