中醫認為手足口病屬於溫病中「溫疫」範疇，一年四季均可發生，春末夏初為其主要流行季節。儘管全國各地高發季節不同，但都在本地區處於溫潤多雨多風的季節發生，手足口病的發病季節反映出其發病與熱、濕有關。
回顧分析手足口病早期症狀，以發熱，手、足、口腔等部位的皮疹或皰疹，可伴有咽紅、流涕、咳嗽、納差等，舌邊尖紅或舌紅，舌苔薄白、或薄黃、或黃膩，脈浮數等溫熱挾濕疫毒侵襲肺衛症狀為主。
因此，中醫認為此病由溫熱挾濕疫毒引起，以溫熱為主，濕邪為次。此病多發於小兒，與小兒特殊的生理特點有關，小兒臟腑嬌嫩，形氣未充，易受邪侵；小兒脾胃虛弱，往往又飲食不節，致脾虛積滯難化，蘊積生濕生熱。小兒外感溫熱挾濕疫毒，脾胃內蘊濕熱，內外相合，蘊蒸肺脾二經而發為此病，其病位在肺脾，危重者涉及心肝。典型的手足口病按衛、氣、營、血規律傳變，臨床上手足口病多在氣分而解，少數入營血，也有少數患者直接表現為疫毒入營血重證。
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