一般來說，剛栽培的野生蔬菜抗病能力強，但魚腥草人工栽培後，其營養條件得以改善，植株生長旺盛，纖維減少，糖分增加，柔嫩多汁，抗病能力大大降低。目前已經發現魚腥草有少量病蟲危害。病害以白絹病、紫斑病為主，葉斑病、根瘤病也有發生，蟲害主要是蠐螬。
1、白絹病 主要為害地下莖，病部初期呈褐色斑塊，表面遍生白色絹絲狀菌絲，逐漸軟腐。後期病部表面及附近土壤中發生大量菌核，病株莖葉迅速凋萎，甚至全株死亡，防治措施主要是：注意排水，增施磷鉀肥，加強管理，提高植株抗病力。及時挖除病株，並且每667平方米用五氯硝基苯0．5千克拌細土15千克撒在病穴內，進行土壤消毒。對輕病株每隔10天左右噴—次2．5％粉銹寧1000倍稀釋液(共噴2～3次)，或用50％托布津600～800倍液灌根，或用50％退菌特250～300倍液澆灌土壤。
2、根瘤病 根尖開始發病，初生褐色不規則形小斑點，後變黑色，病斑逐漸擴大，最後根系腐敗枯死，葉片捲縮。防治法：注意排水，燒燬病株，實行輪作。播種時，種莖用1：1：100的波爾多液浸泡10分鐘或用20％石灰水浸泡l小時，進行消毒。發病初期，每667平方米用五氯硝基苯0．5千克拌細土15千克，撒在根部周圍或用50％托布津l千克加水500千克灌根。
3、紫斑病 一般為害葉片，發病初期，病斑圓形、淡紫色、稍凹陷，潮濕時病斑上出現黑霉，並有明顯的同心輪紋，以後小病斑連成不規則大斑，造成葉片十枯此亡。防治法：發病地進行秋季深耕，把表土翻人深層。不連作。仔細搜集病株加以燒燬。發病初期，噴灑1：1：160的波爾多液或70％代森錳鋅500倍液2～3次。
4、葉斑病 長中、後期經常大量發生，為害葉片。發病時，葉面出現不規則形或圓形病斑，邊緣紫紅色，中間灰白色，上生淺灰色霉。嚴重時，幾個病斑融合在一起，病斑中心有時穿孔，葉片局部或全部枯死。防治法：實行輪作，最好水旱輪作。播種前，用50％多菌靈500倍液浸泡種莖24小時，進行消毒。發病時，用50％托布律800～1000倍液或70％代森錳鋅400～600倍液噴霧。
另外，防治蠐螬、黃螞蟻，可用90％敵百蟲800～1000倍液灌根毒殺。
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